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The coffee genome provides insight into the convergent evolution of caffeine biosynthesis.
Denoeud, France; Carretero-Paulet, Lorenzo; Dereeper, Alexis; Droc, Gaëtan; Guyot, Romain; Pietrella, Marco; Zheng, Chunfang; Alberti, Adriana; Anthony, François; Aprea, Giuseppe; Aury, Jean-Marc; Bento, Pascal; Bernard, Maria; Bocs, Stéphanie; Campa, Claudine; Cenci, Alberto; Combes, Marie-Christine; Crouzillat, Dominique; Da Silva, Corinne; Daddiego, Loretta; De Bellis, Fabien; Dussert, Stéphane; Garsmeur, Olivier; Gayraud, Thomas; Guignon, Valentin; Jahn, Katharina; Jamilloux, Véronique; Joët, Thierry; Labadie, Karine; Lan, Tianying; Leclercq, Julie; Lepelley, Maud; Leroy, Thierry; Li, Lei-Ting; Librado, Pablo; Lopez, Loredana; Muñoz, Adriana; Noel, Benjamin; Pallavicini, Alberto; Perrotta, Gaetano; Poncet, Valérie; Pot, David; Rigoreau, Michel; Rouard, Mathieu; Rozas, Julio; Tranchant-Dubreuil, Christine; VanBuren, Robert; Zhang, Qiong; Andrade, Alan C; Argout, Xavier.
Afiliação
  • Denoeud F; Commissariat à l'Energie Atomique, Genoscope, Institut de Génomique, BP5706, 91057 Evry, France. CNRS, UMR 8030, CP5706, Evry, France. Université d'Evry, UMR 8030, CP5706, Evry, France.
  • Carretero-Paulet L; Department of Biological Sciences, 109 Cooke Hall, University at Buffalo (State University of New York), Buffalo, NY 14260, USA.
  • Dereeper A; Institut de Recherche pour le Développement (IRD), UMR Résistance des Plantes aux Bioagresseurs (RPB) [Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (CIRAD), IRD, UM2)], BP 64501, 34394 Montpellier Cedex 5, France.
  • Droc G; CIRAD, UMR Amélioration Génétique et Adaptation des Plantes Méditerranéennes et Tropicales (AGAP), F-34398 Montpellier, France.
  • Guyot R; IRD, UMR Diversité Adaptation et Développement des Plantes (CIRAD, IRD, UM2), BP 64501, 34394 Montpellier Cedex 5, France.
  • Pietrella M; Italian National Agency for New Technologies, Energy and Sustainable Development (ENEA) Casaccia Research Center, Via Anguillarese 301, 00123 Roma, Italy.
  • Zheng C; Department of Mathematics and Statistics, University of Ottawa, 585 King Edward Avenue, Ottawa, Ontario K1N 6N5, Canada.
  • Alberti A; Commissariat à l'Energie Atomique, Genoscope, Institut de Génomique, BP5706, 91057 Evry, France.
  • Anthony F; Institut de Recherche pour le Développement (IRD), UMR Résistance des Plantes aux Bioagresseurs (RPB) [Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (CIRAD), IRD, UM2)], BP 64501, 34394 Montpellier Cedex 5, France.
  • Aprea G; Italian National Agency for New Technologies, Energy and Sustainable Development (ENEA) Casaccia Research Center, Via Anguillarese 301, 00123 Roma, Italy.
  • Aury JM; Commissariat à l'Energie Atomique, Genoscope, Institut de Génomique, BP5706, 91057 Evry, France.
  • Bento P; Commissariat à l'Energie Atomique, Genoscope, Institut de Génomique, BP5706, 91057 Evry, France.
  • Bernard M; Commissariat à l'Energie Atomique, Genoscope, Institut de Génomique, BP5706, 91057 Evry, France.
  • Bocs S; CIRAD, UMR Amélioration Génétique et Adaptation des Plantes Méditerranéennes et Tropicales (AGAP), F-34398 Montpellier, France.
