Phylogenomic analysis of the Ponticus clade: strains isolated from the spotted rose snapper (Lutjanus guttatus).

The family Vibrionaceae is classified into many clades based on their phylogenetic relationships. The Ponticus clade is one of its clades and consists of four species, Vibrio panuliri, V. ponticus, V. rhodolitus, and V. taketomensis. Two strains, CAIM 703 and CAIM 1902, were isolated from the diseased spotted rose snapper external lesion (Lutjanus guttatus), they were analyzed to determine their taxonomic position, a phylogenetic analysis was performed based on the 16S rRNA sequences proved that the two strains are members of the genus Vibrio and they belong to the Ponticus clade. Then, a phylogenomic analysis was performed with four type strains and four reference strains isolated from marine organisms and aquatic environments. Multilocus Sequence Analysis (MLSA) of 139 single-copy genes showed that CAIM 703 and CAIM 1902 belong to V. panuliri. The 16S rRNA sequence similarity value between CAIM 703 and CAIM 1902 was 99.61%. The Ponticus clade species showed Average Nucleotide Identity (ANI) values between 78 to 80% against the two strains for ANIb, except V. panuliri LBS2T (99% and 100% similarity). Finally, this analysis represents the first phylogenomic analysis of the Ponticus clade where V. panuliri strains are reported from Mexico.

Análisis bibliométrico de la producción científica cubana sobre asma en Scopus

Introducción: El asma es una entidad con alta prevalencia a nivel mundial y en Cuba, que ha suscitado nuevas investigaciones. Objetivo: Caracterizar la producción científica cubana sobre asma en la base de datos Scopus. Materiales y métodos: Se realizó un estudio observacional, descriptivo y bibliométrico de los artículos publicados sobre asma en Scopus con autores cubanos, desde 1973 hasta 2021. Para la recuperación de los registros se empleó una fórmula de búsqueda. Para el análisis de los datos se usaron los software Bibexcel y VOSviewer. Resultados: Se publicaron 154 investigaciones sobre asma, con predominio de artículos originales (136) y de revisión (12). Las áreas más productivas fueron Medicina (144) e Inmunología y Microbiología (34). Los artículos fueron publicados en 48 revistas; de ellas, 11 fueron cubanas, con la Revista Cubana de Medicina como la más productiva. México aportó el mayor número de colaboraciones (10). El Hospital Clínico Quirúrgico Docente General Calixto García (15) fue el más productivo. Se identificaron tres clústeres de palabras clave, con "human", "asthma" y "Cuban" como términos centrales y de mayor ocurrencia. Conclusiones: Existió una baja producción científica sobre asma, centrada principalmente en artículos originales, en el área de Medicina y en revistas nacionales. Se evidenció colaboración internacional. Los ejes principales de investigación fueron el diagnóstico, tratamiento, investigación básica en modelos animales, nuevas terapéuticas, factores de riesgo y prevención.

Introduction: Asthma is an entity with high prevalence worldwide and in Cuba, which has prompted new research. Objective: To characterize Cuban scientific production on asthma in the Scopus database. Materials and methods: An observational, descriptive and bibliometric study was carried out on articles on asthma published in Scopus by Cuban authors, from 1973 to 2021. A search formula was used to retrieve the records. Bibexcel and VOSviewer were used for data analysis. Results: 154 research papers on asthma were published; with a predominance of original (136) and review articles (12). The most productive areas were Medicine (144) and Immunology and Microbiology (34). Articles were published in 48 journals, of which 11 were Cuban, with the Revista Cubana de Medicina (Cuban Journal of Medicine) being the most productive. Mexico contributed the highest number of collaborations (10). The Teaching Hospital General Calixto García (15) was the most productive. 3 key word clusters were identified, with "human", "asthma" and "Cuban" as central and most occurring terms. Conclusions: There was a low scientific production on asthma, mainly focused on original articles, in the area of Medicine and in national journals. International collaboration was evident. The main areas of research were diagnosis, treatment, basic research in animal models, new therapeutics, risk factors and prevention.

Producción científica y gestión comunicacional de los directores de revistas científicas estudiantiles en Cuba

Introducción: Las revistas científicas constituyen las principales plataformas para la gestión y socialización del quehacer científico de los estudiantes. Recae en el papel del director desarrollar tan importante misión. Objetivo: Caracterizar la producción científica y gestión comunicacional de los directores de revistas científicas estudiantiles en Cuba. Método: Se realizó un estudio observacional, descriptivo y transversal. En el estudio se incluyeron los 11 directores que accedieron a responder la encuesta aplicada. Se analizaron variables referentes a las características generales de los directores, a su producción científica y gestión comunicacional, y sobre el nivel de conocimiento en materias de investigación. Se aplicó la estadística descriptiva. Resultados: Predominaron el sexo masculino (54 %) y las edades de 21, 22 y 23 años (n = 3). El 91 % de los directores fueron estudiantes de medicina (n = 10) y el 54 % cursaban el cuarto año. Predominaron los directores con 1 a 5 artículos publicados en cada una de los aspectos analizados. Solo 5 se desempeñaron como miembros del equipo editorial en otras revistas. Destacó la Red Google Scholar (8; 72,7 %). Solo 7 (63,6 %) tenía conocimiento de su índice h y el de la revista. La mayoría de los directores contaba con conocimiento o habían recibido cursos de preparación. Conclusiones: La producción científica y gestión comunicacional de los directores se muestra influenciada por las tendencias actuales en la esfera científico-investigativa. Pertenecer al comité editorial de una revista científica, principalmente llevar el rol de director, tiene un efecto positivo en los estudiantes.

