Detección y cuantificación de SARS-CoV-2 en plantas de tratamiento de aguas residuales de diferentes ciudades de Chile: hacia la implementación de una vigilancia centinela permanente / Detection and quantification of SARS-CoV-2 wastewater treatment plants from different cities in Chile; towards to a permanent sentinel surveillance

INTRODUCCIÓN: La cuantificación de SARS-CoV-2 en aguas residuales es una herramienta que permite determinar la tendencia de la circulación viral en un área geográfica determinada. OBJETIVO: Cuantificar el virus SARS-CoV-2 en 15 plantas de tratamiento de aguas residuales en diferentes ciudades de Chile para establecer una comparación con las variables de: i) casos activos por cada 100.000 habs.; ii) positividad diaria (casos nuevos); y iii) fases del plan de confinamiento. METODOLOGÍA: SARS-CoV-2 se concentró a partir de muestras de aguas residuales. Para obtener el número de genomas del virus por litro se realizó una cuantificación absoluta utilizando qRT-PCR. RESULTADOS: Entre enero y junio de 2021 se procesaron 253 muestras, siendo todas positivas para la presencia del virus. Asimismo, se logró determinar que la tasa de casos activos por cada 100.000 habs. es la variable que mejor se ajusta a las tendencias obtenidas con la cuantificación de la carga viral en las aguas residuales. CONCLUSIONES: La cuantificación de SARS-CoV-2 en las aguas residuales de manera permanente es una herramienta eficiente para determinar la tendencia del virus en un área geográfica determinada y, en conjunto con una vigilancia genómica, puede constituirse en una vigilancia centinela ideal generando alertas sobre futuros brotes.

BACKGROUND: The quantification of SARS-CoV-2 in wastewater is a tool that allows determining the trend of viral circulation in a particular geographical area. AIM: To quantify the SARS-CoV-2 virus in 15 wastewater treatment plants in different Chilean cities to establish a comparison with the variables of: i) Active cases per 100,000 inhabitants; ii) daily positivity (novel cases); and iii) phases of the lockdown strategy. METHODS: SARS-CoV-2 was concentrated from wastewater samples. To obtain the number of virus genomes per liter, absolute quantification was performed using qRT-PCR. RESULTS: Between January and June 2021, 253 samples were processed, all of which were positive for the presence of the virus. Likewise, it will be determined that the rate of active cases per 100,000 inhabitants is the variable that best fits the trends obtained with the quantification of the viral load in wastewater. CONCLUSIONS: The quantification of SARS-CoV-2 in wastewater as a continuous strategy is an efficient tool to determine the trend of the viral circulation in a delimited geographical area and, combined with genomic surveillance, it can constitute an ideal sentinel surveillance alert on future outbreaks.

Identification of a novel SARS-CoV-2 P.1 sub-lineage in Brazil provides new insights about the mechanisms of emergence of variants of concern

One of the most remarkable severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variants of concern (VOC) features is the significant number of mutations they acquired. However, the specific factors that drove the emergence of such variants since the second half of 2020 are not fully resolved. In this study, we describe a new SARS-CoV-2 P.1 sub-lineage circulating in Brazil, denoted here as Gamma-like-II, that as well as the previously described lineage Gamma-like-I shares several lineage-defining mutations with the VOC Gamma. Reconstructions of ancestor sequences support that most lineage-defining mutations of the Spike (S) protein, including those at the receptor-binding domain (RBD), accumulated at the first P.1 ancestor. In contrast, mutations outside the S protein were mostly fixed at subsequent steps. Our evolutionary analyses estimate that P.1-ancestral strains carrying RBD mutations of concern probably circulated cryptically in the Amazonas for several months before the emergence of the VOC Gamma. Unlike the VOC Gamma, the other P.1 sub-lineages displayed a much more restricted dissemination and accounted for a low fraction (<2 per cent) of SARS-CoV-2 infections in Brazil in 2021. The stepwise diversification of lineage P.1 through multiple inter-host transmissions is consistent with the hypothesis that partial immunity acquired from natural SARS-CoV-2 infections in heavily affected regions might have been a major driving force behind the natural selection of some VOCs. The lag time between the emergence of the P.1 ancestor and the expansion of the VOC Gamma and the divergent epidemic trajectories of P.1 sub-lineages support a complex interplay between the emergence of mutations of concern and viral spread in Brazil.

