Detalhe da pesquisa
1.
A global metagenomic map of urban microbiomes and antimicrobial resistance.
Cell
; 184(13): 3376-3393.e17, 2021 06 24.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34043940
2.
Cue: a deep-learning framework for structural variant discovery and genotyping.
Nat Methods
; 20(4): 559-568, 2023 04.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36959322
3.
cloudrnaSPAdes: isoform assembly using bulk barcoded RNA sequencing data.
Bioinformatics
; 40(2)2024 02 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38262343
4.
Efficient detection and assembly of non-reference DNA sequences with synthetic long reads.
Nucleic Acids Res
; 50(18): e108, 2022 10 14.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35924489
5.
Minerva: an alignment- and reference-free approach to deconvolve Linked-Reads for metagenomics.
Genome Res
; 29(1): 116-124, 2019 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-30523036
6.
BiosyntheticSPAdes: reconstructing biosynthetic gene clusters from assembly graphs.
Genome Res
; 29(8): 1352-1362, 2019 08.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31160374
7.
PhISCS: a combinatorial approach for subperfect tumor phylogeny reconstruction via integrative use of single-cell and bulk sequencing data.
Genome Res
; 29(11): 1860-1877, 2019 11.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31628256
8.
coronaSPAdes: from biosynthetic gene clusters to RNA viral assemblies.
Bioinformatics
; 38(1): 1-8, 2021 12 22.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34406356
9.
Inferring cancer progression from Single-Cell Sequencing while allowing mutation losses.
Bioinformatics
; 37(3): 326-333, 2021 04 20.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32805010
10.
Meltos: multi-sample tumor phylogeny reconstruction for structural variants.
Bioinformatics
; 36(4): 1082-1090, 2020 02 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31584621
11.
A Deep Learning Approach to Diagnostic Classification of Prostate Cancer Using Pathology-Radiology Fusion.
J Magn Reson Imaging
; 54(2): 462-471, 2021 08.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33719168
12.
gpps: an ILP-based approach for inferring cancer progression with mutation losses from single cell data.
BMC Bioinformatics
; 21(Suppl 1): 413, 2020 Dec 09.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33297943
13.
BAMSE: Bayesian model selection for tumor phylogeny inference among multiple samples.
BMC Bioinformatics
; 20(Suppl 11): 282, 2019 Jun 06.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31167637
14.
Mapping copy number variation by population-scale genome sequencing.
Nature
; 470(7332): 59-65, 2011 Feb 03.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-21293372
15.
Detecting independent and recurrent copy number aberrations using interval graphs.
Bioinformatics
; 30(12): i195-203, 2014 Jun 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-24931984
16.
A combinatorial approach for analyzing intra-tumor heterogeneity from high-throughput sequencing data.
Bioinformatics
; 30(12): i78-86, 2014 Jun 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-24932008
17.
Characterization of structural variants with single molecule and hybrid sequencing approaches.
Bioinformatics
; 30(24): 3458-66, 2014 Dec 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-25355789
18.
Simultaneous structural variation discovery among multiple paired-end sequenced genomes.
Genome Res
; 21(12): 2203-12, 2011 Dec.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-22048523
19.
Alu repeat discovery and characterization within human genomes.
Genome Res
; 21(6): 840-9, 2011 Jun.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-21131385
20.
MATE-CLEVER: Mendelian-inheritance-aware discovery and genotyping of midsize and long indels.
Bioinformatics
; 29(24): 3143-50, 2013 Dec 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-24072733