Developmental validation of Oxford Nanopore Technology MinION sequence data and the NGSpeciesID bioinformatic pipeline for forensic genetic species identification.

Vasiljevic, Nina; Lim, Marisa; Humble, Emily; Seah, Adeline; Kratzer, Adelgunde; Morf, Nadja V; Prost, Stefan; Ogden, Rob

Vasiljevic, Nina; Lim, Marisa; Humble, Emily; Seah, Adeline; Kratzer, Adelgunde; Morf, Nadja V; Prost, Stefan; Ogden, Rob.

Afiliação

Vasiljevic N; Institute of Forensic Medicine, University of Zurich, Zurich, Switzerland. Electronic address: nina.vasiljevic@irm.uzh.ch.
Lim M; Wildlife Conservation Society, Zoological Health Program, Bronx, NY, USA.
Humble E; Royal (Dick) School of Veterinary Studies and the Roslin Institute, University of Edinburgh, UK.
Seah A; Wildlife Conservation Society, Zoological Health Program, Bronx, NY, USA.
Kratzer A; Institute of Forensic Medicine, University of Zurich, Zurich, Switzerland.
Morf NV; Institute of Forensic Medicine, University of Zurich, Zurich, Switzerland.
Prost S; LOEWE-Centre for Translational Biodiversity Genomics, Senckenberg, Frankfurt, Germany; South African National Biodiversity Institute, National Zoological Garden, Pretoria, South Africa.
Ogden R; Royal (Dick) School of Veterinary Studies and the Roslin Institute, University of Edinburgh, UK; TRACE Wildlife Forensics Network, Edinburgh, UK.

Forensic Sci Int Genet ; 53: 102493, 2021 07.

Article em En | MEDLINE | ID: mdl-33770699

Assuntos

Genética Forense; Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala/instrumentação; Análise de Sequência de DNA/instrumentação; Especificidade da Espécie; Animais; Aves/genética; Citocromos b/genética; DNA Mitocondrial/genética; Cervos/genética; Humanos; Lynx/genética; Nanoporos; Panthera/genética; Reprodutibilidade dos Testes; Rupicapra/genética; Sus scrofa/genética

Palavras-chave

Bioinformatic pipeline; DNA barcoding; High-throughput sequencing (HTS); MinION; MtDNA; NGSpeciesID; Species identification; Validation

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Texto completo: 1 Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Especificidade da Espécie / Análise de Sequência de DNA / Genética Forense / Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala Tipo de estudo: Diagnostic_studies / Prognostic_studies Limite: Animals / Humans Idioma: En Revista: Forensic Sci Int Genet Assunto da revista: GENETICA / JURISPRUDENCIA Ano de publicação: 2021 Tipo de documento: Article

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