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Proteínas Adaptadoras de Transdução de Sinal/genética , Proteínas de Ligação a DNA/genética , Eosinofilia/genética , Fusão Gênica/genética , Leucemia Mielogênica Crônica BCR-ABL Positiva/genética , Receptor beta de Fator de Crescimento Derivado de Plaquetas/genética , Fatores de Transcrição/genética , Tirosina Quinase 3 Semelhante a fms/genética , Feminino , Forminas , Humanos , Masculino , Pessoa de Meia-Idade , Transtornos Mieloproliferativos/genética , Proteínas Tirosina Quinases/genéticaAssuntos
Aberrações Cromossômicas , Cromossomos Humanos Par 11 , Fatores de Transcrição Forkhead/genética , Linfoma de Células B/genética , Translocação Genética , Linhagem Celular Tumoral , Mutação com Ganho de Função , Regulação Neoplásica da Expressão Gênica , Células HL-60 , Humanos , Linfoma de Células B/patologia , Regulação para Cima/genéticaAssuntos
Calreticulina/genética , Janus Quinase 2/genética , Mutação , Fator de Transcrição STAT5/genética , Idoso , Alelos , Linhagem Celular Tumoral , Citoplasma/metabolismo , Éxons , Feminino , Deleção de Genes , Perfilação da Expressão Gênica , Humanos , Inflamação , Antígenos CD15/metabolismo , Análise de Sequência de DNA , Transdução de SinaisAssuntos
Linfoma de Burkitt/genética , Metilação de DNA , Herpesvirus Humano 4 , Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala , Linfoma de Burkitt/virologia , Linhagem Celular Tumoral , Exoma , Regulação Neoplásica da Expressão Gênica , Herpesvirus Humano 4/genética , Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala/métodos , Humanos , Cariotipagem , Polimorfismo de Nucleotídeo ÚnicoRESUMO
Genetic heterogeneity is common in tumors, explicable by the development of subclones with distinct genetic and epigenetic alterations. We describe an in vitro model for cancer heterogeneity, comprising the diffuse large B-cell lymphoma cell line U-2932 which expresses two sets of cell surface markers representing twin populations flow-sorted by CD20 vs CD38 expression. U-2932 populations were traced to subclones of the original tumor with clone-specific immunoglobulin IgVH4-39 hypermutation patterns. BCL6 was overexpressed in one subpopulation (R1), MYC in the other (R2), both clones overexpressed BCL2. According to the combined results of immunoglobulin hypermutation and cytogenetic analysis, R1 and R2 derive from a mother clone with genomic BCL2 amplification, which acquired secondary rearrangements leading to the overexpression of BCL6 (R1) or MYC (R2). Some 200 genes were differentially expressed in R1/R2 microarrays including transcriptional targets of the aberrantly expressed oncogenes. Other genes were regulated by epigenetic means as shown by DNA methylation analysis. Ectopic expression of BCL6 in R2 variously modulated new candidate target genes, confirming dual silencing and activating functions. In summary, stable retention of genetically distinct subclones in U-2932 models tumor heterogeneity in vitro permitting functional analysis of oncogenes against a syngenic background.
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Evolução Clonal , Linfoma Difuso de Grandes Células B/genética , ADP-Ribosil Ciclase 1/análise , Antígenos CD20/análise , Sequência de Bases , Linhagem Celular Tumoral , Aberrações Cromossômicas , Proteínas de Ligação a DNA/genética , Epigênese Genética , Genes bcl-2 , Humanos , Imunofenotipagem , Linfoma Difuso de Grandes Células B/imunologia , Dados de Sequência Molecular , Oncogenes , Proteínas Proto-Oncogênicas c-bcl-6 , Receptores CXCR4/genética , Hipermutação Somática de Imunoglobulina , TranscriptomaAssuntos
Proteínas Adaptadoras de Transdução de Sinal/genética , Antígenos Nucleares/genética , Cromossomos Humanos Par 11 , Cromossomos Humanos Par 3 , Cromossomos Humanos X , Proteínas com Domínio LIM/genética , Proteínas Proto-Oncogênicas/genética , Proteínas de Ligação a RNA/genética , Translocação Genética , Proteínas de Ciclo Celular , Humanos , Receptores de Antígenos de Linfócitos T/genética , Reação em Cadeia da Polimerase Via Transcriptase ReversaAssuntos
Proteínas de Ligação a DNA/genética , Linfoma Folicular/genética , Mutação/genética , Recidiva Local de Neoplasia/genética , Fatores de Transcrição/genética , Adulto , Idoso , Idoso de 80 Anos ou mais , Western Blotting , Estudos de Coortes , Metilação de DNA , Proteína Potenciadora do Homólogo 2 de Zeste , Epigênese Genética , Feminino , Histonas , Humanos , Técnicas Imunoenzimáticas , Linfoma Folicular/diagnóstico , Linfoma Folicular/metabolismo , Lisina , Masculino , Pessoa de Meia-Idade , Recidiva Local de Neoplasia/diagnóstico , Recidiva Local de Neoplasia/metabolismo , Complexo Repressor Polycomb 2 , Prognóstico , RNA Mensageiro/genética , Reação em Cadeia da Polimerase Via Transcriptase Reversa , Taxa de Sobrevida , Análise Serial de Tecidos , Adulto JovemAssuntos
