Virus discovery in dogs with non-suppurative encephalitis reveals a high incidence of tick-borne encephalitis virus infections in Switzerland.

INTRODUCTION: Les infections virales sont une cause fréquente d'encéphalite non suppurée disséminée chez le chien. Cependant, en utilisant les méthodes de diagnostic de routine, le virus spécifique peut rester inconnu en raison d'une clairance virale importante ou complète ou parce que le virus est inattendu ou nouveau. Une approche métatranscriptomique combinant le séquençage à haut débit et l'analyse bioinformatique a été utilisée pour étudier l'étiologie virale dans des cas archivés de chiens atteints d'encéphalite non suppurée. Une incidence élevée du virus de l'encéphalite à tiques (TBEV) a été détectée dans le matériel cérébral fixé au formol et inclus dans la paraffine (FFPE) des années 1976 à 2021. En outre, le virus de la maladie de Carré (CDV) a été identifié sans lésions démyélinisantes typiques et le vésivirus canin (CaVV) a été détecté comme un virus inattendu associé à une encéphalite non suppurative. Nous avons démontré la présence virale dans les tissus cérébraux au niveau des sites d'inflammation par immunohistochimie (IHC) et hybridation in situ (ISH). Ces résultats soulignent la valeur des technologies de séquençage émergentes dans le diagnostic vétérinaire et élargissent nos connaissances sur les étiologies de l'encéphalite chez les chiens.