VISPA2: a scalable pipeline for high-throughput identification and annotation of vector integration sites.

Spinozzi, Giulio; Calabria, Andrea; Brasca, Stefano; Beretta, Stefano; Merelli, Ivan; Milanesi, Luciano; Montini, Eugenio

Spinozzi, Giulio; Calabria, Andrea; Brasca, Stefano; Beretta, Stefano; Merelli, Ivan; Milanesi, Luciano; Montini, Eugenio.

Afiliación

Spinozzi G; San Raffaele Telethon Institute for Gene Therapy (SR-Tiget), IRCCS, San Raffaele Scientific Institute, Via Olgettina, 58, 20132, Milan, Italy.
Calabria A; San Raffaele Telethon Institute for Gene Therapy (SR-Tiget), IRCCS, San Raffaele Scientific Institute, Via Olgettina, 58, 20132, Milan, Italy.
Brasca S; San Raffaele Telethon Institute for Gene Therapy (SR-Tiget), IRCCS, San Raffaele Scientific Institute, Via Olgettina, 58, 20132, Milan, Italy.
Beretta S; Department of Computer Science, University of Milano Bicocca, Viale Sarca, 336, 20126, Milan, Italy.
Merelli I; National Research Council, Institute for Biomedical Technologies, Via Fratelli Cervi, 93, 20090, Segrate, Italy.
Milanesi L; National Research Council, Institute for Biomedical Technologies, Via Fratelli Cervi, 93, 20090, Segrate, Italy.
Montini E; San Raffaele Telethon Institute for Gene Therapy (SR-Tiget), IRCCS, San Raffaele Scientific Institute, Via Olgettina, 58, 20132, Milan, Italy. montini.eugenio@hsr.it.

BMC Bioinformatics ; 18(1): 520, 2017 Nov 25.

Article en En | MEDLINE | ID: mdl-29178837

Asunto(s)

Interfaz Usuario-Computador; Algoritmos; Terapia Genética; Vectores Genéticos/genética; Vectores Genéticos/metabolismo; Trasplante de Células Madre Hematopoyéticas; Células Madre Hematopoyéticas/citología; Células Madre Hematopoyéticas/metabolismo; Secuenciación de Nucleótidos de Alto Rendimiento; Humanos; Lentivirus/genética; Lentivirus/fisiología; Alineación de Secuencia; Internalización del Virus

Palabras clave

Bioinformatics pipeline; Gene therapy; High-throughput sequencing; Integration site analysis; Next-generation sequencing; Open source software; Workflow

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Texto completo: 1 Colección: 01-internacional Banco de datos: MEDLINE Asunto principal: Interfaz Usuario-Computador Tipo de estudio: Diagnostic_studies Límite: Humans Idioma: En Revista: BMC Bioinformatics Asunto de la revista: INFORMATICA MEDICA Año: 2017 Tipo del documento: Article País de afiliación: Italia

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