Fast and accurate average genome size and 16S rRNA gene average copy number computation in metagenomic data.

Pereira-Flores, Emiliano; Glöckner, Frank Oliver; Fernandez-Guerra, Antonio

Pereira-Flores, Emiliano; Glöckner, Frank Oliver; Fernandez-Guerra, Antonio.

Afiliación

Pereira-Flores E; Microbial Genomics and Bioinformatics Research Group, Max Planck Institute for Marine Microbiology, Celsiusstraße 1, 28359, Bremen, Germany. epereira@mpi-bremen.de.
Glöckner FO; Department of Life Sciences and Chemistry, Jacobs University Bremen gGmbH, Campus Ring 1, 28759, Bremen, Germany. epereira@mpi-bremen.de.
Fernandez-Guerra A; Microbial Genomics and Bioinformatics Research Group, Max Planck Institute for Marine Microbiology, Celsiusstraße 1, 28359, Bremen, Germany.

BMC Bioinformatics ; 20(1): 453, 2019 Sep 05.

Article en En | MEDLINE | ID: mdl-31488068

Asunto(s)

Dosificación de Gen; Tamaño del Genoma; Metagenoma/genética; Metagenómica/métodos; ARN Ribosómico 16S/genética; Benchmarking; Variaciones en el Número de Copia de ADN; Bases de Datos Genéticas; Océanos y Mares; Factores de Tiempo

Palabras clave

16S rRNA gene average copy number; Average genome size; Functional traits; Metagenomics; Microbial ecology

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Texto completo: 1 Colección: 01-internacional Banco de datos: MEDLINE Asunto principal: ARN Ribosómico 16S / Dosificación de Gen / Metagenoma / Metagenómica / Tamaño del Genoma Idioma: En Revista: BMC Bioinformatics Asunto de la revista: INFORMATICA MEDICA Año: 2019 Tipo del documento: Article País de afiliación: Alemania

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