Introduction: Scientific journals are the main platforms for managing and socializing the students' scientific work. It is the role of the editor-in-chief to develop such an important mission. Objective: To characterize the scientific production and communicational management of student journal editors-in-chief in Cuba. Methods: An observational, descriptive and cross-sectional study was carried out. The study included the 11 editors-in-chief who agreed to answer the applied survey. Several variables were analyzed, respectively referring to the general characteristics of the editors-in-chief, their scientific production and communicational management, as well as their level of knowledge in research matters. Descriptive statistics were applied. Results: The male sex (54 %) and the ages of 21, 22 and 23 years (n = 3) predominated. 91 % of the editors-in-chief were medical students (n = 10) and 54 % were in their fourth academic year. Editors-in-chief with 1 to 5 published articles in each of the aspects analyzed predominated. Only 5 served as members of the editorial team with other journals. The Google Scholar Network stood out (8; 72.7%). Only 7 (63.6 %) were aware of their h-index and that of the journal. Most of the editors-in-chief had knowledge or had received training courses. Conclusions: The scientific production and communicational management of the editors-in-chief is influenced by current trends in the scientific-research sphere. Belonging to the editorial board of a scientific journal, mainly in the role of an editor-in-chief, has a positive effect on students.

First report of Pectobacterium polaris causing aerial stem rot of potato in Mexico.

In Mexico, potato (Solanum tuberosum L.) is one of the most important vegetable crops for local consumption and industry. More than 1.8 million tons of potatoes are produced annually, of which the state of Sinaloa contributes with 21.5% (SIAP. 2022). In January 2020, potato plants (cv. FL1867) showing aerial stem rot symptoms were observed in a commercial field from the Santa Rosa Valley, in Northern Sinaloa with an incidence of 36%. Putative pectolytic bacteria showing pitting on crystal violet pectate (CVP) plates were restreaked and purified onto Nutritive Agar (NA) medium at 28°C. Four independent isolates were obtained (L25F-83, L25F-105, L25F-115, and L25F-125) from four symptomatic stems with biochemical and morphological characteristics related to Pectobacterium, such as catalase positive, oxidase negative, pectinolytic activity, Gram-negative and non-fluorescent in B-King medium. Bacterial gDNA was used for amplification and sequencing of two housekeeping genes (dnaX and leuS) (Portier et al. 2019). The nucleotide sequence identity between our isolates was 100% with both housekeeping genes (dnaX, OP376536-OP376539 and leuS, OP376540-OP376543). The BLASTn analysis of dnaX gene shared 98.98% and 99.19% identity with two soft-rot-causing bacterial strains NIBIO1006T (CP017481) and NIBIO1392 (CP017482) of Pectobacterium polaris, respectively; and with leuS gene shared 99.56% identity with P. polaris type strain NIBIO1006T. To further validate the identification, two strains, S5 (isolate L25F-105) and S6 (L25F-125), were selected for whole genome sequencing (WGS). The ANI values for closely related species were calculated using the Orthologous Average Nucleotide Identity (Ortho-ANI) Software Tool (OAT) (Lee et al. 2016). The Type (Strain) Genome Server (TYGS) was used for accurate genome-based taxonomy (https://tygs.dsmz.de) (Meier-Kolthoff et al. 2019). The genomes of P. polaris strains S5 (4811345 pb, GC=52%, AULSZ000000000) and S6 (4809754 pb, GC=52%, JAULTA000000000) revealed 96.86% and 96.07% Ortho-ANI and 73.6% and 66.5% dDDH with P. polaris type strain NIBIO1006T and P. parvum strain CFBP8630, respectively. The MLSA was performed on concatenated complete sequences of dnaX (OR470476, OR470477), leuS (OR470484, OR470485), recA (OR470488, OR470488), acnA (OR470474, OR470475), gapA (OR470478, OR470479), gyrA (OR470480, OR470481), icdA (OR470482, OR470483), proA (OR470486, OR470487), and rpoA genes (OR470490, OR470491). The consensus tree, constructed using the maximum likelihood method (MEGA 7.0), clustered strains S5 and S6 with P. polaris strains NIBIO1006T and NIBIO1392. The four isolates resulted pathogenic in tuber slices and potato seedlings (cv. Fianna) 24 and 72 h, respectively, after being inoculated with 30 µL bacterial suspension (1 X 108 CFU/ml) and incubated at 28 °C and 85% relative humidity. Bacterial colonies were reisolated from the affected tissue and identified with the same PCR primers as described above. Accordingly, P. polaris isolates S5 and S6, fulfill Koch's postulates for aerial stem rot of potato. To our knowledge, this is the first report of P. polaris causing aerial stem rot of potato in Mexico. This bacterium could be a significant threat to the local potato producers; therefore, an accurate and sensitive method of detection and epidemiological studies are needed to support an effective disease diagnosis and management program.

Autonomic and Vascular Responses during Reactive Hyperemia in Healthy Individuals and Patients with Sickle Cell Anemia.

Background and Objectives: To compare autonomic and vascular responses during reactive hyperemia (RH) between healthy individuals and patients with sickle cell anemia (SCA). Materials and Methods: Eighteen healthy subjects and 24 SCA patients were subjected to arterial occlusion for 3 min at the lower right limb level. The pulse rate variability (PRV) and pulse wave amplitude were measured through photoplethysmography using the Angiodin® PD 3000 device, which was placed on the first finger of the lower right limb 2 min before (Basal) and 2 min after the occlusion. Pulse peak intervals were analyzed using time-frequency (wavelet transform) methods for high-frequency (HF: 0.15-0.4) and low-frequency (LF: 0.04-0.15) bands, and the LF/HF ratio was calculated. Results: The pulse wave amplitude was higher in healthy subjects compared to SCA patients, at both baseline and post-occlusion (p < 0.05). Time-frequency analysis showed that the LF/HF peak in response to the post-occlusion RH test was reached earlier in healthy subjects compared to SCA patients. Conclusions: Vasodilatory function, as measured by PPG, was lower in SCA patients compared to healthy subjects. Moreover, a cardiovascular autonomic imbalance was present in SCA patients with high sympathetic and low parasympathetic activity in the basal state and a poor response of the sympathetic nervous system to RH. Early cardiovascular sympathetic activation (10 s) and vasodilatory function in response to RH were impaired in SCA patients.

Vibrio eleionomae sp. nov., isolated from shrimp (Penaeus vannamei) pond water.

