KRASFormer: a fully vision transformer-based framework for predictingKRASgene mutations in histopathological images of colorectal cancer.

Detecting the Kirsten Rat Sarcoma Virus (KRAS) gene mutation is significant for colorectal cancer (CRC) patients. TheKRASgene encodes a protein involved in the epidermal growth factor receptor (EGFR) signaling pathway, and mutations in this gene can negatively impact the use of monoclonal antibodies in anti-EGFR therapy and affect treatment decisions. Currently, commonly used methods like next-generation sequencing (NGS) identifyKRASmutations but are expensive, time-consuming, and may not be suitable for every cancer patient sample. To address these challenges, we have developedKRASFormer, a novel framework that predictsKRASgene mutations from Haematoxylin and Eosin (H & E) stained WSIs that are widely available for most CRC patients.KRASFormerconsists of two stages: the first stage filters out non-tumor regions and selects only tumour cells using a quality screening mechanism, and the second stage predicts theKRASgene either wildtype' or mutant' using a Vision Transformer-based XCiT method. The XCiT employs cross-covariance attention to capture clinically meaningful long-range representations of textural patterns in tumour tissue andKRASmutant cells. We evaluated the performance of the first stage using an independent CRC-5000 dataset, and the second stage included both The Cancer Genome Atlas colon and rectal cancer (TCGA-CRC-DX) and in-house cohorts. The results of our experiments showed that the XCiT outperformed existing state-of-the-art methods, achieving AUCs for ROC curves of 0.691 and 0.653 on TCGA-CRC-DX and in-house datasets, respectively. Our findings emphasize three key consequences: the potential of using H & E-stained tissue slide images for predictingKRASgene mutations as a cost-effective and time-efficient means for guiding treatment choice with CRC patients; the increase in performance metrics of a Transformer-based model; and the value of the collaboration between pathologists and data scientists in deriving a morphologically meaningful model.

The artificial intelligence-based model ANORAK improves histopathological grading of lung adenocarcinoma.

The introduction of the International Association for the Study of Lung Cancer grading system has furthered interest in histopathological grading for risk stratification in lung adenocarcinoma. Complex morphology and high intratumoral heterogeneity present challenges to pathologists, prompting the development of artificial intelligence (AI) methods. Here we developed ANORAK (pyrAmid pooliNg crOss stReam Attention networK), encoding multiresolution inputs with an attention mechanism, to delineate growth patterns from hematoxylin and eosin-stained slides. In 1,372 lung adenocarcinomas across four independent cohorts, AI-based grading was prognostic of disease-free survival, and further assisted pathologists by consistently improving prognostication in stage I tumors. Tumors with discrepant patterns between AI and pathologists had notably higher intratumoral heterogeneity. Furthermore, ANORAK facilitates the morphological and spatial assessment of the acinar pattern, capturing acinus variations with pattern transition. Collectively, our AI method enabled the precision quantification and morphology investigation of growth patterns, reflecting intratumoral histological transitions in lung adenocarcinoma.

Expresión de EDNRB y CDX2 posibles biomarcadores en progresión al cáncer cervical / EDNRB and CDX2 expression as possible biomarkers in progression to cervical cancer

RESUMEN De acuerdo a la historia natural del cáncer del cuello uterino, en donde las lesiones preneoplásicas de bajo y alto grado pueden presentar fenómenos de regresión o progresión, existe gran interés en la búsqueda de biomarcadores que permita predecir la evolución de las lesiones preneoplásicas del cérvix hacia la progresión o regresión de la enfermedad. Estos biomarcadores pudieran ser de origen genético, o epigenético que alteren la expresión de los genes y que pudieran estar asociados con la carcinogénesis en diferentes tipos de tejido humano. El objetivo del estudio fue analizar la expresión del mARN de los genes SFRP1, PTPRN, CDO1, EDNRB, CDX2, EPB41L3 y HAND1 en muestras negativas para lesiones intraepiteliales cervicales (n=9), muestras con lesiones intraepiteliales de bajo grado (n=10) y alto grado (n=11). Se realizó análisis de expresión de los genes mencionados mediante qRT-PCR y el análisis de los datos se realizó mediante la prueba no paramétrica de ANOVA. La diferencia estadística se determinó en valores p< 0,05. Para los genes EDNRB y CDX2 se observó disminución 66,7% en las muestras sin alteraciones histológicas cervicales, comparado con una disminución en la expresión del 50% en muestras con LIEBG y para el grupo de LIEAG del 36,4% para el gen EDNRB y del 27,3% para el gen CDX2 dando una diferencia estadísticamente significativa p= 0,02. Sugiriendo que EDNRB y CDX2 podrían ser útiles como posibles biomarcadores en la carcinogénesis cervical.