Proteínas Reguladoras de Apoptose/metabolismo , Proteínas Quinases Dependentes de Cálcio-Calmodulina/metabolismo , Células Matadoras Naturais/citologia , Leucemia-Linfoma Linfoblástico de Células T Precursoras/patologia , Biomarcadores , Linhagem Celular Tumoral , Proteínas Quinases Associadas com Morte Celular , Humanos , MetilaçãoAssuntos
Cromossomos Humanos Par 14/genética , Cromossomos Humanos Par 9/genética , Rearranjo Gênico , Leucemia-Linfoma Linfoblástico de Células T Precursoras/genética , Receptor Notch1/genética , Translocação Genética/genética , Adulto , Western Blotting , Aberrações Cromossômicas , Humanos , Hibridização in Situ Fluorescente , Cariotipagem , Leucemia-Linfoma Linfoblástico de Células T Precursoras/patologiaRESUMO
Janus kinase 2 (JAK2)V617F-activating mutations (JAK2mu) occur in myeloproliferative disorders (MPDs) and myelodysplastic syndromes (MDSs). Cell lines MB-02, MUTZ-8, SET-2 and UKE-1 carry JAK2V617F and derive from patients with MPD/MDS histories. Challenging the consensus that expression of JAK2V617F is the sole precondition for cytokine independence in class I cytokine receptor-positive cells, two of four of the JAK2mu cell lines were growth factor-dependent. These cell lines resembled JAK2wt cells regarding JAK2/STAT5 activation: cytokine deprivation effected dephosphorylation, whereas erythropoetin or granulocyte colony-stimulating factor induced phosphorylation of JAK2 and STAT5. Cytokine independence correlated with low expression and cytokine dependence with high expression of the JAK/STAT pathway inhibitor suppressor of cytokine signaling 2 (SOCS2) suggesting a two-step mechanism for cytokine independence of MPD cells: (i) activation of the oncogene JAK2V617F and (ii) inactivation of the tumor suppressor gene SOCS2. Confirming that SOCS2 operates as a negative JAK2V617F regulator, SOCS2 knockdown induced constitutive STAT5 phosphorylation in JAK2mu cells. CpG island hypermethylation is reported to promote SOCS gene silencing in malignant diseases. Accordingly, in one of two cytokine-independent cell lines and in two of seven MPD patients, we found SOCS2 hypermethylation associated with reduced promoter access to transcription factors. Our results provide solid evidence that SOCS2 epigenetic downregulation might be an important second step in the genesis of cytokine-independent MPD clones.
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Janus Quinase 2/genética , Janus Quinase 2/metabolismo , Transtornos Mieloproliferativos/genética , Transtornos Mieloproliferativos/metabolismo , Proteínas Supressoras da Sinalização de Citocina/genética , Proteínas Supressoras da Sinalização de Citocina/metabolismo , Apoptose/fisiologia , Divisão Celular/fisiologia , Linhagem Celular , Doença Crônica , Citocinas/metabolismo , Epigênese Genética/fisiologia , Regulação Leucêmica da Expressão Gênica , Inativação Gênica/fisiologia , Humanos , Metilação , Transtornos Mieloproliferativos/patologia , Fosforilação , Mutação Puntual , Fator de Transcrição STAT5/metabolismo , Transdução de Sinais/fisiologiaRESUMO
In T-cell acute lymphoblastic leukemia (T-ALL) the cardiac homeobox gene NKX2-5 (at 5q35) is variously deregulated by regulatory elements coordinating with BCL11B (at 14q32.2), or the T-cell receptor gene TRD (at 14q11.2), respectively. NKX2-5 is normally expressed in developing spleen and heart, regulating fundamental processes, including differentiation and survival. In this study we investigated whether NKX2-5 expression in T-ALL cell lines reactivates these embryonal pathways contributing to leukemogenesis. Among 18 known targets analyzed, we identified three genes regulated by NKX2-5 in T-ALL cells, including myocyte enhancer factor 2C (MEF2C). Knockdown and overexpression assays confirmed MEF2C activation by NKX2-5 at both the RNA and protein levels. Direct interactions between NKX2-5 and GATA3 as indicated by co-immunoprecipitation data may contribute to MEF2C regulation. In T-ALL cell lines LOUCY and RPMI-8402 MEF2C expression was correlated with a 5q14 deletion, encompassing noncoding proximal gene regions. Fusion constructs with green fluorescent protein permitted subcellular detection of MEF2C protein in nuclear speckles interpretable as repression complexes. MEF2C consistently inhibits expression of NR4A1/NUR77, which regulates apoptosis via BCL2 transformation. Taken together, our data identify distinct mechanisms underlying ectopic MEF2C expression in T-ALL, either as a downstream target of NKX2-5, or via chromosomal aberrations deleting proximal gene regions.
