Detalles de la búsqueda
1.
Deconvolving the recognition of DNA shape from sequence.
Cell
; 161(2): 307-18, 2015 Apr 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25843630
2.
Cofactor binding evokes latent differences in DNA binding specificity between Hox proteins.
Cell
; 147(6): 1270-82, 2011 Dec 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22153072
3.
Deep DNAshape webserver: prediction and real-time visualization of DNA shape considering extended k-mers.
Nucleic Acids Res
; 2024 May 27.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38801070
4.
RNAscape: geometric mapping and customizable visualization of RNA structure.
Nucleic Acids Res
; 2024 Apr 17.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38630617
5.
Physicochemical models of protein-DNA binding with standard and modified base pairs.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 120(4): e2205796120, 2023 01 24.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36656856
6.
Origins of specificity in protein-DNA recognition.
Annu Rev Biochem
; 79: 233-69, 2010.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-20334529
7.
Author Correction: Epigenetic stress responses induce muscle stem-cell ageing by Hoxa9 developmental signals.
Nature
; 572(7769): E11-E15, 2019 Aug.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31363230
8.
DNA binding specificity of all four Saccharomyces cerevisiae forkhead transcription factors.
Nucleic Acids Res
; 51(11): 5621-5633, 2023 06 23.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37177995
9.
Probing the role of the protonation state of a minor groove-linker histidine in Exd-Hox-DNA binding.
Biophys J
; 123(2): 248-259, 2024 Jan 16.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38130056
10.
CRISPR-Cas9 Activities with Truncated 16-Nucleotide RNA Guides Are Tuned by Target Duplex Stability Beyond the RNA/DNA Hybrid.
Biochemistry
; 62(17): 2541-2548, 2023 09 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37552860
11.
Top-Down Crawl: a method for the ultra-rapid and motif-free alignment of sequences with associated binding metrics.
Bioinformatics
; 38(22): 5121-5123, 2022 11 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36179084
12.
Epigenetic competition reveals density-dependent regulation and target site plasticity of phosphorothioate epigenetics in bacteria.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 117(25): 14322-14330, 2020 06 23.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32518115
13.
Epigenetic stress responses induce muscle stem-cell ageing by Hoxa9 developmental signals.
Nature
; 540(7633): 428-432, 2016 12 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27919074
14.
Coregulation of transcription factor binding and nucleosome occupancy through DNA features of mammalian enhancers.
Mol Cell
; 54(5): 844-857, 2014 Jun 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24813947
15.
TFBSshape: an expanded motif database for DNA shape features of transcription factor binding sites.
Nucleic Acids Res
; 48(D1): D246-D255, 2020 01 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31665425
16.
DNAproDB: an expanded database and web-based tool for structural analysis of DNA-protein complexes.
Nucleic Acids Res
; 48(D1): D277-D287, 2020 01 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31612957
17.
Landscape of DNA binding signatures of myocyte enhancer factor-2B reveals a unique interplay of base and shape readout.
Nucleic Acids Res
; 48(15): 8529-8544, 2020 09 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32738045
18.
Relationship between histone modifications and transcription factor binding is protein family specific.
Genome Res
; 2018 Jan 11.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29326300
19.
The RNA Polymerase α Subunit Recognizes the DNA Shape of the Upstream Promoter Element.
Biochemistry
; 59(48): 4523-4532, 2020 12 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33205945
20.
Experimental maps of DNA structure at nucleotide resolution distinguish intrinsic from protein-induced DNA deformations.
Nucleic Acids Res
; 46(5): 2636-2647, 2018 03 16.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29390080