Evaluación de spoligotyping a partir de baciloscopías como metodología alterna e independiente de cultivo para la genotipificación de Mycobacterium tuberculosis / Evaluation of spoligotyping-smear sputum as an alternative and culture-independent methodology for Mycobacterium tuberculosis genotyping

RESUMEN

INTRODUCCIÓN: Tuberculosis (TBC) sigue siendo la segunda causa de muerte por una enfermedad infecto-contagiosa después del síndrome de inmunodeficiencia humana adquirida (SIDA). Actualmente, el escenario de técnicas y metodologías de laboratorio para la identificación y drogo-sensibilidad está cambiando gradualmente. Se han recomendado e introducido ensayos rápidos basados en la amplificación de ácidos nucleicos (NAAT's) que se desarrollan mediante la reacción de polimerasa en cadena (RPC). Bajo este principio, se destaca spoligotyping -una herramienta de genotipificación y epidemiología molecular en TBC- estandarizada a partir de aislados bacterianos, que permite el estudio del genoma de Mycobacterium mediante la amplificación de 43 secuencias cortas no repetitivas, localizadas en la región de repetición directa (RD1). OBJETIVO: Evaluación de spoligotyping a partir de baciloscopías, como una opción independiente de cultivo, para la caracterización de Mycobacterium tuberculosis a partir de muestras de esputo en pacientes del Instituto Nacional Cardiopulmonar de Tegucigalpa, Honduras. MÉTODO: De 37 pacientes con cultivo (y baciloscopía) positivos para M. tuberculosis, se obtuvieron 50 muestras de expectoración. Se realizó estudio microbiológico y molecular en muestras respiratorias conteniendo ADN de micobacterias, a partir de baciloscopías, concentrados y cultivo, para la identificación y análisis genotípico a través de la técnica de spoligotyping. RESULTADOS: El spoligotyping fue positivo en 37/37 de muestras de cultivo positivo (S 100%), en 36/37 (S 97,3%) de muestras con baciloscopía positiva y en 6/10 (S 60%) de muestras de concentrado de esputo. La intensidad de la baciloscopía positiva tuvo una relación directa con la sensibilidad de spoligotyping. DISCUSIÓN: El fusionar el potencial de una herramienta útil en epidemiología molecular para analizar muestras de ADN proveniente de baciloscopías, visualiza una plataforma diagnóstica y genotípica para países en vías de desarrollo como una alternativa innovadora y altamente sensible en la hibridación de oligonucleótidos específicos a partir material genético en baciloscopías (P+, P++, P+++), pero requiere mejorar la concordancia entre patrones genéticos obtenidos, comparables con el uso estandarizado de aislados de cepas de M. tuberculosis.

ABSTRACT

BACKGROUND: Tuberculosis (TB) remains as the second cause of death by an infectious disease preceded by the acquired immune deficiency syndrome (AIDS). Currently, laboratory techniques and methodologies of diagnosis and drug susceptibility testing are constantly changing. Therefore, it has been recommended the introduction of rapid assays based on the amplification of nucleic acids test (NAAT's) through a polymerase chain reaction (PCR). Based on this principle, outstands spoligotyping - as a genotype and molecular epidemiology tool in tuberculosis - it is standardized to use isolated bacteria for the study of Mycobacterium genome through the amplification of 43 non-repetitive sequences, located at the direct repetitive region 1 (RD1). AIM Evaluation of spoligotyping from acid fast staining smears as an independent option from bacterial isolation to characterize Mycobacterium tuberculosis by using sputum samples from TB patients from National Cardiopulmonary Institute in Tegucigalpa, Honduras. METHOD: Of 37 patients with positive culture (and smear microscopy) for M. tuberculosis, 50 expectoration samples were obtained. Microbiological and molecular tests were performed in respiratory samples containing mycobacterial DNA from sputum smears, concentrates and solid culture, for identification and genotype analysis by spoligotyping technique. RESULTS: Spoligotyping was positive in 37/37 of positive culture samples (S 100%), in 36/37 (S 97.3%) of smear-positive samples and in 6/10 (S 60%) of concentrate samples sputum. The intensity of positive smear microscopy had a direct relationship with the sensitivity of spoligotyping. DISCUSSION: This study combined the potential of a molecular epidemiology tool to analyse DNA from sputum samples in smears acid fast staining, it visualizes diagnosis and genotyping platform in developing countries gathering innovation and high sensitivity in the hibridization of specific olignonucleotides from positive smears (P+, P++, P+++). However, the low specificity showed the need to improve better agreement among genetic patterns compared to the standardized bacterial isolation from M. tuberculosis strains.