RESUMO
Brazil currently ranks second in absolute deaths by COVID-19, even though most of its population has completed the vaccination protocol. With the introduction of Omicron in late 2021, the number of COVID-19 cases soared once again in the country. We investigated in this work how lineages BA.1 and BA.2 entered and spread in the country by sequencing 2173 new SARS-CoV-2 genomes collected between October 2021 and April 2022 and analyzing them in addition to more than 18,000 publicly available sequences with phylodynamic methods. We registered that Omicron was present in Brazil as early as 16 November 2021 and by January 2022 was already more than 99% of samples. More importantly, we detected that Omicron has been mostly imported through the state of São Paulo, which in turn dispersed the lineages to other states and regions of Brazil. This knowledge can be used to implement more efficient non-pharmaceutical interventions against the introduction of new SARS-CoV variants focused on surveillance of airports and ground transportation.
Assuntos
COVID-19 , SARS-CoV-2 , Humanos , SARS-CoV-2/genética , Brasil/epidemiologia , Meios de Transporte , VacinaçãoRESUMO
We report SARS-CoV-2 genomic surveillance results between Belo Horizonte, Brazil's third and fourth case waves. Samples were obtained through a routine university monitoring COVID-19 program from the 9th to the 22nd epidemiological weeks (March and June 2022). We identified ten samples from the BA.1 clade (BA.1, BA.1.1, and BA.1.14.1 lineages) and 45 samples from the BA.2 clade (BA.2, BA.2.56, BA.2.9, BA.2.62, BA.2.23, BA.2.81, and BA.2.10). We observed progressive replacement of the BA.1 by the BA.2 clade. Furthermore, two XAG recombinants were found in the 22nd week. Diversification of the omicron variant seems to have contributed to the resurgence of cases in Belo Horizonte, similarly to what has been reported in South Africa.
Assuntos
COVID-19 , SARS-CoV-2 , Humanos , Brasil/epidemiologia , SARS-CoV-2/genética , Universidades , COVID-19/epidemiologiaRESUMO
Dengue virus (DENV) is a Flavivirus estimated to cause 390 million infections/year. Currently, there is no anti-viral specific treatment for dengue, and efficient DENV vector control is still unfeasible. Here, we designed and produced chimeric proteins containing potential immunogenic epitopes from the four DENV serotypes in an attempt to further compose safer, balanced tetravalent dengue vaccines. For this, South American DENV isolate sequences were downloaded from the NCBI/Virus Variation/Dengue virus databases and intraserotype-aligned to generate four consensuses. Four homologous DENV sequences were retrieved using BLAST and then interserotype-aligned. In parallel, sequences were subjected to linear B epitope prediction analysis. Regions of the envelope and NS1 proteins that are highly homologous among the four DENV serotypes, non-conserved antigenic regions and the most antigenic epitopes found in the C, prM, E and NS1 DENV proteins were used to construct 11 chimeric peptides. Genes encoding the chimeric proteins were commercially synthesized, and proteins were expressed, purified by affinity chromatography and further subjected to ELISA assays using sera from individuals infected with DENVs 1, 2, 3 or 4. As a proof-of-concept, the chimeric EnvEpII protein was selected to immunize BALB/c and C57BL/6 mice strains. The immunization with EnvEpII protein associated with aluminum induced an increased number of T CD4+ and CD8+ cells, high production of IgG1 and IgG2 antibodies, and increased levels of IL-2 and IL-17 cytokines, in both mouse strains. Because the EnvEpII protein associated with aluminum induced an efficient cellular response by stimulating the production of IL-2, IL-4, IL-17 and induced a robust humoral response in mice, we conclude that it resembles an efficient specific response against DENV infection. Although further experiments are required, our results indicate that epitope selection by bioinformatic tools is efficient to create recombinant proteins that can be used as candidates for the development of vaccines against infectious diseases.
Assuntos
Vacinas contra Dengue , Dengue , Proteínas Recombinantes de Fusão/imunologia , Proteínas Virais/imunologia , Animais , Anticorpos Neutralizantes/imunologia , Anticorpos Antivirais/imunologia , Citocinas/imunologia , Dengue/prevenção & controle , Vacinas contra Dengue/genética , Vírus da Dengue/genética , Vírus da Dengue/imunologia , Camundongos , Camundongos Endogâmicos BALB C , Camundongos Endogâmicos C57BL , Proteínas Recombinantes de Fusão/genética , Linfócitos T/imunologia , Vacinas Combinadas/genética , Proteínas Virais/genéticaRESUMO
A família Bunyaviridae consiste em uma das maiores e mais diversificadas famílias de vírus de RNA, contendo cerca de 350 vírus sorologicamente distintos. O Apeu virus (APEUV) é um vírus da família Bunyaviridae que se destaca por seu grande potencial emergente. Isolado pela primeira no Brasil, este vírus pode causar uma doença que apresenta sintomas semelhantes aos da gripe, como febre alta, dor de cabeça e mialgia, associadas geralmente a náuseas, vômitos, fraqueza e fotofobia. Entretanto, apesar de seu potencial patogênico, pouco se sabe sobre a sua interação com o sistema imunológico humano. Com o objetivo de estudar alguns aspectos da resposta imune, principalmente a reposta inata desencadeada pela infecção do APEUV, a expressão de 19 genes (TLR3, TLR7, TLR8, TLR9, MyD88,IRF3, IRF5, IRF7, IRF9, IRAK4, TRAF3, TRAF6, TICAM1, JUN, ROBO-3(RIG-1),IFIH1(MDA-5), IFNα, IFNβ, IFNy) foi analisada. Para tal, foram feitos ensaios de qPCR baseados na metodologia TaqMan®, utilizando cDNA obtido a partir de RNA total extraído de células mononucleares do sangue periférico (PBMC) e de células A549 (linhagem derivada de carcinoma pulmonar humano), infectadas ou não com APEUV por períodos de 4 ou 8 horas.
