Logic-based analysis of gene expression data predicts association between TNF, TGFB1 and EGF pathways in basal-like breast cancer.

Jo, Kyuri; Santos-Buitrago, Beatriz; Kim, Minsu; Rhee, Sungmin; Talcott, Carolyn; Kim, Sun

Jo, Kyuri; Santos-Buitrago, Beatriz; Kim, Minsu; Rhee, Sungmin; Talcott, Carolyn; Kim, Sun.

Afiliación

Jo K; Department of Computer Engineering, Chungbuk National University, Cheongju, Republic of Korea.
Santos-Buitrago B; Department of Computer Science and Engineering, Seoul National University, Seoul, Republic of Korea.
Kim M; Computer Science and Mathematics Division, Oak Ridge National Laboratory, Oak Ridge, TN, USA.
Rhee S; Department of Computer Science and Engineering, Seoul National University, Seoul, Republic of Korea.
Talcott C; SRI International, Menlo Park, CA, USA.
Kim S; Department of Computer Science and Engineering, Seoul National University, Seoul, Republic of Korea; Interdisciplinary Program in Bioinformatics, Seoul National University, Seoul, Republic of Korea; Institute of Engineering Research, Seoul National University, Seoul, Republic of Korea; Bioinformatic

Methods ; 179: 89-100, 2020 07 01.

Article en En | MEDLINE | ID: mdl-32445696

Asunto(s)

Neoplasias de la Mama/genética; Biología Computacional/métodos; Perfilación de la Expresión Génica/métodos; Redes Reguladoras de Genes; Modelos Genéticos; Algoritmos; Conjuntos de Datos como Asunto; Factor de Crecimiento Epidérmico/genética; Factor de Crecimiento Epidérmico/metabolismo; Femenino; Regulación Neoplásica de la Expresión Génica; Humanos; Procesamiento Proteico-Postraduccional/genética; Transducción de Señal/genética; Factores de Transcripción/metabolismo; Factor de Crecimiento Transformador beta1/genética; Factor de Crecimiento Transformador beta1/metabolismo; Factor de Necrosis Tumoral alfa/genética; Factor de Necrosis Tumoral alfa/metabolismo

Palabras clave

Biological pathway; Breast cancer; Gene expression; Pathway logic; Transcription factor

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Texto completo: 1 Colección: 01-internacional Banco de datos: MEDLINE Asunto principal: Neoplasias de la Mama / Biología Computacional / Perfilación de la Expresión Génica / Redes Reguladoras de Genes / Modelos Genéticos Tipo de estudio: Prognostic_studies / Risk_factors_studies Límite: Female / Humans Idioma: En Revista: Methods Asunto de la revista: BIOQUIMICA Año: 2020 Tipo del documento: Article

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