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Proteínas de Ligação a DNA/fisiologia , Regulação Leucêmica da Expressão Gênica , Proteínas de Homeodomínio/fisiologia , Leucemia-Linfoma de Células T do Adulto/patologia , Proteínas de Domínio MADS/fisiologia , Fatores de Regulação Miogênica/fisiologia , Proteínas de Neoplasias/fisiologia , Receptores Citoplasmáticos e Nucleares/fisiologia , Receptores de Esteroides/fisiologia , Fatores de Transcrição/fisiologia , Apoptose/genética , Apoptose/fisiologia , Linhagem Celular Tumoral/efeitos dos fármacos , Linhagem Celular Tumoral/metabolismo , Deleção Cromossômica , Cromossomos Humanos Par 5/genética , Cromossomos Humanos Par 5/ultraestrutura , Proteínas de Ligação a DNA/análise , Elementos Facilitadores Genéticos , Regulação da Expressão Gênica no Desenvolvimento , Inativação Gênica , Genes Homeobox , Proteína Homeobox Nkx-2.5 , Proteínas de Homeodomínio/antagonistas & inibidores , Proteínas de Homeodomínio/genética , Humanos , Leucemia-Linfoma de Células T do Adulto/genética , Leucemia-Linfoma de Células T do Adulto/metabolismo , Fatores de Transcrição MEF2 , Correpressor 2 de Receptor Nuclear , Membro 1 do Grupo A da Subfamília 4 de Receptores Nucleares , Proteínas Repressoras/análise , Fatores de Transcrição/antagonistas & inibidores , Fatores de Transcrição/genéticaRESUMO
Recurrent chromosomal aberrations in hematopoietic tumors target genes involved in pathogenesis. Their identification and functional characterization are therefore important for the establishment of rational therapies. Here, we investigated genomic amplification at 7q22 in the T-cell lymphoma cell line SU-DHL-1 belonging to the subtype of anaplastic large-cell lymphoma (ALCL). Cytogenetic analysis mapped this amplicon to 86-95 Mb. Copy-number determination quantified the amplification level at 5- to 6-fold. Expression analysis of genes located within this region identified cyclin-dependent kinase 6 (CDK6) as a potential amplification target. In comparison with control cell lines, SU-DHL-1 expressed considerably higher levels of CDK6. Functionally, SU-DHL-1 cells exhibited reduced sensitivity to rapamycin treatment, as indicated by cell growth and cell cycle analysis. Rapamycin reportedly inhibits degradation of the CDK inhibitor p27 with concomitant downregulation of cyclin D3, implying a proliferative advantage for CDK6 overexpression. Amplification of the CDK6 locus was analyzed in primary T-cell lymphoma samples and, while detected infrequently in those classified as ALCL (1%), was detected in 23% of peripheral T-cell lymphomas not otherwise specified. Taken together, analysis of the 7q22 amplicon identified CDK6 as an important cell cycle regulator in T-cell lymphomas, representing a novel potential target for rational therapy.
