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Complete genome sequence and analysis of Alcaligenes faecalis strain Mc250, a new potential plant bioinoculant.
Felestrino, Érica Barbosa; Sanchez, Angélica Bianchini; Caneschi, Washington Luiz; Lemes, Camila Gracyelle de Carvalho; Assis, Renata de Almeida Barbosa; Cordeiro, Isabella Ferreira; Fonseca, Natasha Peixoto; Villa, Morghana Marina; Vieira, Izadora Tabuso; Kamino, Luciana Hiromi Yoshino; do Carmo, Flávio Fonseca; da Silva, Aline Maria; Thomas, Andrew Maltez; Patané, José Salvatore Leister; Ferreira, Fernanda Carla; de Freitas, Leandro Grassi; Varani, Alessandro de Mello; Ferro, Jesus Aparecido; Silva, Robson Soares; Almeida, Nalvo Franco; Garcia, Camila Carrião Machado; Setubal, João Carlos; Moreira, Leandro Marcio.
Afiliação
  • Felestrino ÉB; Núcleo de Pesquisas em Ciências Biológicas (NUPEB), Universidade Federal de Ouro Preto, Ouro Preto, MG, Brazil.
  • Sanchez AB; Núcleo de Pesquisas em Ciências Biológicas (NUPEB), Universidade Federal de Ouro Preto, Ouro Preto, MG, Brazil.
  • Caneschi WL; Núcleo de Pesquisas em Ciências Biológicas (NUPEB), Universidade Federal de Ouro Preto, Ouro Preto, MG, Brazil.
  • Lemes CGC; Núcleo de Pesquisas em Ciências Biológicas (NUPEB), Universidade Federal de Ouro Preto, Ouro Preto, MG, Brazil.
  • Assis RAB; Núcleo de Pesquisas em Ciências Biológicas (NUPEB), Universidade Federal de Ouro Preto, Ouro Preto, MG, Brazil.
  • Cordeiro IF; Núcleo de Pesquisas em Ciências Biológicas (NUPEB), Universidade Federal de Ouro Preto, Ouro Preto, MG, Brazil.
  • Fonseca NP; Núcleo de Pesquisas em Ciências Biológicas (NUPEB), Universidade Federal de Ouro Preto, Ouro Preto, MG, Brazil.
  • Villa MM; Departamento de Ciências Biológicas (DECBI), Instituto de Ciências Exatas e Biológicas (ICEB), Universidade Federal de Ouro Preto (UFOP), Ouro Preto, MG, Brazil.
  • Vieira IT; Departamento de Ciências Biológicas (DECBI), Instituto de Ciências Exatas e Biológicas (ICEB), Universidade Federal de Ouro Preto (UFOP), Ouro Preto, MG, Brazil.
  • Kamino LHY; Instituto Prístino, Belo Horizonte, MG, Brazil.
  • do Carmo FF; Instituto Prístino, Belo Horizonte, MG, Brazil.
  • da Silva AM; Departamento de Bioquímica (DBQ), Instituto de Química (IQ), Universidade de São Paulo (USP), São Paulo, SP, Brazil.
  • Thomas AM; Departamento de Bioquímica (DBQ), Instituto de Química (IQ), Universidade de São Paulo (USP), São Paulo, SP, Brazil.
  • Patané JSL; Departamento de Bioquímica (DBQ), Instituto de Química (IQ), Universidade de São Paulo (USP), São Paulo, SP, Brazil.
  • Ferreira FC; Instituto de Biotecnologia Aplicada a Agropecuária (BIOAGRO), Universidade Federal de Viçosa (UFV), Viçosa, MG, Brazil.
  • de Freitas LG; Instituto de Biotecnologia Aplicada a Agropecuária (BIOAGRO), Universidade Federal de Viçosa (UFV), Viçosa, MG, Brazil.
  • Varani AM; Departamento de Tecnologia, Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias de Jaboticabal (FCAV), Universidade Estadual Paulista (UNESP), São Paulo, SP, Brazil.
  • Ferro JA; Departamento de Tecnologia, Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias de Jaboticabal (FCAV), Universidade Estadual Paulista (UNESP), São Paulo, SP, Brazil.
  • Silva RS; Faculdade de Computação (FACOM), Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, Campo Grande, MS, Brazil.
  • Almeida NF; Faculdade de Computação (FACOM), Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, Campo Grande, MS, Brazil.
  • Garcia CCM; Núcleo de Pesquisas em Ciências Biológicas (NUPEB), Universidade Federal de Ouro Preto, Ouro Preto, MG, Brazil.
  • Setubal JC; Departamento de Ciências Biológicas (DECBI), Instituto de Ciências Exatas e Biológicas (ICEB), Universidade Federal de Ouro Preto (UFOP), Ouro Preto, MG, Brazil.
  • Moreira LM; Departamento de Bioquímica (DBQ), Instituto de Química (IQ), Universidade de São Paulo (USP), São Paulo, SP, Brazil.
PLoS One ; 15(11): e0241546, 2020.
Article em En | MEDLINE | ID: mdl-33151992
Here we present and analyze the complete genome of Alcaligenes faecalis strain Mc250 (Mc250), a bacterium isolated from the roots of Mimosa calodendron, an endemic plant growing in ferruginous rupestrian grasslands in Minas Gerais State, Brazil. The genome has 4,159,911 bp and 3,719 predicted protein-coding genes, in a single chromosome. Comparison of the Mc250 genome with 36 other Alcaligenes faecalis genomes revealed that there is considerable gene content variation among these strains, with the core genome representing only 39% of the protein-coding gene repertoire of Mc250. Mc250 encodes a complete denitrification pathway, a network of pathways associated with phenolic compounds degradation, and genes associated with HCN and siderophores synthesis; we also found a repertoire of genes associated with metal internalization and metabolism, sulfate/sulfonate and cysteine metabolism, oxidative stress and DNA repair. These findings reveal the genomic basis for the adaptation of this bacterium to the harsh environmental conditions from where it was isolated. Gene clusters associated with ectoine, terpene, resorcinol, and emulsan biosynthesis that can confer some competitive advantage were also found. Experimental results showed that Mc250 was able to reduce (~60%) the virulence phenotype of the plant pathogen Xanthomonas citri subsp. citri when co-inoculated in Citrus sinensis, and was able to eradicate 98% of juveniles and stabilize the hatching rate of eggs to 4% in two species of agricultural nematodes. These results reveal biotechnological potential for the Mc250 strain and warrant its further investigation as a biocontrol and plant growth-promoting bacterium.
Assuntos

Texto completo: 1 Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Citrus / Genoma Bacteriano / Alcaligenes faecalis / Sequenciamento Completo do Genoma Tipo de estudo: Prognostic_studies Limite: Animals Idioma: En Revista: PLoS One Assunto da revista: CIENCIA / MEDICINA Ano de publicação: 2020 Tipo de documento: Article País de afiliação: Brasil

Texto completo: 1 Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Citrus / Genoma Bacteriano / Alcaligenes faecalis / Sequenciamento Completo do Genoma Tipo de estudo: Prognostic_studies Limite: Animals Idioma: En Revista: PLoS One Assunto da revista: CIENCIA / MEDICINA Ano de publicação: 2020 Tipo de documento: Article País de afiliação: Brasil