Acceleration of generalized replica exchange with solute tempering simulations of large biological systems on massively parallel supercomputer.

Jung, Jaewoon; Kobayashi, Chigusa; Sugita, Yuji

Jung, Jaewoon; Kobayashi, Chigusa; Sugita, Yuji.

Afiliação

Jung J; Computational Biophysics Research Team, RIKEN Center for Computational Science, Kobe, Japan.
Kobayashi C; Theoretical Molecular Science Laboratory, RIKEN Cluster for Pioneering Research, Saitama, Japan.
Sugita Y; Computational Biophysics Research Team, RIKEN Center for Computational Science, Kobe, Japan.

J Comput Chem ; 44(20): 1740-1749, 2023 07 30.

Article em En | MEDLINE | ID: mdl-37141320

Assuntos

Simulação de Dinâmica Molecular; Proteínas; Proteínas/química; Software; Temperatura; Aceleração

Palavras-chave

MBAR; biomolecular simulations; enhanced conformational sampling; free energy calculation; high performance computing; molecular dynamics; parallel computing; replica-exchange MD

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Texto completo: 1 Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Proteínas / Simulação de Dinâmica Molecular Idioma: En Ano de publicação: 2023 Tipo de documento: Article

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