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Cromossomos Humanos Par 7 , Quinase 6 Dependente de Ciclina/genética , Dosagem de Genes , Linfoma de Células T/genética , Linhagem Celular Tumoral , Aberrações Cromossômicas , Análise Citogenética , Resistência a Medicamentos/genética , Regulação Neoplásica da Expressão Gênica , Humanos , Linfoma Anaplásico de Células Grandes/enzimologia , Linfoma Anaplásico de Células Grandes/genética , Linfoma Anaplásico de Células Grandes/patologia , Linfoma de Células T/enzimologia , Linfoma de Células T/patologia , Linfoma de Células T Periférico/enzimologia , Linfoma de Células T Periférico/genética , Linfoma de Células T Periférico/patologia , Sirolimo/farmacologia , Células Tumorais CultivadasAssuntos
Sítios Frágeis do Cromossomo/genética , Cromossomos Humanos Par 3/genética , Cromossomos Humanos Par 7/genética , Proteínas de Ligação a DNA/fisiologia , Linfoma de Células B/genética , Linfoma Difuso de Grandes Células B/genética , MicroRNAs/fisiologia , Translocação Genética/genética , Regiões não Traduzidas/genética , Sequência de Bases , Humanos , Hibridização in Situ Fluorescente , Cariotipagem , Linfoma de Células B/patologia , Linfoma Difuso de Grandes Células B/patologia , Masculino , Pessoa de Meia-Idade , Dados de Sequência Molecular , Fases de Leitura Aberta , Proteínas Proto-Oncogênicas c-bcl-6 , RNA Mensageiro/genética , RNA Mensageiro/metabolismo , Reação em Cadeia da Polimerase Via Transcriptase Reversa , Homologia de Sequência do Ácido Nucleico , Células Tumorais CultivadasRESUMO
A mutation in the JH2 pseudokinase domain of the Janus kinase 2 gene (JAK2 V617F) has been described in chronic myeloproliferative disorders (MPD). We screened 79 acute myeloid leukemia (AML) cell lines and found five positive for JAK2 V617F (HEL, MB-02, MUTZ-8, SET-2, UKE-1), 4/5 with histories of MPD/MDS. While SET-2 expressed both mutant (mu) and wild-type (wt) JAK2, remaining positives carried homo-/hemizygous JAK2 mutations. Microsatellite analysis confirmed losses of heterozygosity (LOH) affecting the JAK2 region on chromosome 9p in MB-02, MUTZ-8 and UKE-1, but also in HEL, the only JAK2mu cell line lacking any reported MPD/MDS history. All five JAK2mu cell lines displayed cytogenetic hallmarks of MDS, namely losses of 5q or 7q, remarkably in 4/5 cases affecting both chromosomes. Our combined FISH and microsatellite analysis uncovered a novel mechanism to supplement mitotic recombination previously proposed to explain JAK2 LOH, namely chromosome deletion with/without selective JAK2mu amplification. Confirming the importance of the mutated JAK2 protein for growth and prevention of apoptosis, JAK2mu cell lines displayed higher sensitivities to JAK2 inhibition than JAK2wt cell lines. In summary, JAK2 V617F cell lines, derived from patients with history of MPD/MDS, represent novel research tools for elucidating the pathobiology of this JAK2 mutation.
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Mutação , Transtornos Mieloproliferativos/genética , Proteínas Tirosina Quinases/genética , Proteínas Proto-Oncogênicas/genética , Sequência de Bases , Linhagem Celular , Cromossomos Humanos Par 9 , Primers do DNA , Humanos , Janus Quinase 2 , Perda de Heterozigosidade , Repetições de Microssatélites , Proteínas Tirosina Quinases/antagonistas & inibidores , Proteínas Proto-Oncogênicas/antagonistas & inibidoresRESUMO
We recently identified a new acute myeloid leukemia (AML) subtype characterized by mutations at exon-12 of the nucleophosmin (NPM) gene and aberrant cytoplasmic expression of NPM protein (NPMc+). NPMc+ AML accounts for about 35% of adult AML and it is associated with normal karyotype, wide morphological spectrum, CD34-negativity, high frequency of FLT3-ITD mutations and good response to induction therapy. In an attempt to identify a human cell line to serve as a model for the in vitro study of NPMc+ AML, we screened 79 myeloid cell lines for mutations at exon-12 of NPM. One of these cell lines, OCI/AML3, showed a TCTG duplication at exon-12 of NPM. This mutation corresponds to the type A, the NPM mutation most frequently observed in primary NPMc+ AML. OCI/AML3 cells also displayed typical phenotypic features of NPMc+ AML, that is, expression of macrophage markers and lack of CD34, and the immunocytochemical hallmark of this leukemia subtype, that is, the aberrant cytoplasmic expression of NPM. The OCI/AML3 cell line easily engrafts in NOD/SCID mice and maintains in the animals the typical features of NPMc+ AML, such as the NPM cytoplasmic expression. For all these reasons, the OCI/AML3 cell line represents a remarkable tool for biomolecular studies of NPMc+ AML.