A novel Vibrio strain (CAIM 722T=SW9T=DSM 24596T) was isolated in 2003 from water of a shrimp (Penaeus vannamei) culture pond located in Los Mochis, Sinaloa, Mexico, and taxonomically characterized using a polyphasic approach. The 16S rRNA gene sequence clustered within those of the genus Vibrio, showing high similarity to the type strains of the Porteresiae clade. Multilocus sequence analysis using eight housekeeping genes (ftsZ, gapA, gyrB, mreB, pyrH, recA, rpoA, topA and 16S rRNA) and phylogenetic analysis with 139 single-copy genes showed that the strain forms an independent branch. Whole genome sequencing and genomic analyses (average nucleotide identity, OrthoANI, average amino acid identity and in silico DNA-DNA hybridization) produced values well below the thresholds for species delineation with all methods tested. In addition, a phenotypic characterization was performed to support the description and differentiation of the novel strain from related taxa. The results obtained demonstrate that the strain represent a novel species, for which the name Vibrio eleionomae sp. nov. is proposed.

Terpenic Constituents of Essential Oils with Larvicidal Activity against Aedes Aegypti: A QSAR and Docking Molecular Study.

Aedes aegypti is a vector for the arbovirus responsible for yellow fever, Zika and Chikungunya virus. Essential oils and their constituents are known for their larvicidal properties and are strong candidates for mosquito control. This work aimed to develop a quantitative structure-activity study and molecular screening for the search and design of new larvicidal agents. Twenty-five monoterpenes with previously evaluated larvicidal activity were built and optimized using computational tools. QSAR models were constructed through genetic algorithms from the larvicidal activity and the calculation of theoretical descriptors for each molecule. Docking studies on acetylcholinesterase (AChE) and sterol carrier protein (SCP-2) were also carried out. Results demonstrate that the epoxide groups in the structure of terpenes hinder larvicidal activity, while lipophilicity plays an important role in enhancing biological activity. Larvicidal activity correlates with the interaction of the sterol-carrier protein. Of the 25 compounds evaluated, carvacrol showed the highest larvicidal activity with an LC50 of 8.8 µg/mL. The information included in this work contributes to describing the molecular, topological, and quantum mechanical properties related to the larvicidal activity of monoterpenes and their derivatives.

Embarazo ectópico abdominal con feto vivo en el Hospital Provincial de Bié, Angola / Abdominal ectopic pregnancy with a live fetus in Bié Provincial Hospital, Angola

El embrión, en condiciones normales, es concebido en la trompa y migra al útero. Un pequeño porcentaje que no llega a completar esta migración, se convierte en embarazo ectópico. Se presentó el caso de un embarazo ectópico abdominal con feto vivo; paciente femenina de 32 años de edad, multigesta con 4 partos eutócicos a término. A las 37 semanas de edad gestacional se remitió al Hospital Provincial de Bié por presentar dolor abdominal difuso, de moderada intensidad, que se exacerbaba con los movimientos fetales. Se realizó la cesárea, se encontró un embarazo ectópico abdominal con feto vivo y placenta implantada en fondo uterino, epiplón y colon transverso. Se dejó placenta in situ para un posterior seguimiento.

The embryo, under normal conditions, is conceived into the fallopian tube and migrates to the uterus. A small percentage of the embryos that do not complete this migration become an ectopic pregnancy. We present a 32-year-old female patient with multiple gestation pregnancies and 4 normal term deliveries who had an abdominal ectopic pregnancy with a live fetus. She was referred to Bié Provincial Hospital at 37 weeks' gestation due to diffuse abdominal pain of moderate intensity, which was exacerbated by fetal movements. A cesarean section was performed; an abdominal ectopic pregnancy with a live fetus and the placenta implanted in the uterine fundus, omentum, and transverse colon was found. The placenta was left in situ for further follow-up.

Producción científica sobre traumatismo craneoencefálico en revistas estudiantiles cubanas. Enero de 2015-junio de 2021

Introducción: los traumatismos craneoencefálicos son un reto para los servicios de salud. Recibir desde pregrado una formación en su atención constituye una necesidad. Objetivo: caracterizar la producción científica sobre traumatismo craneoencefálico, publicada en revistas estudiantiles cubanas entre enero de 2015 y junio de 2021. Materiales y métodos: se realizó un estudio bibliométrico, descriptivo y retrospectivo. El universo estuvo constituido por nueve artículos, de los que se analizó tipología, año de publicación, cantidad de autores, provincia y centro de procedencia de los mismos, cantidad de referencias, cantidad de artículos por revista y número de veces citados. Resultados: el 77,8 % de los artículos fueron originales, y 2020 fue el año más productivo (55,6 %). El 44,4 % de los artículos fue firmado por cinco autores; el 32,4 % de los autores pertenecían a la provincia de Pinar del Río. La media de referencias por artículos fue de 19,9; el Índice de Price se encontró entre 0,45 y 0,82, con una media de 0,75. El 55,6 % de las publicaciones aparecieron en la revista Universidad Médica Pinareña, cuyos artículos también fueron los más citados (85 %). Conclusiones: la producción científica estudiantil sobre trauma craneoencefálico es baja, y la influencia y visibilidad de los artículos disponibles, atendiendo a la cantidad de citas, es pequeña.

Introduction: crania-encephalic traumas are a challenge for health services. Receiving training on their care since undergraduate studies is a necessity. Objective: to characterize the scientific production on crania-encephalic trauma published in Cuban student journals between January 2015 and June 2021. Materials and methods: a bibliometric, descriptive and retrospective study was carried out. The universe was constituted by 9 articles, of which typology, year of publication, quantity of authors, province and centers of origin, quantity of references; quantity of articles per journal and number of times cited were analyzed. Results: 77.8% of the articles were originals, and 2020 was the most productive year (55.6%). 44% of the articles were signed by five authors; 32.4% of the authors belonged to the province of Pinar del Rio. The average number of references per articles was 19.9; the Price Index was found between 0.45 and 0.85, with an average of 0.75. 55.6% of the publications appeared in the journal Universidad Médica Pinareña, the articles of which were also the most cited ones (85%). Conclusions: the student scientific production on crania-encephalic trauma is low, and the influence and visibility of the available articles, taking into account the quantity of cites, is small.

