Detalhe da pesquisa
1.
Clustering predicted structures at the scale of the known protein universe.
Nature
; 622(7983): 637-645, 2023 Oct.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37704730
2.
DescribePROT in 2023: more, higher-quality and experimental annotations and improved data download options.
Nucleic Acids Res
; 52(D1): D426-D433, 2024 Jan 05.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37933852
3.
AlphaFold Protein Structure Database in 2024: providing structure coverage for over 214 million protein sequences.
Nucleic Acids Res
; 52(D1): D368-D375, 2024 Jan 05.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37933859
4.
ColabFold: making protein folding accessible to all.
Nat Methods
; 19(6): 679-682, 2022 06.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35637307
5.
Foldcomp: a library and format for compressing and indexing large protein structure sets.
Bioinformatics
; 39(4)2023 04 03.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36961332
6.
DescribePROT: database of amino acid-level protein structure and function predictions.
Nucleic Acids Res
; 49(D1): D298-D308, 2021 01 08.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33119734
7.
PredictProtein - Predicting Protein Structure and Function for 29 Years.
Nucleic Acids Res
; 49(W1): W535-W540, 2021 07 02.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33999203
8.
Protein-level assembly increases protein sequence recovery from metagenomic samples manyfold.
Nat Methods
; 16(7): 603-606, 2019 07.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31235882
9.
SpacePHARER: sensitive identification of phages from CRISPR spacers in prokaryotic hosts.
Bioinformatics
; 37(19): 3364-3366, 2021 Oct 11.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33792634
10.
MMseqs2 desktop and local web server app for fast, interactive sequence searches.
Bioinformatics
; 35(16): 2856-2858, 2019 08 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-30615063
11.
HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation.
BMC Bioinformatics
; 20(1): 473, 2019 Sep 14.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31521110
12.
Uniclust databases of clustered and deeply annotated protein sequences and alignments.
Nucleic Acids Res
; 45(D1): D170-D176, 2017 01 04.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-27899574
13.
Fast and accurate protein structure search with Foldseek.
Nat Biotechnol
; 42(2): 243-246, 2024 Feb.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37156916
14.
Petabase-Scale Homology Search for Structure Prediction.
Cold Spring Harb Perspect Biol
; 16(5)2024 05 02.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38316555
15.
Cross-phyla protein annotation by structural prediction and alignment.
Genome Biol
; 24(1): 113, 2023 05 12.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37173746
16.
Petascale Homology Search for Structure Prediction.
bioRxiv
; 2023 Jul 11.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37503235
17.
LambdaPP: Fast and accessible protein-specific phenotype predictions.
Protein Sci
; 32(1): e4524, 2023 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36454227
18.
MetaEuk-sensitive, high-throughput gene discovery, and annotation for large-scale eukaryotic metagenomics.
Microbiome
; 8(1): 48, 2020 04 03.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32245390
19.
Protein Sequence Analysis Using the MPI Bioinformatics Toolkit.
Curr Protoc Bioinformatics
; 72(1): e108, 2020 12.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33315308
20.
Author Correction: Cross-phyla protein annotation by structural prediction and alignment.
Genome Biol
; 25(1): 50, 2024 Feb 19.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38374049