K-mer clustering algorithm using a MapReduce framework: application to the parallelization of the Inchworm module of Trinity.

Kim, Chang Sik; Winn, Martyn D; Sachdeva, Vipin; Jordan, Kirk E

Kim, Chang Sik; Winn, Martyn D; Sachdeva, Vipin; Jordan, Kirk E.

Afiliação

Kim CS; The Hartree Centre and Scientific Computing Department, STFC Daresbury Laboratory, Warrington, WA4 4AD, UK.
Winn MD; Present addresse Cancer Research UK Manchester Institute, The University of Manchester, M20 4BX, Manchester, UK.
Sachdeva V; The Hartree Centre and Scientific Computing Department, STFC Daresbury Laboratory, Warrington, WA4 4AD, UK. martyn.winn@stfc.ac.uk.
Jordan KE; Computational Science Center, IBM T.J. Watson Research, Cambridge, MA, USA.

BMC Bioinformatics ; 18(1): 467, 2017 Nov 03.

Article em En | MEDLINE | ID: mdl-29100493

Assuntos

Algoritmos; Análise por Conglomerados; Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala; RNA/química; RNA/genética; Análise de Sequência de RNA; Transcriptoma

Palavras-chave

De novo sequence assembly; MapReduce; RNA-Seq; Trinity

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Texto completo: 1 Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Algoritmos Idioma: En Ano de publicação: 2017 Tipo de documento: Article

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