Un análisis sobre la visibilización de las revistas científicas estudiantiles cubanas / An analysis of the visibilization of Cuban student scientific journals

Apreciado editor: Cuba impulsa la construcción de un sistema de gobierno que tiene entre sus intereses fundamentales el desarrollo de la ciencia y la innovación, escenario en el que las instituciones de Educación Superior (IES) constituyen actores fundamentales. En este sentido, las publicaciones seriadas aportan un inmejorable espacio para la comunicación científica escrita de los resultados investigativos, al propiciar la interacción, retroalimentación y discusión entre lectores a nivel global y ser garantes de una mayor visibilidad para los hallazgos en los disímiles campos de la ciencia.1 En ello, no solo intervienen los profesionales que investigan, sino también la comunidad de pregrado que incursiona en este proceso sustantivo universitario y socializa la ciencia generada a través de sus 17 revistas científicas estudiantiles (RCE). Actualmente, uno de los principales escollos que combaten las RCE cubanas es el concerniente a la visibilidad e impacto de sus publicaciones. Al respecto, en una carta al editor publicada en 2019 Vera-Rivero y otros2 destacan la negativa del Ministerio de Ciencia, Tecnología y Medio Ambiente(CITMA) a su certificación; así como la escasa o ausente indexación en bases de datos de prestigio internacional. Tales elementos también suscitaron un profundo y enriquecedor debate en el contexto del décimo congreso de la FEU. La Certificación de Publicación Seriada Científico-Tecnológica que otorga el CITMA reconoce, oficialmente, en todo el territorio nacional el carácter científico-tecnológico de una publicación seriada y contribuye a su homologación internacional. Según el artículo 3 de la Resolución No. 59/20033 que rige este proceso, la certificación puede ser otorgada a toda publicación seriada, en soporte de papel o electrónico, en cualquiera de sus modalidades, siempre que cumpla con los requisitos detallados en el artículo 20 de la mencionada resolución. Resulta necesario destacar que, en la actualidad, aunque existen RCE cubanas que cumplen con los requisitos que demanda esta certificación, ninguna la posee. Por otra parte, el posicionamiento de las revistas científicas en índices, repositorios o bases de datos de alto impacto es vital para la reputación y alcance de los documentos publicados en estas.4 En el contexto internacional existen diversos Sistemas de Indexación y Resumen (SIR). Algunos de los de mayor reconocimiento y de alcance multidisciplinar son: Dialnet, Directory of Open Access Journals (DOAJ), Fuente Académica, Latindex, Scopus, Redalyc, Red Iberoamericana de Innovación y Conocimiento Científico (REDIB), Scientific Electronic Library Online (SciELO) y Web of Science (WoS), los cuales coadyuvan a visibilizar los trabajos publicados en las revistas y, por lo tanto, resultan de gran utilidad para la difusión internacional de sus contenidos.5 Para los estudiantes universitarios cubanos y los equipos editoriales de las RCE el posicionamiento de estas en bases de datos de prestigio supondría, entre otros beneficios: Un mayor impacto de su producción científica a nivel internacional. Un mayor reconocimiento de las RCE, así como de las IES a las que tributan en función del desarrollo científico desde el pregrado. Una mayor probabilidad para los artículos publicados de ser consultados y, en consecuencia, potencialmente citados. Una mayor credibilidad para el trabajo desarrollado por los equipos editoriales. Cuba ostenta el honor de formar parte de SciELO, a través de la Colección SciELO Cuba. Según el documento Criterios, políticas y procedimientos para la admisión y permanencia de revistas en la Colección SciELO Cuba,6 las revistas que realicen la solicitud de indexación deben identificarse con las siguientes características: Carácter científico, es decir, que comunican la investigación original en alineamiento progresivo con las prácticas de la ciencia abierta. Las revistas de divulgación no son evaluadas. Relevancia, sostenibilidad operativa y financiera, calificación editorial en función de evaluar, comunicar y promover la investigación en ciertas materias, disciplinas o áreas temáticas. Contribución al desempeño del área temática respectiva en la colección. Adopción de estándares de comunicación científica y buenas prácticas. A pesar de la madurez mostrada por las RCE en cuanto a la evolución de sus resultados, con un mayor reconocimiento del sector universitario en Cuba y otros países, así como la indexación en otras bases de datos de prestigio internacional, estas publicaciones seriadas se han visto restringidas en su ingreso a la red SciELO, aun cuando cuentan con un comité evaluador regional. Sin embargo, llama la atención la presencia de otras RCE -declaradas como tal y con características similares a sus homólogas cubanas- en SciELO. Por ejemplo, Revista Científica Ciencia Médica (https://rccm-umss.com/index.php/revistacientificacienciamedica), órgano de difusión oficial de la Sociedad Científica de Estudiantes de Medicina de la Facultad de Medicina "Dr. Aurelio Melean" de la Universidad Mayor de San Simón, se encuentra en SciELO Bolivia. Revista Científica CIMEL (http://www.cimel.felsocem.net/index.php/CIMEL/index), publicación oficial de la Federación Latinoamericana de Sociedad Científica de Estudiantes de Medicina (FELSOSEM), pertenece a SciELO Perú. Revista MÉDICAS UIS de los Estudiantes de Medicina de la Universidad Industrial de Santander (https://revistas.uis.edu.co/index.php/revistamedicasuis/about), indexada en SciELO Colombia. De este modo, resulta inevitable para los autores de esta misiva cuestionarse: ¿por qué ninguna de las RCE cubanas se encuentra certificada por el CITMA o indexada en la Colección SciELO Cuba? Coincidimos con Piezzi7 en destacar que, como los países de América Latina constituyen la periferia de la producción científica mundial o la ciencia perdida del tercer mundo, resulta acuciante poder ofrecer a los autores revistas acreditadas y de calidad, capaces de difundir con idoneidad, eficacia y velocidad las propias investigaciones. El ingreso de las RCE cubanas a bases de datos de prestigio, así como su pleno reconocimiento por organismos nacionales, significaría un inestimable avance en ese empeño. Queda a la medida de las problemáticas analizadas en el presente artículo, lo señalado por Rodríguez-García al plantear que en la uniformidad de oportunidades, la organización, la estandarización y la integración están las premisas para fomentar la visibilidad y la calidad de la publicación (…) cubana.8(AU)