  • Campa C; IRD, UMR Diversité Adaptation et Développement des Plantes (CIRAD, IRD, UM2), BP 64501, 34394 Montpellier Cedex 5, France.
  • Cenci A; Institut de Recherche pour le Développement (IRD), UMR Résistance des Plantes aux Bioagresseurs (RPB) [Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (CIRAD), IRD, UM2)], BP 64501, 34394 Montpellier Cedex 5, France. Bioversity International, Parc Scientifique Agr
  • Combes MC; Institut de Recherche pour le Développement (IRD), UMR Résistance des Plantes aux Bioagresseurs (RPB) [Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (CIRAD), IRD, UM2)], BP 64501, 34394 Montpellier Cedex 5, France.
  • Crouzillat D; Nestlé Research and Development Centre, 101 Avenue Gustave Eiffel, Notre-Dame-d'Oé, BP 49716, 37097 Tours Cedex 2, France.
  • Da Silva C; Commissariat à l'Energie Atomique, Genoscope, Institut de Génomique, BP5706, 91057 Evry, France.
  • Daddiego L; ENEA Trisaia Research Center, 75026 Rotondella, Italy.
  • De Bellis F; CIRAD, UMR Amélioration Génétique et Adaptation des Plantes Méditerranéennes et Tropicales (AGAP), F-34398 Montpellier, France.
  • Dussert S; IRD, UMR Diversité Adaptation et Développement des Plantes (CIRAD, IRD, UM2), BP 64501, 34394 Montpellier Cedex 5, France.
  • Garsmeur O; CIRAD, UMR Amélioration Génétique et Adaptation des Plantes Méditerranéennes et Tropicales (AGAP), F-34398 Montpellier, France.
  • Gayraud T; IRD, UMR Diversité Adaptation et Développement des Plantes (CIRAD, IRD, UM2), BP 64501, 34394 Montpellier Cedex 5, France.
  • Guignon V; Bioversity International, Parc Scientifique Agropolis II, 34397 Montpellier Cedex 5, France.
  • Jahn K; Department of Mathematics and Statistics, University of Ottawa, 585 King Edward Avenue, Ottawa, Ontario K1N 6N5, Canada. Center for Biotechnology, Universität Bielefeld, Universitätsstraße 27, D-33615 Bielefeld, Germany. AG Genominformatik, Technische Fakultät, Universität Bielefeld, 33594 Bielefeld
  • Jamilloux V; Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de Recherches en Génomique-Info (UR INRA 1164), Centre de Recherche de Versailles, 78026 Versailles Cedex, France.
  • Joët T; IRD, UMR Diversité Adaptation et Développement des Plantes (CIRAD, IRD, UM2), BP 64501, 34394 Montpellier Cedex 5, France.
  • Labadie K; Commissariat à l'Energie Atomique, Genoscope, Institut de Génomique, BP5706, 91057 Evry, France.
  • Lan T; Department of Biological Sciences, 109 Cooke Hall, University at Buffalo (State University of New York), Buffalo, NY 14260, USA. Department of Biology, Chongqing University of Science and Technology, 4000042 Chongqing, China.
  • Leclercq J; CIRAD, UMR Amélioration Génétique et Adaptation des Plantes Méditerranéennes et Tropicales (AGAP), F-34398 Montpellier, France.
  • Lepelley M; Nestlé Research and Development Centre, 101 Avenue Gustave Eiffel, Notre-Dame-d'Oé, BP 49716, 37097 Tours Cedex 2, France.
  • Leroy T; CIRAD, UMR Amélioration Génétique et Adaptation des Plantes Méditerranéennes et Tropicales (AGAP), F-34398 Montpellier, France.
  • Li LT; Department of Plant Biology, 148 Edward R. Madigan Laboratory, MC-051, 1201 West Gregory Drive, University of Illinois at Urbana-Champaign, Urbana, IL 61801, USA.
