Hybrid indexes for repetitive datasets.

Advances in DNA sequencing mean that databases of thousands of human genomes will soon be commonplace. In this paper, we introduce a simple technique for reducing the size of conventional indexes on such highly repetitive texts. Given upper bounds on pattern lengths and edit distances, we pre-process the text with the lossless data compression algorithm LZ77 to obtain a filtered text, for which we store a conventional index. Later, given a query, we find all matches in the filtered text, then use their positions and the structure of the LZ77 parse to find all matches in the original text. Our experiments show that this also significantly reduces query times.

Laparostomía contenida en el manejo de la sepsis abdominal / Temporary abdominal closure for the management of abdominal sepsis

Introducción: La laparostomía contenida es una técnica para el manejo de la sepsis y otras patologías de origen abdominal. Las series reportadas en Chile aun son escasas. Nuestro objetivo es comunicar nuestra experiencia con laparostomía contenida en el manejo de la sepsis abdominal, con el uso de polietileno fenestrado como cobertura peritoneal transitoria. Material y método: Se realiza una revisión retrospectiva de los pacientes laparostomizados en nuestro hospital entre enero del 2002 a junio del 2005. Para la revisión de fichas clínicas y obtención de datos se confeccionó un protocolo de registro. Se excluyeron 5 pacientes que no cumplieron con este protocolo. Resultados: Nuestra serie quedó constituida por 32 pacientes. La edad promedio fue 51 años. La distribución por sexo fue 59 por ciento hombres y 41 por ciento mujeres. La laparostomía fue la primera cirugía en 24 pacientes. La principal indicación fue la gran contaminación de la cavidad peritoneal. La etiología de la infección intraabdominal, se agrupó según la clasificación de Meakins modificada. El promedio de días laparostomizado fue de 7,8. 10 pacientes requirieron nueva cirugía post-laparorrafia. El promedio de aseos fue de 2,3. Morbilidad médica se presentó en 25 pacientes. Morbilidad quirúrgica se presentó en 19 pacientes. Seis pacientes se ingresaron a Cuidados Intensivos para su manejo. El promedio de hospitalización fue 28 días. La mortalidad de la serie fue 6 pacientes (18,7 por ciento).Conclusiones: La sepsis abdominal sigue siendo una patología de difícil manejo pese al avance en antibioticoterapia y cuidados intensivos. Se expone la experiencia con la técnica de laparostomía contenida, en el Hospital Herminda Martin de Chillán, con el uso de polietileno fenestrado como una alternativa al manejo de la sepsis abdominal, con alta morbilidad general y una mortalidad aceptable en relación a la literatura.