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1.

The Human Pangenome Project: a global resource to map genomic diversity.

Wang, Ting; Antonacci-Fulton, Lucinda; Howe, Kerstin; Lawson, Heather A; Lucas, Julian K; Phillippy, Adam M; Popejoy, Alice B; Asri, Mobin; Carson, Caryn; Chaisson, Mark J P; Chang, Xian; Cook-Deegan, Robert; Felsenfeld, Adam L; Fulton, Robert S; Garrison, Erik P; Garrison, Nanibaa' A; Graves-Lindsay, Tina A; Ji, Hanlee; Kenny, Eimear E; Koenig, Barbara A; Li, Daofeng; Marschall, Tobias; McMichael, Joshua F; Novak, Adam M; Purushotham, Deepak; Schneider, Valerie A; Schultz, Baergen I; Smith, Michael W; Sofia, Heidi J; Weissman, Tsachy; Flicek, Paul; Li, Heng; Miga, Karen H; Paten, Benedict; Jarvis, Erich D; Hall, Ira M; Eichler, Evan E; Haussler, David.

Nature ; 604(7906): 437-446, 2022 04.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-35444317

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC9402379
https://dx.doi.org/10.1038/s41586-022-04601-8

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2.

Classification and clustering of RNA crosslink-ligation data reveal complex structures and homodimers.

Zhang, Minjie; Hwang, Irena T; Li, Kongpan; Bai, Jianhui; Chen, Jian-Fu; Weissman, Tsachy; Zou, James Y; Lu, Zhipeng.

Genome Res ; 32(5): 968-985, 2022 05.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-35332099

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC9104705
https://dx.doi.org/10.1101/gr.275979.121

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3.

KmerKeys: a web resource for searching indexed genome assemblies and variants.

Pavlichin, Dmitri S; Lee, HoJoon; Greer, Stephanie U; Grimes, Susan M; Weissman, Tsachy; Ji, Hanlee P.

Nucleic Acids Res ; 50(W1): W448-W453, 2022 07 05.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-35474383

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC9252721
https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkac266

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4.

Impact of lossy compression of nanopore raw signal data on basecalling and consensus accuracy.

Chandak, Shubham; Tatwawadi, Kedar; Sridhar, Srivatsan; Weissman, Tsachy.

Bioinformatics ; 36(22-23): 5313-5321, 2021 Apr 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-33325499

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5.

SPRING: a next-generation compressor for FASTQ data.

Chandak, Shubham; Tatwawadi, Kedar; Ochoa, Idoia; Hernaez, Mikel; Weissman, Tsachy.

Bioinformatics ; 35(15): 2674-2676, 2019 08 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-30535063

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6662292
https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/bty1015

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6.

Effect of lossy compression of quality scores on variant calling.

Ochoa, Idoia; Hernaez, Mikel; Goldfeder, Rachel; Weissman, Tsachy; Ashley, Euan.

Brief Bioinform ; 18(2): 183-194, 2017 03 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-26966283

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5862240
https://dx.doi.org/10.1093/bib/bbw011

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7.

Compression of genomic sequencing reads via hash-based reordering: algorithm and analysis.

Chandak, Shubham; Tatwawadi, Kedar; Weissman, Tsachy.

Bioinformatics ; 34(4): 558-567, 2018 02 15.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-29444237

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5860611
https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btx639

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8.

smallWig: parallel compression of RNA-seq WIG files.

Wang, Zhiying; Weissman, Tsachy; Milenkovic, Olgica.

Bioinformatics ; 32(2): 173-80, 2016 Jan 15.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-26424856

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6078172
https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btv561

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9.

Comment on: 'ERGC: an efficient referential genome compression algorithm'.

Deorowicz, Sebastian; Grabowski, Szymon; Ochoa, Idoia; Hernaez, Mikel; Weissman, Tsachy.

Bioinformatics ; 32(7): 1115-7, 2016 04 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-26615213

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4907388
https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btv704

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10.

GTRAC: fast retrieval from compressed collections of genomic variants.

Tatwawadi, Kedar; Hernaez, Mikel; Ochoa, Idoia; Weissman, Tsachy.

Bioinformatics ; 32(17): i479-i486, 2016 09 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-27587665

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5013914
https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btw437

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11.

iDoComp: a compression scheme for assembled genomes.

Ochoa, Idoia; Hernaez, Mikel; Weissman, Tsachy.

Bioinformatics ; 31(5): 626-33, 2015 Mar 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-25344501

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5855886
https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btu698

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12.

QVZ: lossy compression of quality values.

Malysa, Greg; Hernaez, Mikel; Ochoa, Idoia; Rao, Milind; Ganesan, Karthik; Weissman, Tsachy.

Bioinformatics ; 31(19): 3122-9, 2015 10 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-26026138

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5856090
https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btv330

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13.

Rateless Lossy Compression via the Extremes.

No, Albert; Weissman, Tsachy.

IEEE Trans Inf Theory ; 62(10): 5484-5495, 2016 Oct.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-29375154

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5786423
https://dx.doi.org/10.1109/tit.2016.2598148

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14.

Compression for Quadratic Similarity Queries: Finite Blocklength and Practical Schemes.

Steiner, Fabian; Dempfle, Steffen; Ingber, Amir; Weissman, Tsachy.

IEEE Trans Inf Theory ; 62(5): 2737-2747, 2016 May.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-29398721

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5796586
https://dx.doi.org/10.1109/TIT.2016.2535172

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15.

Compression for Quadratic Similarity Queries.

Ingber, Amir; Courtade, Thomas; Weissman, Tsachy.

IEEE Trans Inf Theory ; 61(5): 2729-2747, 2015 May.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-29375151

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5786438
https://dx.doi.org/10.1109/tit.2015.2402972

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16.

Minimax Estimation of Functionals of Discrete Distributions.

Jiao, Jiantao; Venkat, Kartik; Han, Yanjun; Weissman, Tsachy.

IEEE Trans Inf Theory ; 61(5): 2835-2885, 2015 May.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-29375152

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5786426
https://dx.doi.org/10.1109/tit.2015.2412945

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17.

Network Compression: Worst Case Analysis.

Asnani, Himanshu; Shomorony, Ilan; Avestimehr, A Salman; Weissman, Tsachy.

IEEE Trans Inf Theory ; 61(7): 3980-3995, 2015 Jul.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-29375153

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5786424
https://dx.doi.org/10.1109/tit.2015.2434829

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18.

The human genome contracts again.

Pavlichin, Dmitri S; Weissman, Tsachy; Yona, Golan.

Bioinformatics ; 29(17): 2199-202, 2013 Sep 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-23793748

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19.

QVZ: lossy compression of quality values.

Malysa, Greg; Hernaez, Mikel; Ochoa, Idoia; Rao, Milind; Ganesan, Karthik; Weissman, Tsachy.

Bioinformatics ; 34(1): 179, 2018 01 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-29177464

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5998985
https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btx654

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20.

QualComp: a new lossy compressor for quality scores based on rate distortion theory.

Ochoa, Idoia; Asnani, Himanshu; Bharadia, Dinesh; Chowdhury, Mainak; Weissman, Tsachy; Yona, Golan.

BMC Bioinformatics ; 14: 187, 2013 Jun 08.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-23758828

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3698011
https://dx.doi.org/10.1186/1471-2105-14-187

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