ABSTRACT According into account the natural history of cervical cancer, where low- and high-grade preneoplastic lesions may present regression or progression phenomena, there is great interest in the search for biomarkers to predict the behavior of preneoplastic lesions of the cervix. These biomarkers may be of genetic origin, or epigenetics that alter the expression of genes and that may be associated with carcinogenesis in different types of human tissue. The objective of the study was to analyze the expression of the mRNA of the SFRP1, PTPRN, CDO1, EDNRB, CDX2, EPB41L3 and HAND1 genes in samples negative for cervical intraepithelial lesions (n = 9), low grade intraepithelial lesions (n=10) and high grade (n = 11). Expression analysis of the mentioned genes was performed using qRT-PCR and data analysis was performed using the non-parametric ANOVA test. The statistical difference was determined in values p <0.05. For the EDNRB and CDX2 genes, a 66.7% decrease was observed in the samples without cervical histological alterations, compared to a decrease in expression of 50% in LIEBG samples and 36.4% in the LIEAG group for the EDNRB gene And 27.3% for the CDX2 gene giving a statistically significant difference p = 0.02. Suggesting that EDNRB and CDX2 could be useful as potential biomarkers in cervical carcinogenesis.

Correlación entre radiografía de tórax y broncoscopia al momento del diagnóstico de tuberculosis endobronquial / Endobroquial tuberculosis. X-ray and bronchoscopic correlation at moment of diagnosis

Introducción: La prioridad de los programas de detección y control de la tuberculosis (TB) es el diagnóstico de la enferemdad bacilífera, lo que se logra con el examen de esputo, una prueba con alto rendimiento diagnóstico. Esta es una de las razones por las que pocas veces se recurre a la endoscopia para el diagnóstico de TB pulmonar no miliar. La TB endobronquial (esputo negativo, sospecha clínica y radiológica y diagnóstico con método endoscópico) es una de estas situaciones y representa una oportunidad para la correlación radiológica-endoscópica, a partir de la cual se podrían estudiar los mecanismos que llevan al desarrollo de broncoestenosis y atelectasia en TB. Objetivo: Evaluar la correlación entre los hallazgos de la endoscopia bronquial y la imagen radiológica del lóbulo correspondiente en pacientes con TB endobronquial. Pacientes y Métodos: Pacientes con diagnóstico de TB endobronquial que tuvieran radiografía de tórax y broncoscopia realizadas en la misma semana. Se registraron las alteraciones endoscópicas para cada bronquio lobar y las del lóbulo correspondiente en la radiografía de tórax. Se buscaron correlaciones con la prueba de chi cuadrado. Resultados: En 79 pacientes se demostró TB endobronquial, la mayoria con lavado bronquial o biopsia bronquial. En la radiología se encontró anormalidad en 209 de los 395 lóbulos, en la mayoría infiltrado alveolar (42 por ciento) o intersticial (30 por ciento), seguido por pérdida de volumen (18 por ciento). La endoscopia fue anormal para 151 bronquios lobares y la principal alteración fue endobronquitis (63 por ciento), seguida por estenosis (20.5 por ciento). Al evaluar la correlación entre cada hallazgo bronquial y la imagen radiológica para el lóbulo correspondiente se demostró relación significativa (p<0.001) entre la presencia de endobronquitis y el infiltrado alveolar y entre la atelectasia y la estenosis endoscópica. Conclusion: En TB endobronquial existe relación entre los hallazgos endoscópicos para cada bronquio lobar y la imagen radiológica del lóbulo correspondiente. Debe evaluarse si la relación se mantiene a largo plazo y si sirve para pronosticar el desarrollo de atelectasia postratamiento

Comparación entre el valor diagnóstico de la citología del lavado bronquial pre y post biopsia y cepillado en sospecha de cancér