Como controles, foram utilizadas células infectadas com o vírus da estomatite vesicular (VSV) como controle positivo de uma infecção por vírus de RNA fita simples, e células tratadas com o mock das amostras de vírus como controle negativo. Os dados obtidos foram analisados em software específico. Nossos resultados indicam que PBMC infectadas com APEUV por 4horas (m.o.i.=1 e m.o.i.=3) induzem um aumento na expressão de TLR9 e IFNβ. Quando quantificada a expressão de genes em células A549 infectadas com APEUV(m.o.i.=1 por 4 horas) comparadas com o mock, verificou-se um aumento da expressão dos genes TLR9, IRF3 e IRF7 e no período de 8 horas, também comparando com o mock, verificou-se aumento de forma significativa na expressão de TLR 9, além de um aumento na expressão de TLR3, TLR7, TRAF3 , IRF7 e IFNβ.Verificamos ainda que, após escolher um gene housekeeping através de método estatístico, células A549 infectadas com APEUV em uma m.o.i.=1, tende a aumentara expressão dos genes IFNβ e TICAM-I, fundamentais na indução de um estado celular antiviral. Estudos posteriores são necessários para a determinação dos mecanismos envolvidos na resposta imune inata humana contra o Apeu virus.
Assuntos
Masculino , Feminino , Humanos , Bunyaviridae/isolamento & purificação , Infecções por Vírus de RNA/imunologia , Vírus de RNA/patogenicidadeRESUMO
A família Bunyaviridae consiste em uma das maiores e mais diversificadas famílias de vírus de RNA, contendo cerca de 350 vírus sorologicamente distintos. O Apeu virus (APEUV) é um vírus da família Bunyaviridae que se destaca por seu grande potencial emergente. Isolado pela primeira no Brasil, este vírus pode causar uma doença que apresenta sintomas semelhantes aos da gripe, como febre alta, dor de cabeça e mialgia, associadas geralmente a náuseas, vômitos, fraqueza e fotofobia. Entretanto, apesar de seu potencial patogênico, pouco se sabe sobre a sua interação com o sistema imunológico humano. Com o objetivo de estudar alguns aspectos da resposta imune, principalmente a reposta inata desencadeada pela infecção do APEUV, a expressão de 19 genes (TLR3, TLR7, TLR8, TLR9, MyD88,IRF3, IRF5, IRF7, IRF9, IRAK4, TRAF3, TRAF6, TICAM1, JUN, ROBO-3(RIG-1),IFIH1(MDA-5), IFNα, IFNβ, IFNy) foi analisada. Para tal, foram feitos ensaios de qPCR baseados na metodologia TaqMan®, utilizando cDNA obtido a partir de RNA total extraído de células mononucleares do sangue periférico (PBMC) e de células A549 (linhagem derivada de carcinoma pulmonar humano), infectadas ou não com APEUV por períodos de 4 ou 8 horas...
Como controles, foram utilizadas células infectadas com o vírus da estomatite vesicular (VSV) como controle positivo de uma infecção por vírus de RNA fita simples, e células tratadas com o mock das amostras de vírus como controle negativo. Os dados obtidos foram analisados em software específico. Nossos resultados indicam que PBMC infectadas com APEUV por 4horas (m.o.i.=1 e m.o.i.=3) induzem um aumento na expressão de TLR9 e IFNβ. Quando quantificada a expressão de genes em células A549 infectadas com APEUV(m.o.i.=1 por 4 horas) comparadas com o mock, verificou-se um aumento da expressão dos genes TLR9, IRF3 e IRF7 e no período de 8 horas, também comparando com o mock, verificou-se aumento de forma significativa na expressão de TLR 9, além de um aumento na expressão de TLR3, TLR7, TRAF3 , IRF7 e IFNβ.Verificamos ainda que, após escolher um gene housekeeping através de método estatístico, células A549 infectadas com APEUV em uma m.o.i.=1, tende a aumentara expressão dos genes IFNβ e TICAM-I, fundamentais na indução de um estado celular antiviral. Estudos posteriores são necessários para a determinação dos mecanismos envolvidos na resposta imune inata humana contra o Apeu virus...