Principios FAIR de gestión de datos de investigación en ciencias de la salud

Introducción: Los datos abiertos para la validación y generalización de los resultados de investigación, así como el reciclaje de sets de datos constituye una sentida necesidad en la asistencia médica. Objetivo: Describir los principios FAIR de gestión de datos de investigación. Método: Se realizó una búsqueda de información en las bases de datos Scopus, SciELO, Redalyc y PubMed/MedLine mediante una fórmula con el uso combinado de términos y operadores booleanos. Se emplearon los términos "Datos abiertos", "datos de investigación", "FAIR". Desarrollo: Los datos abiertos representan un avance en las ciencias de la información, y en el campo de la salud han alcanzado progresos en la última década. No basta solo con producir y compartir datos, estos deben cumplir un conjunto de principios para su digitalización, reproducibilidad y reciclaje. Los FAIR buscan lograr sets de datos localizables, accesibles, interoperables y reutilizables, así como la eliminación de barreras culturales, socioeconómicas y técnicas. Su aplicación en las ciencias de la salud permite un mejor uso de los recursos al evitar la replicación de investigaciones con resultados negativos, concede la reutilización de datos y la generalización de resultados mediante la combinación de los mismos. Conclusiones: Los principios FAIR buscan fortalecer la ciencia abierta, eliminar barreras, desarrollar infraestructuras, protocolos y políticas de datos. Su aplicación en las ciencias de la salud es de gran valor, por constituir una poderosa herramienta para mejorar las prácticas investigativas y asistenciales.

Introduction: Open data for the validation and generalization of research results as well as the recycling of datasets is a felt need in healthcare. Objective: to describe the FAIR principles for research data management. Method: A search in the Scopus, SciELO, Redalyc and PubMed/MedLine databases for gathering information was carried out applying a formula with the combined use of terms and Boolean operators. The terms "Open data", "research data", and "FAIR" were used. Development: Open data mean a breakthrough in information sciences, and even in health field has made progress in the last decade. It is not enough just to produce and share data, they must comply a set of principles for digitalizing, reproducing and recycling. FAIR data seek to achieve findable, accessible, interoperable and reusable datasets, as well as the elimination of cultural, socioeconomic and technical barriers. The FAIR principles application in health sciences allows a better use of resources avoiding the replication of research with negative results, granting the reuse of data and the generalization of results by combining them. Conclusions: The FAIR principles seek to strengthen open science, eliminate barriers, for developing infrastructures, protocols and data policies. The application in health sciences is of great value, as constitute a powerful tool for improving research and care practices.

Introdução: Dados abertos para validação e generalização de resultados de pesquisas, bem como a reciclagem de conjuntos de dados, constituem uma necessidade sentida na assistência médica. Objetivo: Descrever os princípios FAIR de gerenciamento de dados de pesquisa. Método: Foi realizada busca de informações nas bases de dados Scopus, SciELO, Redalyc e PubMed/MedLine por meio de uma fórmula com o uso combinado de termos e operadores booleanos. Foram utilizados os termos "Open data", "research data", "FAIR". Desenvolvimento: Os dados abertos representam um avanço nas ciências da informação, e na área da saúde tiveram avanços na última década. Não basta apenas produzir e partilhar dados, estes devem obedecer a um conjunto de princípios para a sua digitalização, reprodutibilidade e reciclagem. As FAIR buscam obter conjuntos de dados localizáveis, acessíveis, interoperáveis e reutilizáveis, bem como a remoção de barreiras culturais, socioeconômicas e técnicas. Sua aplicação nas ciências da saúde permite um melhor aproveitamento dos recursos ao evitar a replicação de pesquisas com resultados negativos, possibilita o reaproveitamento de dados e a generalização dos resultados por meio de sua combinação. Conclusões: Os princípios FAIR buscam fortalecer a ciência aberta, eliminar barreiras, desenvolver infraestruturas, protocolos e políticas de dados. Sua aplicação nas ciências da saúde é de grande valia, pois constitui uma poderosa ferramenta para aprimorar as práticas de pesquisa e assistência.

Producción científica de la provincia Pinar del Río en el área Medicine de Scopus, 2017-2021

Introducción: La evaluación de la producción científica constituye una herramienta de gran valor para trazar estrategias guiadas a una mejor cultura de investigación y publicación. Objetivo: Caracterizar la producción científica de la provincia Pinar del Río, Cuba, en el área Medicine en Scopus en el período 2017-2021. Material y Método: Se realizó un estudio observacional, descriptivo, longitudinal y retrospectivo, de tipo bibliométrico a los artículos con autoría pinareña en revistas indexadas en Scopus. El universo estuvo compuesto por 86 artículos. Se empleó estrategia de búsqueda para la información, Zotero y Bibexcel para la normalización de metadatos y VOSviewer para generar los mapas de coocurrencia de términos. Resultados: El año más productivo fue 2020 con 31,33 % de los artículos. Hubo predominio de los artículos originales (82,56 %). El 87,24 % fue publicado en revistas nacionales, donde 30,24 % correspondió a Revista Cubana de Medicina General Integral. De los 27 artículos que mostraron colaboración internacional, 33,35 % provenía de Ecuador. El análisis de coocurrencia permitió identificar 69 términos con más de 4 menciones, organizándose en 17 clústeres. Entre las instituciones más productivas se encontró la Universidad de Ciencias Médicas de Pinar del Río (40,69 %) y al Policlínico Universitario "Pedro Borrás Astorga" (13,95 %). Conclusiones: Existe una baja producción científica pinareña en el área Medicine en Scopus, caracterizada por la publicación de artículos originales, publicación en revistas nacionales, la existencia de cooperación internacional y la Universidad de Ciencias Médicas como institución más productiva.

