Markov State Models to Elucidate Ligand Binding Mechanism.

Ge, Yunhui; Voelz, Vincent A

Ge, Yunhui; Voelz, Vincent A.

Afiliação

Ge Y; Department of Chemistry, Temple University, Philadelphia, PA, USA.
Voelz VA; Department of Chemistry, Temple University, Philadelphia, PA, USA. voelz@temple.edu.

Methods Mol Biol ; 2266: 239-259, 2021.

Article em En | MEDLINE | ID: mdl-33759131

Assuntos

Cadeias de Markov; Simulação de Dinâmica Molecular; Fenilalanina Hidroxilase/química; Fenilalanina/química; Proteínas Proto-Oncogênicas c-mdm2/química; Software; Proteína Supressora de Tumor p53/química; Cinética; Ligantes; Ligação Proteica; Domínios Proteicos; Estrutura Terciária de Proteína

Palavras-chave

Allostery; Binding rates; Conformational selection; Dimensionality reduction; Induced-fit; Kinetic network models; Ligand association pathways; Molecular dynamics simulation; Proteinprotein interactions; Time-lagged independent component analysis (tICA)

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Texto completo: 1 Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Fenilalanina Hidroxilase / Fenilalanina / Software / Cadeias de Markov / Proteína Supressora de Tumor p53 / Proteínas Proto-Oncogênicas c-mdm2 / Simulação de Dinâmica Molecular Idioma: En Ano de publicação: 2021 Tipo de documento: Article

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