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1.
Mol Cell ; 64(2): 376-387, 2016 10 20.
Artigo em Inglês | MEDLINE | ID: mdl-27720644

RESUMO

Nucleotide excision repair (NER) is an evolutionarily conserved mechanism that processes helix-destabilizing and/or -distorting DNA lesions, such as UV-induced photoproducts. Here, we investigate the dynamic protein-DNA interactions during the damage recognition step using single-molecule fluorescence microscopy. Quantum dot-labeled Rad4-Rad23 (yeast XPC-RAD23B ortholog) forms non-motile complexes or conducts a one-dimensional search via either random diffusion or constrained motion. Atomic force microcopy analysis of Rad4 with the ß-hairpin domain 3 (BHD3) deleted reveals that this motif is non-essential for damage-specific binding and DNA bending. Furthermore, we find that deletion of seven residues in the tip of ß-hairpin in BHD3 increases Rad4-Rad23 constrained motion at the expense of stable binding at sites of DNA lesions, without diminishing cellular UV resistance or photoproduct repair in vivo. These results suggest a distinct intermediate in the damage recognition process during NER, allowing dynamic DNA damage detection at a distance.


Assuntos
Reparo do DNA , DNA Fúngico/genética , Proteínas de Ligação a DNA/genética , Regulação Fúngica da Expressão Gênica , Proteínas de Saccharomyces cerevisiae/genética , Saccharomyces cerevisiae/efeitos da radiação , Sequência de Aminoácidos , Sequência de Bases , Sítios de Ligação , Dano ao DNA , DNA Fúngico/química , DNA Fúngico/metabolismo , Proteínas de Ligação a DNA/química , Proteínas de Ligação a DNA/metabolismo , Microscopia de Força Atômica , Microscopia de Fluorescência , Conformação de Ácido Nucleico , Ligação Proteica , Conformação Proteica em alfa-Hélice , Conformação Proteica em Folha beta , Domínios e Motivos de Interação entre Proteínas , Pontos Quânticos/química , Saccharomyces cerevisiae/genética , Saccharomyces cerevisiae/metabolismo , Proteínas de Saccharomyces cerevisiae/química , Proteínas de Saccharomyces cerevisiae/metabolismo , Deleção de Sequência , Imagem Individual de Molécula , Raios Ultravioleta
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