Introduction: The evaluation of scientific production is a highly valuable tool for the development of strategies directed to a better research and publication culture. Objective: To characterize the scientific production of Pinar del Rio province, Cuba, in the Medicine-related area in Scopus during the 2017-2021 period. Material and Methods: An observational, descriptive, longitudinal and retrospective bibliometric-type study was conducted in articles published by authors from Pinal del Rio province in journals indexed in Scopus datebase. The universe consisted of 86 articles. Information search strategy was used, Zotero and Bibexcel were used for metadata normalization, and VOSviewer to generate maps of term co-occurrence. Results: The most productive year was 2020 (31.33% of articles). There was a predominance of original articles (82.56%). Additionally, 87.24% was published in national journals where 30.24% corresponded to Revista Cubana de Medicina General Integral. Of the 27 articles that showed international collaboration, 33.35% were from Ecuador. The co-occurrence analysis allowed us to identify 69 terms with more than 4 mentions, organized in 17 clusters. The University of Medical Sciences of Pinar del Rio (40.69%) and "Pedro Borrás Astorga" University Polyclinic were among the most productive institutions. Conclusions: There is a low scientific production in the Medicine-related area of Scopus in Pinar del Rio, which is characterized by the publication of original articles, publication in national journals, the existence of international cooperation, and the University of Medical Sciences as the most productive institution.

Genomics, Phylogeny, and in Silico Phenotyping of Nitrosopumilus Genus.

The present study reports the first genome of Nitrosopumilus extracted from the marine sponge Thoosa mismalolli. The genomic study of Nitrosopumilus genus using seven genomes type strains (N. maritimus, N. piranensis, N. zosterae, N. ureiphilus, N. adriaticus, N. oxyclinae and N. cobalaminigenes), four genomes Candidatus species (Ca. N. koreensis, Ca. N. sp. AR2, Ca. N. salaria BD31, and SZUA-335), and six reference genomes (SI075, SI0036, SI0060, SI0034, SI0048, and bin36o) isolated from marine sponge, a tropical marine fish tank, dimly lit deep coastal waters, the lower euphotic zone of coastal waters, near-surface sediment, and MAG N. sp NMAG03 isolated from Thoosa mismalolli was performed. These genomes were characterized by means of a polyphasic approach comprising multilocus sequence analysis (MLSA) of 139 single-copy genes (SCG), core-pangenome, ANI, and in silico phenotypic characterization. We found that the genomes of the Nitrosopumilus genus formed three separate clusters (A, B, and C) based in 139 SCG sequence similarity. The genomes showed values between 75.2 and 99.5% for ANI, the core genome consisted of 168 gene families and the pangenome of 6,011 gene families. Based on the genomic analyses performed, the cluster A may contain a potential new species (NMAG03), and the cluster C could be represented by three new species of the genus. Finally, based on the results shown in this polyphasic approach, we support the use of the integrated approach for genomic analysis of poorly studied genera.

Bacterial diversity associated with the excavating sponge Thoosa mismalolli from East Pacific Coral reefs.

Thoosa mismalolli is one of the most abundant and common excavating sponges along Mexican and Central America shallow reefs. This sponge harbors a microbiome unknown so far. In the present study, the metagenome of T. mismalolli was sequenced, and total reads obtained were classified, and contigs were assembled to analyze the microbiota. The results showed that the highest number of contigs was assigned to the phylum 'Candidatus Poribacteria' (8848), followed by the phylum Proteobacteria (6415), and Chloroflexi (3972). 22 MAGs with <8.5% redundancy using MaxBin 2 were detected: 'Candidatus Poribacteria' (5), Proteobacteria (5), Chloroflexi (6), Gemmatimonadetes (2), Actinobacteria (2), and Thaumarchaeota (2). The phylogenetic tree based on the 139 single-copy gene (SCG) suggested a subdivision into two clades of the phylum Proteobacteria. The presence Thaumarchaeota is also interesting to highlight because contains ammonia-oxidizing archaea considered key members of the global nitrogen and carbon biogeochemical cycles. In addition, shotgun metagenomic analysis revealed that protein sequences associated for amino acids (13.0%) and carbohydrate metabolism (12.4%) predominated. In this study, the first microbiome and functional potential of T. mismalolli is reported, which also represents the first investigation of a microbiota sponge in the Mexican Pacific reefs.

Dysregulation of KRT19, TIMP1, and CLDN1 gene expression is associated with thyroid cancer.

Thyroid nodules are the main indicators of thyroid cancer, their malignancy is evaluated by cytological analysis and imaging technology, however, there are still cases where the result is not enough to classify thyroid cancer. Therefore, there is a necessity for accurate molecular biomarkers to collaborate in the diagnosis. Here, we analyzed the mRNA relative expression of CLDN1, TIMP1, and KRT19 genes in FNA of malignant (n = 48) and benign (n = 49) thyroid nodules by RT-qPCR analysis to assess their predictive value as cancer biomarkers. We identified a significant overexpression of the three transcripts in malignant nodules, therefore, the evaluation of their predictive capacity to distinguish between benign and malignant nodule as individual biomarkers were evaluated by logistic regression tests, obtaining promising prediction results to rule out cancer; later by random forest to create a stronger model, we included expression results with clinicopathological characteristics, the best model consists of the three-mRNA level expression with patient's history of cancer (AUC = 0.821, accuracy = 85.4% and sensitivity of 81.1%). These results demonstrate a dysregulated expression of CLDN1, KRT19 and TIMP1 in thyroid cancer, thus, represent a promising panel of biomarkers to be evaluated in indeterminate thyroid nodules.

