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1.

Docking-based long timescale simulation of cell-size protein systems at atomic resolution.

Vakser, Ilya A; Grudinin, Sergei; Jenkins, Nathan W; Kundrotas, Petras J; Deeds, Eric J.

Proc Natl Acad Sci U S A ; 119(41): e2210249119, 2022 10 11.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-36191203

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC9565162
https://dx.doi.org/10.1073/pnas.2210249119

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2.

Modeling reveals the strength of weak interactions in stacked-ring assembly.

Lagunes, Leonila; Briggs, Koan; Martin-Holder, Paige; Xu, Zaikun; Maurer, Dustin; Ghabra, Karim; Deeds, Eric J.

Biophys J ; 2024 May 18.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-38762753

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3.

Novel metrics reveal new structure and unappreciated heterogeneity in Caenorhabditis elegans development.

Natesan, Gunalan; Hamilton, Timothy; Deeds, Eric J; Shah, Pavak K.

PLoS Comput Biol ; 19(12): e1011733, 2023 Dec.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-38113280

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC10763962
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4.

Machine learning classification can reduce false positives in structure-based virtual screening.

Adeshina, Yusuf O; Deeds, Eric J; Karanicolas, John.

Proc Natl Acad Sci U S A ; 117(31): 18477-18488, 2020 08 04.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-32669436

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7414157
https://dx.doi.org/10.1073/pnas.2000585117

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5.

Understanding the separation of timescales in bacterial proteasome core particle assembly.

Itagi, Pushpa; Kante, Anupama; Lagunes, Leonila; Deeds, Eric J.

Biophys J ; 121(20): 3975-3986, 2022 10 18.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-36016496

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https://dx.doi.org/10.1016/j.bpj.2022.08.022

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6.

Robustness and the evolution of length control strategies in the T3SS and flagellar hook.

Nariya, Maulik K; Mallela, Abhishek; Shi, Jack J; Deeds, Eric J.

Biophys J ; 120(17): 3820-3830, 2021 09 07.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-34246629

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8456370
https://dx.doi.org/10.1016/j.bpj.2021.05.032

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7.

Crosstalk and ultrasensitivity in protein degradation pathways.

Mallela, Abhishek; Nariya, Maulik K; Deeds, Eric J.

PLoS Comput Biol ; 16(12): e1008492, 2020 12.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-33370258

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7793289
https://dx.doi.org/10.1371/journal.pcbi.1008492

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8.

Fundamental trade-offs between information flow in single cells and cellular populations.

Suderman, Ryan; Bachman, John A; Smith, Adam; Sorger, Peter K; Deeds, Eric J.

Proc Natl Acad Sci U S A ; 114(22): 5755-5760, 2017 05 30.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-28500273

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https://dx.doi.org/10.1073/pnas.1615660114

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9.

Mathematical Model for Length Control by the Timing of Substrate Switching in the Type III Secretion System.

Nariya, Maulik K; Israeli, Johnny; Shi, Jack J; Deeds, Eric J.

PLoS Comput Biol ; 12(4): e1004851, 2016 Apr.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-27078235

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4831731
https://dx.doi.org/10.1371/journal.pcbi.1004851

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10.

Crosstalk and the evolution of specificity in two-component signaling.

Rowland, Michael A; Deeds, Eric J.

Proc Natl Acad Sci U S A ; 111(15): 5550-5, 2014 Apr 15.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-24706803

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3992699
https://dx.doi.org/10.1073/pnas.1317178111

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11.

Curvature in metabolic scaling.

Kolokotrones, Tom; Deeds, Eric J; Fontana, Walter.

Nature ; 464(7289): 753-6, 2010 Apr 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-20360740

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12.

Phosphatase specificity and pathway insulation in signaling networks.

Rowland, Michael A; Harrison, Brian; Deeds, Eric J.

Biophys J ; 108(4): 986-996, 2015 Feb 17.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-25692603

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4336360
https://dx.doi.org/10.1016/j.bpj.2014.12.011

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13.

Optimizing ring assembly reveals the strength of weak interactions.

Deeds, Eric J; Bachman, John A; Fontana, Walter.

Proc Natl Acad Sci U S A ; 109(7): 2348-53, 2012 Feb 14.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-22308356

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https://dx.doi.org/10.1073/pnas.1113095109

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14.

Machines vs. ensembles: effective MAPK signaling through heterogeneous sets of protein complexes.

Suderman, Ryan; Deeds, Eric J.

PLoS Comput Biol ; 9(10): e1003278, 2013.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-24130475

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https://dx.doi.org/10.1371/journal.pcbi.1003278

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15.

Structural properties of non-traditional drug targets present new challenges for virtual screening.

Gowthaman, Ragul; Deeds, Eric J; Karanicolas, John.

J Chem Inf Model ; 53(8): 2073-81, 2013 Aug 26.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-23879197

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3819422
https://dx.doi.org/10.1021/ci4002316

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16.

Novel metrics reveal new structure and unappreciated heterogeneity in C. elegans development.

Natesan, Gunalan; Hamilton, Timothy; Deeds, Eric J; Shah, Pavak K.

bioRxiv ; 2023 May 24.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-37292606

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC10245744
https://dx.doi.org/10.1101/2023.05.12.540617

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17.

Altered physical phenotypes of leukemia cells that survive chemotherapy treatment.

Ly, Chau; Ogana, Heather; Kim, Hye Na; Hurwitz, Samantha; Deeds, Eric J; Kim, Yong-Mi; Rowat, Amy C.

Integr Biol (Camb) ; 152023 04 11.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-37247849

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18.

Crosstalk and competition in signaling networks.

Rowland, Michael A; Fontana, Walter; Deeds, Eric J.

Biophys J ; 103(11): 2389-98, 2012 Dec 05.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-23283238

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3514525
https://dx.doi.org/10.1016/j.bpj.2012.10.006

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19.

Cooperativity in Proteasome Core Particle Maturation.

Suppahia, Anjana; Itagi, Pushpa; Burris, Alicia; Kim, Faith Mi Ge; Vontz, Alexander; Kante, Anupama; Kim, Seonghoon; Im, Wonpil; Deeds, Eric J; Roelofs, Jeroen.

iScience ; 23(5): 101090, 2020 May 22.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-32380419

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7210456
https://dx.doi.org/10.1016/j.isci.2020.101090

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20.

Sizing up allometric scaling theory.

Savage, Van M; Deeds, Eric J; Fontana, Walter.

PLoS Comput Biol ; 4(9): e1000171, 2008 Sep 12.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-18787686

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2518954
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