On the causes of outliers in Affymetrix GeneChip data.

Upton, Graham J G; Sanchez-Graillet, Olivia; Rowsell, Joanna; Arteaga-Salas, Jose M; Graham, Neil S; Stalteri, Maria A; Memon, Farhat N; May, Sean T; Harrison, Andrew P

Upton, Graham J G; Sanchez-Graillet, Olivia; Rowsell, Joanna; Arteaga-Salas, Jose M; Graham, Neil S; Stalteri, Maria A; Memon, Farhat N; May, Sean T; Harrison, Andrew P.

Afiliação

Upton GJ; University of Essex, Wivenhoe Park, Colchester, Essex CO4 3SQ, UK.

Brief Funct Genomic Proteomic ; 8(3): 199-212, 2009 May.

Article em En | MEDLINE | ID: mdl-19734302

ABSTRACT

ABSTRACT

We describe various types of outliers seen in Affymetrix GeneChip data. We have been able to utilise the data in the Gene Expression Omnibus to screen GeneChips across a range of scales, from single probes, to spatially adjacent fractions of arrays, to whole arrays, to whole experiments. In this review we describe a number of causes for why some reported intensities might be misleading on GeneChips.

Assuntos

Artefatos; Análise de Sequência com Séries de Oligonucleotídeos/métodos; Análise de Sequência com Séries de Oligonucleotídeos/estatística & dados numéricos; Sequência de Bases; Sondas de DNA/metabolismo; Humanos; Dados de Sequência Molecular; Estatística como Assunto

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Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Artefatos / Análise de Sequência com Séries de Oligonucleotídeos Tipo de estudo: Etiology_studies Limite: Humans Idioma: En Revista: Brief Funct Genomic Proteomic Assunto da revista: BIOQUIMICA / GENETICA Ano de publicação: 2009 Tipo de documento: Article País de afiliação: Reino Unido

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