Factores asociados a la publicación por miembros de grupos científicos estudiantiles en universidades médicas cubanas / Factors associated with publication by members of student scientific groups in Cuban medical universities

RESUMEN Introducción: La investigación en las ciencias médicas cubanas constituye una de las funciones principales del personal de la salud, que incentiva la formación de habilidades investigativas desde el pregrado. Objetivo: Identificar factores asociados a la publicación en revistas científicas por miembros de grupos científicos estudiantiles en universidades médicas cubanas. Métodos: Estudio multicéntrico observacional, descriptivo, de corte transversal en 74 estudiantes miembros de grupos científicos estudiantiles de las universidades de ciencias médicas de Pinar del Río, Cienfuegos y Holguín, en el período entre enero y marzo de 2020. Se empleó una encuesta semiestructurada para la recolección de los datos. Resultados: El 71,62 % de los estudiantes publicaron artículos, lo cual sumó 283 publicaciones, con predominio de originales (131). Se encontró relación (p< 0,05) entre el año académico, la edad y el número de investigaciones realizadas con la publicación de artículos. La publicación de artículos se asoció con la participación en proyectos de investigación (p= 0,036), participación en cursos de investigación (p= 0,03) y publicación (p< 0,001); así como ser editor de una revista científica (p= 0,005), recibir asesoría por docentes para publicar (p= 0,002) o ser premiado por investigar o publicar (p= 0,001). Conclusiones: La publicación científica se favorece en estudiante vinculados a proyectos de investigación, cursos de publicación científica e investigación y a la labor de las revistas científicas. La asesoría docente y apoyo de la universidad se vinculan a una mayor productividad.

ABSTRACT Introduction: Research in Cuban medical sciences constitute one of the main functions of health personnel, encouraging the formation of research skills from the undergraduate level. Objective: To identify factors associated with publication in scientific journals by members of student scientific groups in Cuban medical universities. Methods: An observational, descriptive, cross-sectional, multicenter, descriptive study was carried out in 74 students members of student scientific groups of the universities of medical sciences of Pinar del Río, Cienfuegos and Holguín, in the period between January and March 2020. A semi-structured survey was used for data collection. Results: 71,62 % of the students published articles, totaling 283 publications, with a predominance of originals (131). There was a relationship (p< 0.05) between academic year, age and number of research studies with the publication of articles. The publication of articles was associated with participation in research projects (p= 0.036), participation in research courses (p= 0.03) and publication (p< 0.001); as well as being editor of a scientific journal (p= 0.005), receiving advice by teachers to publish (p= 0.002) or being awarded for researching or publishing (p= 0.001). Conclusions: Scientific publication is favored in students linked to research projects, scientific publication and research courses, and to the work of scientific journals. Teaching advice and support from the university are linked to higher productivity.

Factores asociados a la procrastinación académica en estudiantes de Estomatología de siete universidades cubanas / Factors associated to academic procrastination in dental students from seven Cuban universities

RESUMEN Introducción: La procrastinación, que es la acción de posponer determinadas actividades, impacta negativamente en el ámbito académico, de ahí la necesidad de investigar sobre el tema. Objetivo: Determinar algunos factores asociados a la procrastinación académica en estudiantes cubanos de Estomatología. Métodos: Estudio multicéntrico, observacional, analítico y transversal, realizado en 7 universidades cubanas. Se investigó la procrastinación con una escala validada y se obtuvieron razones de prevalencias ajustadas (RPa), intervalos de confianza al 95 % (IC 95 %) y valores p mediante modelos lineales generalizados. Resultados: De los 738 estudiantes, el 17 % y el 14% postergan los trabajos y las lecturas de los cursos que no le gustan; respectivamente. En el modelo multivariado, se encontró que estuvo asociado a una mayor frecuencia de procrastinación el tener más edad (RPa: 1,16; IC 95 %: 1,05-1,29; p= 0,003) y contar con el apoyo de un tutor (RPa: 1,81; IC 95 %: 1,24-2,64; p= 0,002). Por el contrario, hubo menos procrastinación entre los que habían publicado al menos un artículo científico (RPa: 0,62; IC 95 %: 0,40-0,97; p= 0,036); ajustado por 3 variables. Conclusiones: La edad, el tener un tutor y la publicación de artículos científicos son factores asociados a la procrastinación académica en estudiantes cubanos de Estomatología.

ABSTRACT Introduction: Procrastination, which is the action of postponing certain activities, has a negative impact on the academic field, hence the need to investigate the subject. Objective: To determine some factors associated with academic procrastination in Cuban dental students. Methods: Multicenter, observational, analytical and cross-sectional study, performed in 7 Cuban universities. Procrastination was investigated with a validated scale and adjusted prevalence ratios (aPR), 95 % confidence intervals (95 % CI), and p-values ​​were obtained using generalized linear models. Results: Of the 738 students, 17 % and 14 % put off course work and reading that they don't like; respectively. In the multivariate model, it was found that being older (aPR: 1,16; 95 % CI: 1,05-1,29; p= 0,003) and having the support of a tutor (aPR: 1,81; 95 % CI: 1,24-2,64; p= 0,002) were factors associated with a higher frequency of procrastination. On the contrary, there was less procrastination among those who had published at least one scientific article (aPR: 0,62; 95 % CI: 0,40-0,97; p= 0,036); adjusted for 3 variables. Conclusions: Age, having a tutor and the publication of scientific articles were factors associated with academic procrastination in Cuban dental students.

Costos generados por la atención al paciente grave en unidades de cuidados intensivos / Costs generated by the care of the critically ill patient in intensive care units

Introducción: Las Unidades de Cuidados Intensivos brindan atención a pacientes con condiciones clínicas que ponen su vida en peligro o con potencialidad a ello. Por ende, se requiere de personal altamente especializado, equipamiento y medicamentos; lo cual genera altos gastos. Objetivo: Describir los costos de la atención al paciente crítico atendido en la Unidad de Cuidados Intensivos. Métodos: Se realizó un estudio de evaluación económica parcial de descripción de costos. El universo estuvo conformado por 455 pacientes, se seleccionó una muestra de 155 mediante un muestreo aleatorio simple. La recolección de los datos se realizó a través de los registros de costos del Departamento de Contabilidad y Estadística, historia clínica, tarjeta y ficha de costo. Resultados: Los costos diarios por paciente fueron de 656,76 CUP. El departamento de radiología fue el de mayores cargos (23069,88 CUP), el complementario más indicado fue el hemograma (883). Los catéteres de abordaje venoso profundo constituyeron el instrumental más empleado y generó un gasto total de 144,26 CUP. Los electrólitos y los antimicrobianos constituyeron los grupos medicamentosos que mayores gastos generaron (49133,95 y 24896,08 CUP, respectivamente). Las hemodiálisis generaron un gasto de 142441 CUP. Conclusiones: Los estudios imagenológicos y de laboratorio necesarios para el diagnóstico y seguimiento, así como el empleo de antimicrobianos, electrólitos y equipamiento y procederes para la atención al paciente grave presentan elevados costos(AU)

