Detalles de la búsqueda
1.
Efficient minimizer orders for large values of k using minimum decycling sets.
Genome Res
; 33(7): 1154-1161, 2023 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37558282
2.
Generating, modeling and evaluating a large-scale set of CRISPR/Cas9 off-target sites with bulges.
Nucleic Acids Res
; 2024 May 30.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38813823
3.
An overview on nucleic-acid G-quadruplex prediction: from rule-based methods to deep neural networks.
Brief Bioinform
; 24(4)2023 07 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37438149
4.
A systematic evaluation of data processing and problem formulation of CRISPR off-target site prediction.
Brief Bioinform
; 23(5)2022 09 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35595297
5.
G4mismatch: Deep neural networks to predict G-quadruplex propensity based on G4-seq data.
PLoS Comput Biol
; 19(3): e1010948, 2023 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36897885
6.
rG4detector, a novel RNA G-quadruplex predictor, uncovers their impact on stress granule formation.
Nucleic Acids Res
; 50(20): 11426-11441, 2022 11 11.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36350614
7.
A comparative analysis of RNA-binding proteins binding models learned from RNAcompete, RNA Bind-n-Seq and eCLIP data.
Brief Bioinform
; 22(6)2021 11 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34017982
8.
DeepCRISTL: deep transfer learning to predict CRISPR/Cas9 functional and endogenous on-target editing efficiency.
Bioinformatics
; 38(Suppl 1): i161-i168, 2022 06 24.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35758815
9.
Computational modeling of mRNA degradation dynamics using deep neural networks.
Bioinformatics
; 38(4): 1087-1101, 2022 01 27.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34849591
10.
DeepZF: improved DNA-binding prediction of C2H2-zinc-finger proteins by deep transfer learning.
Bioinformatics
; 38(Suppl_2): ii62-ii67, 2022 09 16.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36124796
11.
Predicting the pathogenicity of bacterial genomes using widely spread protein families.
BMC Bioinformatics
; 23(1): 253, 2022 Jun 24.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35751023
12.
Drosophila TRF2 is a preferential core promoter regulator.
Genes Dev
; 28(19): 2163-74, 2014 Oct 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25223897
13.
DeepSELEX: inferring DNA-binding preferences from HT-SELEX data using multi-class CNNs.
Bioinformatics
; 36(Suppl_2): i634-i642, 2020 12 30.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33381817
14.
DeCoDe: degenerate codon design for complete protein-coding DNA libraries.
Bioinformatics
; 36(11): 3357-3364, 2020 06 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32176271
15.
Comprehensive, high-resolution binding energy landscapes reveal context dependencies of transcription factor binding.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 115(16): E3702-E3711, 2018 04 17.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29588420
16.
A deep neural network approach for learning intrinsic protein-RNA binding preferences.
Bioinformatics
; 34(17): i638-i646, 2018 09 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30423078
17.
Finding RNA structure in the unstructured RBPome.
BMC Genomics
; 19(1): 154, 2018 02 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29463232
18.
Improving the performance of minimizers and winnowing schemes.
Bioinformatics
; 33(14): i110-i117, 2017 Jul 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28881970
19.
Transcription factor family-specific DNA shape readout revealed by quantitative specificity models.
Mol Syst Biol
; 13(2): 910, 2017 02 06.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-28167566
20.
Designing small universal k-mer hitting sets for improved analysis of high-throughput sequencing.
PLoS Comput Biol
; 13(10): e1005777, 2017 Oct.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-28968408