Improved Accuracy in RNA-Protein Rigid Body Docking by Incorporating Force Field for Molecular Dynamics Simulation into the Scoring Function.

Iwakiri, Junichi; Hamada, Michiaki; Asai, Kiyoshi; Kameda, Tomoshi

Iwakiri, Junichi; Hamada, Michiaki; Asai, Kiyoshi; Kameda, Tomoshi.

Afiliação

Iwakiri J; Graduate School of Frontier Sciences, The University of Tokyo , 5-1-5 Kashiwanoha, Kashiwa, Chiba 277-8562, Japan.
Hamada M; Department of Electrical Engineering and Bioscience, Faculty of Science and Engineering, Waseda University , 55N-06-10, 3-4-1, Okubo, Shinjuku-ku, Tokyo 169-8555, Japan.
Asai K; Artificial Intelligence Research Center, National Institute of Advanced Industrial Science and Technology (AIST) , 2-4-7 Aomi, Koto-ku, Tokyo 135-0064, Japan.
Kameda T; Graduate School of Frontier Sciences, The University of Tokyo , 5-1-5 Kashiwanoha, Kashiwa, Chiba 277-8562, Japan.

J Chem Theory Comput ; 12(9): 4688-97, 2016 Sep 13.

Article em En | MEDLINE | ID: mdl-27494732

Assuntos

Proteínas/metabolismo; RNA/metabolismo; Sítios de Ligação; Simulação de Acoplamento Molecular; Conformação de Ácido Nucleico; Ligação Proteica; Estrutura Terciária de Proteína; Proteínas/química; RNA/química; Software; Eletricidade Estática

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Texto completo: 1 Base de dados: MEDLINE Assunto principal: RNA / Proteínas Idioma: En Ano de publicação: 2016 Tipo de documento: Article

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