Introduction: Intensive Care Units provide care to patients with clinical conditions that put their lives in danger or with potential to it. Therefore, highly specialized personnel, equipment and medicines are required; which generates high expenses. Objective: Describe the costs of care for critical patients treated in the Intensive Care Unit. Methods: A partial economic evaluation study of cost description was conducted. The overall sample was made up of 455 patients; a sample of 155 was selected by a simple random sampling. Data collection was carried out through the cost records of the Department of Accounting and Statistics, medical histories, card and cost sheet. Results: Daily costs per patient were 656.76 CUP. The radiology department was the one with the highest charges (23069.88 CUP), the most indicated complementary test was the blood count (883). Deep vein catheters were the most used instruments and generated a total expenditure of 144.26 CUP. Electrolytes and antimicrobials were the drug groups that generated the highest costs (49133.95 and 24896.08 CUP, respectively). Hemodialysis generated an expense of 142 441 CUP. Conclusions: Imaging and laboratory studies necessary for diagnosis and follow-up, as well as the use of antimicrobials, electrolytes and equipment and procedures for the care of the critically ill patient present high costs(AU)

Clinical predictors of improvement in left ventricular ejection fraction in U.S. veterans with heart failure.

Background: Our understanding of the factors associated with improvement of LVEF and a heart failure with improved EF (HFimpEF) phenotype remains incomplete. Methods: We conducted a retrospective study using a national database of patients followed in the Veterans Affairs (VA) health system with serial assessment of left ventricular ejection fraction (LVEF) by echocardiography. We identified US veterans with a new diagnosis of heart failure with: (i) LVEF of <40 % in the 12 months prior to diagnosis, and (ii) follow-up LVEF assessment at least 6 months after their diagnosis. We defined HFimpEF as a final LVEF of ≥40 %. Results: Among the 106,414 US veterans with an initial LVEF of <40 % in this analysis, 39,994 (37.6 %) had a final EF of >40 % after a median follow up of 5 years. Multivariate regression analysis identified several factors that were independently associated with LVEF improvement including female sex, younger age, higher BMI, and a history of specific comorbid conditions such as hypertension, valve disease, atrial fibrillation, connective tissue disease, liver disease, and malignancy (p < 0.001). Conversely, a history of ischemic heart disease and peripheral arterial disease, as well as specific racial backgrounds (Black and Hispanic) were associated with lower rates of LVEF improvement. The model c-statistic for predicting LVEF improvement was 0.70. Conclusions: This large, detailed dataset facilitated an analysis of a large number of variables that significantly associated with HFimpEF; however, their combined discriminatory value for LVEF improvement remained modest, underscoring the complexity of the gene-environment-treatment interactions that govern LV function.

Uso de las tecnologías de la información y las comunicaciones para el autoaprendizaje en estudiantes de ciencias médicas durante la pandemia de COVID-19 / Use of information and communication technologies for self-learning among medical sciences students during the COVID-19 pandemic

La actual situación, resultado de la COVID-19, ha provocado la necesidad de reorganizar el proceso docente-educativo en la enseñanza médica, orientándola hacia la virtualidad. Esta investigación se propuso como objetivo caracterizar el uso de las tecnologías de la información y de las comunicaciones para el autoaprendizaje por estudiantes de ciencias médicas durante la COVID-19 en Cuba. Se desarrolló un estudio multicéntrico, observacional, descriptivo y transversal, en el mes de julio de 2020. La muestra estuvo constituida por 354 estudiantes, seleccionados mediante un muestreo tipo bola de nieve (snow ball). Para la recolección de la información, se empleó un formulario de Google Forms. Predominaron estudiantes del sexo femenino (53,67 por ciento) y de la carrera de medicina (67,23 por ciento). El 89,27 por ciento del total empleó teléfonos móviles para estudiar, y el 91,24 por ciento utilizó WhatsApp como principal medio de intercambio. El 95,76 por ciento manejó recursos disponibles en Infomed. El 11,86 por ciento refirió participar en cursos virtuales sobre la COVID-19 y el 11,29 por ciento, en algún evento científico de igual tipo, relacionado con la pandemia. Se confirmó el uso de las tecnologías de la información y de las comunicaciones por los estudiantes de las ciencias de la salud en Cuba, con aprovechamiento de los recursos disponibles en la red Infomed; ello permitió continuar con el proceso de enseñanza-aprendizaje, a pesar de las limitaciones impuestas por la COVID-19. El uso de teléfonos inteligentes y de las redes sociales también fue favorable(AU)

The current situation brought about by the COVID-19 pandemic has resulted in the need to gear the medical education teaching-learning process toward virtuality. This study aimed to characterize the use of information and communication technologies for self-learning among medical sciences students during the COVID-19 pandemic in Cuba. A multicenter cross-sectional observational descriptive study was conducted of Medical Sciences students in Cuba in the month of July 2020. The sample was 354 students selected by snowball sampling. Data collection was based on a form obtained from Google Forms. A predominance was found of female students (53.67percent) and medical undergraduate training (67.23percent). Of the students surveyed, 89.27percent used mobile phones to study, whereas for 91.24percent WhatsApp was the main data sharing tool. 95.76percent used resources available in Infomed. 11.86percent of the students reported participation in virtual courses about COVID-19, and 11.29percent in some sort of virtual scientific event related to the pandemic. Identification was made of the use of information and communications technologies by medical sciences students in Cuba, with a profitable use of the resources made available by the Infomed network. This made it possible to go on with the teaching-learning process despite the limitations imposed by the pandemic. Smartphones and social networks enhanced the teaching-learning process(AU)