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1.
Reusable rule-based cell cycle model explains compartment-resolved dynamics of 16 observables in RPE-1 cells.
PLoS Comput Biol
; 20(1): e1011151, 2024 Jan.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38190398
2.
A protocol for dynamic model calibration.
Brief Bioinform
; 23(1)2022 01 17.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34619769
3.
Improving dynamic predictions with ensembles of observable models.
Bioinformatics
; 39(1)2023 01 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36416122
4.
IDESS: a toolbox for identification and automated design of stochastic gene circuits.
Bioinformatics
; 39(11)2023 11 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-37988145
5.
Distilling identifiable and interpretable dynamic models from biological data.
PLoS Comput Biol
; 19(10): e1011014, 2023 Oct.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-37851682
6.
Optimal evaluation of energy yield and driving force in microbial metabolic pathway variants.
PLoS Comput Biol
; 19(7): e1011264, 2023 07.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-37410779
7.
PEtab-Interoperable specification of parameter estimation problems in systems biology.
PLoS Comput Biol
; 17(1): e1008646, 2021 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33497393
8.
Structural identifiability and observability of compartmental models of the COVID-19 pandemic.
Annu Rev Control
; 51: 441-459, 2021.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33362427
9.
Using optimal control to understand complex metabolic pathways.
BMC Bioinformatics
; 21(1): 472, 2020 Oct 21.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33087041
10.
Benchmarking optimization methods for parameter estimation in large kinetic models.
Bioinformatics
; 35(5): 830-838, 2019 03 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30816929
11.
A dual-parameter identification approach for data-based predictive modeling of hybrid gene regulatory network-growth kinetics in Pseudomonas putida mt-2.
Bioprocess Biosyst Eng
; 43(9): 1671-1688, 2020 Sep.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32377941
12.
Parameter estimation in models of biological oscillators: an automated regularised estimation approach.
BMC Bioinformatics
; 20(1): 82, 2019 Feb 15.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30770736
13.
Optimality and identification of dynamic models in systems biology: an inverse optimal control framework.
Bioinformatics
; 34(14): 2433-2440, 2018 07 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29522196
14.
GenSSI 2.0: multi-experiment structural identifiability analysis of SBML models.
Bioinformatics
; 34(8): 1421-1423, 2018 04 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29206901
15.
Dynamical compensation and structural identifiability of biological models: Analysis, implications, and reconciliation.
PLoS Comput Biol
; 13(11): e1005878, 2017 Nov.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-29186132
16.
Data-driven reverse engineering of signaling pathways using ensembles of dynamic models.
PLoS Comput Biol
; 13(2): e1005379, 2017 02.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-28166222
17.
Parameter estimation in large-scale systems biology models: a parallel and self-adaptive cooperative strategy.
BMC Bioinformatics
; 18(1): 52, 2017 Jan 21.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-28109249
18.
SYNBADm: a tool for optimization-based automated design of synthetic gene circuits.
Bioinformatics
; 32(21): 3360-3362, 2016 11 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-27402908
19.
AMIGO2, a toolbox for dynamic modeling, optimization and control in systems biology.
Bioinformatics
; 32(21): 3357-3359, 2016 11 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-27378288
20.
Reverse engineering of logic-based differential equation models using a mixed-integer dynamic optimization approach.
Bioinformatics
; 31(18): 2999-3007, 2015 Sep 15.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-26002881