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Network pharmacology of bioactives from Sorghum bicolor with targets related to diabetes mellitus.
Oh, Ki Kwang; Adnan, Md; Cho, Dong Ha.
Afiliação
  • Oh KK; Department of Bio-Health Convergence, College of Biomedical Science, Kangwon National University, Chuncheon, Republic of Korea.
  • Adnan M; Department of Bio-Health Convergence, College of Biomedical Science, Kangwon National University, Chuncheon, Republic of Korea.
  • Cho DH; Department of Bio-Health Convergence, College of Biomedical Science, Kangwon National University, Chuncheon, Republic of Korea.
PLoS One ; 15(12): e0240873, 2020.
Article em En | MEDLINE | ID: mdl-33382706
BACKGROUND: Sorghum bicolor (SB) is rich in protective phytoconstituents with health benefits and regarded as a promising source of natural anti-diabetic substance. However, its comprehensive bioactive compound(s) and mechanism(s) against type-2 diabetes mellitus (T2DM) have not been exposed. Hence, we implemented network pharmacology to identify its key compounds and mechanism(s) against T2DM. METHODS: Compounds in SB were explored through GC-MS and screened by Lipinski's rule. Genes associated with the selected compounds or T2DM were extracted from public databases, and the overlapping genes between SB-compound related genes and T2DM target genes were identified using Venn diagram. Then, the networking between selected compounds and overlapping genes was constructed, visualized, and analyzed by RStudio. Finally, affinity between compounds and genes was evaluated via molecular docking. RESULTS: GC-MS analysis of SB detected a total of 20 compounds which were accepted by the Lipinski's rule. A total number of 16 compounds-related genes and T2DM-related genes (4,763) were identified, and 81 overlapping genes between them were selected. Gene set enrichment analysis exhibited that the mechanisms of SB against T2DM were associated with 12 signaling pathways, and the key mechanism might be to control blood glucose level by activating PPAR signaling pathway. Furthermore, the highest affinities were noted between four main compounds and six genes (FABP3-Propyleneglyco monoleate, FABP4-25-Oxo-27-norcholesterol, NR1H3-Campesterol, PPARA-ß-sitosterol, PPARD-ß-sitosterol, and PPARG-ß-sitosterol). CONCLUSION: Our study overall suggests that the four key compounds detected in SB might ameliorate T2DM severity by activating the PPAR signaling pathway.
Assuntos
Regulação da Expressão Gênica/efeitos dos fármacos; Redes Reguladoras de Genes/efeitos dos fármacos; Hipoglicemiantes/química; Compostos Fitoquímicos/química; Sorghum/química; Esteróis/química; Sítios de Ligação; Diabetes Mellitus Tipo 2/tratamento farmacológico; Diabetes Mellitus Tipo 2/genética; Diabetes Mellitus Tipo 2/metabolismo; Proteína 3 Ligante de Ácido Graxo/antagonistas & inibidores; Proteína 3 Ligante de Ácido Graxo/genética; Proteína 3 Ligante de Ácido Graxo/metabolismo; Proteínas de Ligação a Ácido Graxo/antagonistas & inibidores; Proteínas de Ligação a Ácido Graxo/genética; Proteínas de Ligação a Ácido Graxo/metabolismo; Hipoglicemiantes/isolamento & purificação; Hipoglicemiantes/farmacologia; Receptores X do Fígado/antagonistas & inibidores; Receptores X do Fígado/genética; Receptores X do Fígado/metabolismo; Simulação de Acoplamento Molecular; PPAR alfa/antagonistas & inibidores; PPAR alfa/genética; PPAR alfa/metabolismo; PPAR delta/antagonistas & inibidores; PPAR delta/genética; PPAR delta/metabolismo; PPAR gama/antagonistas & inibidores; PPAR gama/genética; PPAR gama/metabolismo; Compostos Fitoquímicos/isolamento & purificação; Compostos Fitoquímicos/farmacologia; Extratos Vegetais/química; Ligação Proteica; Conformação Proteica em alfa-Hélice; Conformação Proteica em Folha beta; Domínios e Motivos de Interação entre Proteínas; Transdução de Sinais; Esteróis/isolamento & purificação; Esteróis/farmacologia; Relação Estrutura-Atividade

Texto completo: 1 Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Esteróis / Regulação da Expressão Gênica / Sorghum / Redes Reguladoras de Genes / Compostos Fitoquímicos / Hipoglicemiantes Idioma: En Ano de publicação: 2020 Tipo de documento: Article

Texto completo: 1 Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Esteróis / Regulação da Expressão Gênica / Sorghum / Redes Reguladoras de Genes / Compostos Fitoquímicos / Hipoglicemiantes Idioma: En Ano de publicação: 2020 Tipo de documento: Article