Exploiting Free-Energy Minima to Design Novel EphA2 Protein-Protein Antagonists: From Simulation to Experiment and Return.

Russo, Simonetta; Callegari, Donatella; Incerti, Matteo; Pala, Daniele; Giorgio, Carmine; Brunetti, Jlenia; Bracci, Luisa; Vicini, Paola; Barocelli, Elisabetta; Capoferri, Luigi; Rivara, Silvia; Tognolini, Massimiliano; Mor, Marco; Lodola, Alessio

Russo, Simonetta; Callegari, Donatella; Incerti, Matteo; Pala, Daniele; Giorgio, Carmine; Brunetti, Jlenia; Bracci, Luisa; Vicini, Paola; Barocelli, Elisabetta; Capoferri, Luigi; Rivara, Silvia; Tognolini, Massimiliano; Mor, Marco; Lodola, Alessio.

Afiliação

Russo S; Dipartimento di Farmacia, Università degli Studi di Parma, Viale delle Scienze 27A, 43124, Parma, Italy.
Callegari D; Dipartimento di Farmacia, Università degli Studi di Parma, Viale delle Scienze 27A, 43124, Parma, Italy.
Incerti M; Dipartimento di Farmacia, Università degli Studi di Parma, Viale delle Scienze 27A, 43124, Parma, Italy.
Pala D; Dipartimento di Farmacia, Università degli Studi di Parma, Viale delle Scienze 27A, 43124, Parma, Italy.
Giorgio C; Dipartimento di Farmacia, Università degli Studi di Parma, Viale delle Scienze 27A, 43124, Parma, Italy.
Brunetti J; Dipartimento di Biotecnologie Mediche, Università degli Studi di Siena, Via Fiorentina 1, 53100, Siena, Italy.
Bracci L; Dipartimento di Biotecnologie Mediche, Università degli Studi di Siena, Via Fiorentina 1, 53100, Siena, Italy.
Vicini P; Dipartimento di Farmacia, Università degli Studi di Parma, Viale delle Scienze 27A, 43124, Parma, Italy.
Barocelli E; Dipartimento di Farmacia, Università degli Studi di Parma, Viale delle Scienze 27A, 43124, Parma, Italy.
Capoferri L; Department of Chemistry and Pharmaceutical Sciences, VU University, De Boelelaan 1083, 1081 HV, Amsterdam, the Netherlands.
Rivara S; Dipartimento di Farmacia, Università degli Studi di Parma, Viale delle Scienze 27A, 43124, Parma, Italy.
Tognolini M; Dipartimento di Farmacia, Università degli Studi di Parma, Viale delle Scienze 27A, 43124, Parma, Italy.
Mor M; Dipartimento di Farmacia, Università degli Studi di Parma, Viale delle Scienze 27A, 43124, Parma, Italy.
Lodola A; Dipartimento di Farmacia, Università degli Studi di Parma, Viale delle Scienze 27A, 43124, Parma, Italy. alessio.lodola@unipr.it.

Chemistry ; 22(24): 8048-52, 2016 Jun 06.

Article em En | MEDLINE | ID: mdl-27139720

ABSTRACT

ABSTRACT

The free-energy surface (FES) of protein-ligand binding contains information useful for drug design. Here we show how to exploit a free-energy minimum of a protein-ligand complex identified by metadynamics simulations to design a new EphA2 antagonist with improved inhibitory potency.

Assuntos

Desenho de Fármacos; Receptor EphA2/metabolismo; Sítios de Ligação; Humanos; Cinética; Ligantes; Simulação de Acoplamento Molecular; Ligação Proteica; Estrutura Terciária de Proteína; Receptor EphA2/antagonistas & inibidores; Ressonância de Plasmônio de Superfície; Termodinâmica

Palavras-chave

computational chemistry; drug design; metadynamics; steroids; surface plasmon resonance

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Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Desenho de Fármacos / Receptor EphA2 Limite: Humans Idioma: En Revista: Chemistry Assunto da revista: QUIMICA Ano de publicação: 2016 Tipo de documento: Article País de afiliação: Itália

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