Panorama mundial de las diferentes plataformas de vacunas contra el COVID-19: revisión y reflexión de la literatura actual / Worldwide Overview of the Different COVID-19 Vaccine Platforms: A Review and Reflection on the Current Evidence

RESUMEN Las vacunas son productos biológicos que contienen antígenos que buscan generar protección contra a la exposición real de un agente patógeno. En cuanto a su importancia, hacen parte de las intervenciones más costo-efectivas en salud pública, siendo superadas únicamente por el agua potable. A grandes rasgos, podemos dividir las vacunas en vivas atenuadas e inactivadas; no obstante, el nuevo coronavirus ha producido la emergencia de plataformas innovadoras que utilizan mecanismos intracelulares y moleculares con el mismo objetivo de generar inmunidad. Se realizó una búsqueda sistemática de la literatura utilizando las bases de datos electrónicas Pubmed, Scopus y Web of Science. Todos los tipos de diseño de estudio fueron considerados, sin embargo, se prefierieron aquellos redactados en idioma inglés o español. Se hace una revisión de la literatura presente sobre las plataformas existentes para generar inmunidad frente al coronavirus SARS-CoV-2 y se desarrolla cada una según su ruta y forma de acción en aquellas basadas en subunidades proteicas, vector viral recombinante, ácidos nucleicos, virus inactivados, partículas virales y virus vivos atenuados. Los mecanismos por los cuales dichas vacunas generan inmunogenicidad son diferentes, no obstante, la constante inserción de mutaciones por parte del virus sigue siendo un objeto de interés y preocupación por los investigadores.

ABSTRACT Vaccines are biological products containing antigens that aim to generate protection against real exposure to an infectious pathogen. They constitute the most cost-effective interventions in public health, being surpassed only by drinking water. Generally speaking, we can divide the vaccines into live attenuated and inactive; However, the new coronavirus has produced innovative platforms that use intracellular and molecular mechanisms with the same objective of generating immunity. A systematic literature search was carried out using the PUBMED, SCOPUS, and Web of Science electronic databases. All types of study design were selected, those written in English or Spanish were prioritized. We reviewed the existing platforms to generate immunity against the SARS-CoV-2 coronavirus. Each one is developed according to its route and form of action, and can be classified as protein subunits, recombinant viral vector, nucleic acids, inactivated viruses, viral particles, and live attenuated viruses. The mechanisms by which these vaccines generate immunogenicity are different; however, the constant insertion of mutations by the virus remains an object of interest and concern for researchers.

Correlação entre desfechos clínicos da COVID-19 e a genotipagem do SARS-COV-2 no município de Belo Horizonte entre janeiro e abril de 2021