Introducción: En el estudio de lesiones endobronquiales sospechosas de magnilidad se toman muestras para histología y citología mediante fibrobroncospia. El lavado bronquial es el estudio citológico más frecuente, y puede realizarse tanto antes como después de la biopsia y el cepillado. No se ha definido con precisión cuál de las dos muestras tiene mayor rendimiento diagnóstico. Objetivo: Comparar el valor diagnóstico de la citología del lavado bronquial pre y post biopsia y cepillado en el estudiado de patología pulmonar neoplásica. Diseño: Estudio de comparación entre dos métodos diagnósticos (Lavado pre y lavado post biopsia y cepillado), utilizando como estándar de oro el diagnóstico patológico definitivo. Pacientes y Métodos: Durante dos años, los pacientes con sospecha de cáncer, sometidos a broncoscopia, en quienes se realizó biopsia de lesiones sospechosas de malignidad, fueron seguidos hasta alcanzar un diagnóstico definitivo. En todos los casos se realizó lavado bronquial tanto antes como después de realizar la biopsia o el cepillado de la lesión sospechosa. Las muestras fueron analizadas por el mismo patólogo, quien desconocía si la muestra era la pre o la post biopsia cepillado. Los resultados se compararon con el diagnóstico final y se calculó la sensibilidad, especifidad y valores predectivos par cada procedimiento. Resultados: Se estudiaron 200 pacientes con biopsia y cepillado y lavado pre y post; en 61 casos (30.5 por ciento) se confirmó el diagnóstico de cáncer, la mayoría del tipo escamocelular. Del total, 31 fueron diagnosticados correctamente por la citología del lavado inicial y 47 con el lavado post biopsia y cepillado. La sensibilidad (S) de la citología del lavado pre biopsia y cepillado alcanzó 50.8 por ciento; la especifidad (E) 100 porciento, el valor predictivo positivo (VPP) 100 por ciento y el negativo (VPN) 82 por ciento. Para el estudio de la citología post biopsia las cifras son : S77 por ciento, E 100 por ciento y VPN 90.8 por ciento. La sensibilidad de ambos métodos demuestra diferencias significativas, especialmente en casos neoplasias de diseminación submucosa o de localización periférica. Conclusión: En el estudio de lesiones endoscópicas sospechosas de cáncer la utilidad diagnóstica de la citología del lavado bronquial tomado luego de realizar la biopsia y cepillado bronquial es superior a la del lavado anterior a la toma de la biopsia. Es necesario evaluar las ventajas económicas de esta diferencia.

Comparación entre el valor diagnóstico de la citología de la impresión y el estudio histológico de las biopsias tomadas a través del broncofibroscopio en sospecha de cáncer

Introducción: Hay buena experiencia acumulada con la citología en el estudio de masas pulmonares sometidas a punción percutánea. Por el contrario,no hay información suficiente acerca de la precisión diagnóstica de la citología de la impresión (imprint) de las biopsias tomadas durante la broncofibroscopia en casos de sospecha de enfermedad maligna. Objetivo : Precisar el valor diagnóstico de la citología de la impresión de la biopsia en el estudio de patología pulmonar neoplásica. Diseño: Estudio de comparación entre dos métodos diagnósticos (histología e impresión), utilizando como patrón de oro el informe patológico definitivo. Pacientes y Métodos: Durante 10 semanas, todas las muestras de biopsias bronquial y transbronquial obtenidas a través del broncofibroscopio en casos de sospecha de malignidad se sometieron a ambos estudios y fueron analizadas sin datos clínicos adicionales. Los resultados se compararon con el diagnóstico final y se calculó sensibilidad, especifidad y valores predictivos para cada método. Resultados: Se estudiaron 126 biopsias; en 36 casos (28,5 por ciento) se confirmó el diagnóstico de cáncer, la mayoría neoplasias escamocelulares. De total, 35 fueron diagnosticados correctamente por la citología de la impresión y 32 con histología. La sensibilidad (S) de la citología alcanzó 97,2 por ciento, la sensibilidad (E= 100 por ciento, el valor predictivo positivo (VPP) 100 por ciento y el negativo (VPN) 98,9 por ciento. Para el estudio histopatológico las cifras son 88,9 por ciento, el 100 por ciento, VPP 100 por ciento y VPN 95,7 por ciento. No hay diferencias significativas entre estos valores. Conclusión: En sospecha de cáncer la utilidad diagnóstica de la citología de la impresión de las biopsias es similiar a la del estudio histológico.

Traqueobroncopatía osteocondroplástica: aspectos clínicos y diagnóstico broncoscópico-radiográfico

La Traqueobroncopatía osteocondroplástica (TO) es una entidad rara, caracterizada por la proyección de islotes cartilaginosos y óseos hacia la luz traqueal y bronquial. Durante un período de 20 años encontramos 3 casos de TO en un total de 7980 pacientes sometidos a broncofibroscopia, todos ellos hombres y con edad promedio de 50 años, con cuadros clínicos caracterizados por tos con expectoración mucosa, purulenta y hemoptoica, infecciones recurrentes de la vía aérea y disnea de ejercicio. La Tomografía Computarizada (TC) evidenció lesiones con densidad cálcica sobre la pared traqueal, proyectadas hacia la luz y la broncoscopia evidenció múltiples lesiones blanco-nacaradas de consistencia pétrea y aspecto papilar comprometiendo desde la tráquea hasta los bronquios segmentarios. Los estudios histopatológicos mostraron mucosa bronquial con inflamación crónica, metaplasia escamosa del epitelio, inflamación crónica de la submucosa y presencia de espículas óseas y cartilaginosas en los tres pacientes, compatible con TO.