Detalhe da pesquisa
1.
Genealogical inference and more flexible sequence clustering using iterative-PopPUNK.
Genome Res
; 33(6): 988-998, 2023 06.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37253539
2.
Accurate and fast graph-based pangenome annotation and clustering with ggCaller.
Genome Res
; 33(9): 1622-1637, 2023 09.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37620118
3.
Non-pharmaceutical interventions, vaccination, and the SARS-CoV-2 delta variant in England: a mathematical modelling study.
Lancet
; 398(10313): 1825-1835, 2021 11 13.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34717829
4.
Fast and flexible bacterial genomic epidemiology with PopPUNK.
Genome Res
; 29(2): 304-316, 2019 02.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-30679308
5.
Fast hierarchical Bayesian analysis of population structure.
Nucleic Acids Res
; 47(11): 5539-5549, 2019 06 20.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31076776
6.
Genome-wide epistasis and co-selection study using mutual information.
Nucleic Acids Res
; 47(18): e112, 2019 10 10.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31361894
7.
pyseer: a comprehensive tool for microbial pangenome-wide association studies.
Bioinformatics
; 34(24): 4310-4312, 2018 12 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-30535304
8.
Optimising machine learning prediction of minimum inhibitory concentrations in Klebsiella pneumoniae.
Microb Genom
; 10(3)2024 Mar.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38529944
9.
Inter-species gene flow drives ongoing evolution of Streptococcus pyogenes and Streptococcus dysgalactiae subsp. equisimilis.
Nat Commun
; 15(1): 2286, 2024 Mar 13.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38480728
10.
Inferring the heritability of bacterial traits in the era of machine learning.
Bioinform Adv
; 3(1): vbad027, 2023.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36974068
11.
BlpC-mediated selfish program leads to rapid loss of Streptococcus pneumoniae clonal diversity during infection.
Cell Host Microbe
; 31(1): 124-134.e5, 2023 01 11.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36395758
12.
Dissemination of carbapenemase-producing Enterobacterales in Ireland from 2012 to 2017: a retrospective genomic surveillance study.
Microb Genom
; 9(3)2023 03.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36916881
13.
Impact of vaccinations, boosters and lockdowns on COVID-19 waves in French Polynesia.
Nat Commun
; 14(1): 7330, 2023 11 13.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37957160
14.
Within-Host Sampling of a Natural Population Shows Signs of Selection on Pde1 during Bacterial Meningitis.
Infect Immun
; 85(3)2017 03.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-28232521
15.
Mandrake: visualizing microbial population structure by embedding millions of genomes into a low-dimensional representation.
Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci
; 377(1861): 20210237, 2022 10 10.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35989601
16.
Pneumococcal genetic variability in age-dependent bacterial carriage.
Elife
; 112022 07 26.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35881438
17.
Targeted control of pneumolysin production by a mobile genetic element in Streptococcus pneumoniae.
Microb Genom
; 8(4)2022 04.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35416147
18.
Pneumococcal capsule blocks protection by immunization with conserved surface proteins.
NPJ Vaccines
; 6(1): 155, 2021 Dec 20.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34930916
19.
Negative frequency-dependent selection and asymmetrical transformation stabilise multi-strain bacterial population structures.
ISME J
; 15(5): 1523-1538, 2021 05.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33408365
20.
Leveraging community mortality indicators to infer COVID-19 mortality and transmission dynamics in Damascus, Syria.
Nat Commun
; 12(1): 2394, 2021 04 22.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33888698