  • Librado P; Departament de Genètica and Institut de Recerca de la Biodiversitat (IRBio), Universitat de Barcelona, Diagonal 643, Barcelona 08028, Spain.
  • Lopez L; ENEA Trisaia Research Center, 75026 Rotondella, Italy.
  • Muñoz A; Department of Mathematics, University of Maryland, Mathematics Building 084, University of Maryland, College Park, MD 20742, USA. School of Electrical Engineering and Computer Science, University of Ottawa, 800 King Edward Avenue, Ottawa, Ontario K1N 6N5, Canada.
  • Noel B; Commissariat à l'Energie Atomique, Genoscope, Institut de Génomique, BP5706, 91057 Evry, France.
  • Pallavicini A; Department of Life Sciences, University of Trieste, Via Licio Giorgieri 5, 34127 Trieste, Italy.
  • Perrotta G; ENEA Trisaia Research Center, 75026 Rotondella, Italy.
  • Poncet V; IRD, UMR Diversité Adaptation et Développement des Plantes (CIRAD, IRD, UM2), BP 64501, 34394 Montpellier Cedex 5, France.
  • Pot D; CIRAD, UMR Amélioration Génétique et Adaptation des Plantes Méditerranéennes et Tropicales (AGAP), F-34398 Montpellier, France.
  • Priyono; Indonesian Coffee and Cocoa Institute, Jember, East Java, Indonesia.
  • Rigoreau M; Nestlé Research and Development Centre, 101 Avenue Gustave Eiffel, Notre-Dame-d'Oé, BP 49716, 37097 Tours Cedex 2, France.
  • Rouard M; Bioversity International, Parc Scientifique Agropolis II, 34397 Montpellier Cedex 5, France.
  • Rozas J; Departament de Genètica and Institut de Recerca de la Biodiversitat (IRBio), Universitat de Barcelona, Diagonal 643, Barcelona 08028, Spain.
  • Tranchant-Dubreuil C; IRD, UMR Diversité Adaptation et Développement des Plantes (CIRAD, IRD, UM2), BP 64501, 34394 Montpellier Cedex 5, France.
  • VanBuren R; Department of Plant Biology, 148 Edward R. Madigan Laboratory, MC-051, 1201 West Gregory Drive, University of Illinois at Urbana-Champaign, Urbana, IL 61801, USA.
  • Zhang Q; Department of Plant Biology, 148 Edward R. Madigan Laboratory, MC-051, 1201 West Gregory Drive, University of Illinois at Urbana-Champaign, Urbana, IL 61801, USA.
  • Andrade AC; Laboratório de Genética Molecular, Núcleo de Biotecnologia (NTBio), Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, Final Av. W/5 Norte, Parque Estação Biológia, Brasília-DF 70770-917, Brazil.
Science ; 345(6201): 1181-4, 2014 Sep 05.
Article em En | MEDLINE | ID: mdl-25190796
ABSTRACT
Coffee is a valuable beverage crop due to its characteristic flavor, aroma, and the stimulating effects of caffeine. We generated a high-quality draft genome of the species Coffea canephora, which displays a conserved chromosomal gene order among asterid angiosperms. Although it shows no sign of the whole-genome triplication identified in Solanaceae species such as tomato, the genome includes several species-specific gene family expansions, among them N-methyltransferases (NMTs) involved in caffeine production, defense-related genes, and alkaloid and flavonoid enzymes involved in secondary compound synthesis. Comparative analyses of caffeine NMTs demonstrate that these genes expanded through sequential tandem duplications independently of genes from cacao and tea, suggesting that caffeine in eudicots is of polyphyletic origin.
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Texto completo: 1 Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Proteínas de Plantas / Cafeína / Genoma de Planta / Evolução Molecular / Coffea / Metiltransferases Idioma: En Ano de publicação: 2014 Tipo de documento: Article
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