Detalles de la búsqueda
1.
Large-scale benchmarking of circRNA detection tools reveals large differences in sensitivity but not in precision.
Nat Methods
; 20(8): 1159-1169, 2023 08.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-37443337
2.
SUsPECT: a pipeline for variant effect prediction based on custom long-read transcriptomes for improved clinical variant annotation.
BMC Genomics
; 24(1): 305, 2023 Jun 06.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-37280537
3.
Closing the circle: current state and perspectives of circular RNA databases.
Brief Bioinform
; 22(1): 288-297, 2021 01 18.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31998941
4.
Sensitive and Specific Spectral Library Searching with CompOmics Spectral Library Searching Tool and Percolator.
J Proteome Res
; 21(5): 1365-1370, 2022 05 06.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-35446579
5.
High-throughput functional analysis of lncRNA core promoters elucidates rules governing tissue specificity.
Genome Res
; 29(3): 344-355, 2019 03.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30683753
6.
Distinct Notch1 and BCL11B requirements mediate human γδ/αß T cell development.
EMBO Rep
; 21(5): e49006, 2020 05 06.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-32255245
7.
Personalized Proteome: Comparing Proteogenomics and Open Variant Search Approaches for Single Amino Acid Variant Detection.
J Proteome Res
; 20(6): 3353-3364, 2021 06 04.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33998808
8.
LNCipedia 5: towards a reference set of human long non-coding RNAs.
Nucleic Acids Res
; 47(D1): D135-D139, 2019 01 08.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30371849
9.
SPECS: a non-parametric method to identify tissue-specific molecular features for unbalanced sample groups.
BMC Bioinformatics
; 21(1): 58, 2020 Feb 17.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-32066370
10.
COSS: A Fast and User-Friendly Tool for Spectral Library Searching.
J Proteome Res
; 19(7): 2786-2793, 2020 07 02.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-32384242
11.
Long noncoding RNA expression profiling in cancer: Challenges and opportunities.
Genes Chromosomes Cancer
; 58(4): 191-199, 2019 04.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30461116
12.
miSTAR: miRNA target prediction through modeling quantitative and qualitative miRNA binding site information in a stacked model structure.
Nucleic Acids Res
; 45(7): e51, 2017 04 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27986855
13.
RNAcentral: a comprehensive database of non-coding RNA sequences.
Nucleic Acids Res
; 45(D1): D128-D134, 2017 01 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27794554
14.
Expanding the Use of Spectral Libraries in Proteomics.
J Proteome Res
; 17(12): 4051-4060, 2018 12 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30270626
15.
Zipper plot: visualizing transcriptional activity of genomic regions.
BMC Bioinformatics
; 18(1): 231, 2017 May 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28464823
16.
Noncoding after All: Biases in Proteomics Data Do Not Explain Observed Absence of lncRNA Translation Products.
J Proteome Res
; 16(7): 2508-2515, 2017 07 07.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-28534634
17.
An update on LNCipedia: a database for annotated human lncRNA sequences.
Nucleic Acids Res
; 43(Database issue): D174-80, 2015 Jan.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-25378313
18.
LNCipedia: a database for annotated human lncRNA transcript sequences and structures.
Nucleic Acids Res
; 41(Database issue): D246-51, 2013 Jan.
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| MEDLINE | ID: mdl-23042674
19.
The Notch driven long non-coding RNA repertoire in T-cell acute lymphoblastic leukemia.
Haematologica
; 99(12): 1808-16, 2014 Dec.
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| MEDLINE | ID: mdl-25344525
20.
A comprehensive inventory of TLX1 controlled long non-coding RNAs in T-cell acute lymphoblastic leukemia through polyA+ and total RNA sequencing.
Haematologica
; 103(12): e585-e589, 2018 12.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-29954933