Introdução: A identificação do SARS-CoV-2 em dezembro de 2019 e a pandemia da COVID-19, que mudou todo o panorama de saúde mundial, impôs a necessidade da busca de ferramentas de diagnóstico para a doença, bem como instrumentos de vigilância epidemiológica e genômica no sentido de compreender a dinâmica da doença e buscar melhores propostas de controle e tratamento para doença. Objetivos: Analisar a prevalência dos genótipos de SARS CoV-2, no município de Belo Horizonte e correlacioná-los ao perfil clínico de gravidade da COVID-19 e seus desfechos de saúde no período de janeiro/2021 a abril de 2021, quando se observa a mudança dos padrões epidemiológicos da doença, associada às declarações mundiais de surgimento de novas variantes de preocupação. Metodologia: Trata-se de um estudo epidemiológico observacional analítico e retrospectivo que analisou 388 amostras positivas para SARS-CoV-2, processadas no Laboratório de Biologia Molecular próprio da Secretaria Municipal de Belo Horizonte, referentes a casos da COVID-19 diagnosticados que foram genotipadas e cujos resultados foram correlacionados com os dados clínicos, de internação e de mortalidade. Resultados e conclusões: A entrada da variante gama no município de Belo Horizonte ampliou significativamente o número de casos notificados de COVID-19, internações e óbitos pela doença, trazendo grande impacto social e assistencial, sendo que o presente estudo sugere que a presença da variante gama amplia o risco de internação em 4,39% a cada 10 anos a mais de idade e ainda mais para pacientes obesos, que teriam 7 vezes mais chances de internar, que aqueles apresentando outras variantes. Ao avaliar a mortalidade, a presença da variante gama ampliou 6,09% na mortalidade, a cada 10 anos vividos, sendo que os pacientes infectados com a variante gama e desenvolvimento de SRAG tiveram aproximadamente 9 vezes mais chance de morte e ainda os indivíduos do sexo masculino, infectados pela variante gama, apresentaram 1,7 vezes mais chance de morrer por COVID-19. Discussões: A vigilância genômica associada a epidemiologia, a fisiopatologia, a aspectos imunológicos e clínicos tem sido fundamental na luta contra a pandemia da COVID-19 e deve seguir num movimento síncrono mundial para que possamos evitar mortes e minimizar danos.

Caracterização genética do vírus sincicial respiratório humano no Amazonas em 2019.

O Vírus Sincicial Respiratório Humano (HRSV) é o patógeno mais detectado em casos de infecções do trato respiratório inferior em crianças menores de cinco anos, adultos imunocomprometidos e idosos. Vários surtos por HRSV vêm sendo identificados ao longo dos anos no mundo, gerando um alerta e a necessidade de reforçar a vigilância deste patógeno. O HRSV é classificado em dois grupos (HRSV-A e HRSV-B) e vários genótipos, descritos com base na variabilidade genética do gene que codifica a glicoproteína G. Nas últimas décadas novos genótipos surgiram contendo duplicações de nucleotídeos na segunda região hipervariável do gene G, como ON1 (HRSV-A) e BA (HRSV-B), substituindo os genótipos circulantes anteriores e espalhando-se globalmente. Em 2019, ainda em um período pré-pandemia de SARS-CoV-2, o Amazonas registrou um aumento significativo nos casos de Síndrome Gripal (SG) e Síndrome Respiratória Aguda Grave (SRAG), sendo o HRSV o vírus mais detectado na rotina de diagnóstico. Este estudo teve como objetivo caracterizar geneticamente o HRSV que circulou neste período no Amazonas e inferir as introduções do vírus no estado. Ao total, 57 amostras de HRSV foram obtidas entre 2019 a 2021. Dentre as amostras de 2019, 77,7% pertenciam ao HRSV-B e 13,8% a HRSV-A; e de 2020 e 2021 99% pertenciam ao HRSV-A. Destas, apenas 17 foram sequenciadas por sequenciamento de nova geração (NGS), todas referentes ao ano de 2019, sendo os genótipos ON1 (N=2) e BA9 (N=15) identificados. Essa é a primeira vez que o genótipo ON1 é descrito circulando no Amazonas. Apesar do viés amostral devido ao baixo número de genomas mundiais, as análises filogenéticas e filogeográficas discreta, revelaram que houve diferentes introduções do HRSV no estado e ambos os subtipos evoluíram de forma semelhante a um relógio estrito, com taxas médias de substituições de nucleotídeos de 6,33 x 10-4 para HRSV-A e 6, 041 x 10-4 para HRSV-B. Dessa maneira, acreditamos que este estudo venha a contribuir na vigilância genômica do HRSV no Amazonas e no Brasil, descrevendo não somente os genótipos circulantes e mutações, mas gerando os primeiros genomas completos de HRSV do norte do país.