An automated workflow that generates atom mappings for large-scale metabolic models and its application to Arabidopsis thaliana.

Huß, Sebastian; Judd, Rika Siedah; Koper, Kaan; Maeda, Hiroshi A; Nikoloski, Zoran

Huß, Sebastian; Judd, Rika Siedah; Koper, Kaan; Maeda, Hiroshi A; Nikoloski, Zoran.

Afiliação

Huß S; Systems Biology and Mathematical Modelling Group, Max Planck Institute of Molecular Plant Physiology, Am Mühlenberg 1, 14476, Potsdam, Germany.
Judd RS; Bioinformatics, Institute of Biochemistry and Biology, University of Potsdam, Karl-Liebknecht-Str. 24- 25, 14476, Potsdam, Germany.
Koper K; Department of Botany, University of Wisconsin-Madison, 430, Lincoln, Dr. Madison, Wisconsin, 53706, USA.
Maeda HA; Department of Botany, University of Wisconsin-Madison, 430, Lincoln, Dr. Madison, Wisconsin, 53706, USA.
Nikoloski Z; Department of Botany, University of Wisconsin-Madison, 430, Lincoln, Dr. Madison, Wisconsin, 53706, USA.

Plant J ; 111(5): 1486-1500, 2022 09.

Article em En | MEDLINE | ID: mdl-35819300

Assuntos

Arabidopsis; Arabidopsis/metabolismo; Isótopos de Carbono/metabolismo; Marcação por Isótopo/métodos; Análise do Fluxo Metabólico; Redes e Vias Metabólicas; Modelos Biológicos; Fluxo de Trabalho

Palavras-chave

atom mapping; genome-scale metabolic model; isotopic labeling; metabolic flux analysis; technical advance

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Texto completo: 1 Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Arabidopsis Idioma: En Ano de publicação: 2022 Tipo de documento: Article

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