Discovery and annotation of novel microRNAs in the porcine genome by using a semi-supervised transductive learning approach.

Mármol-Sánchez, Emilio; Cirera, Susanna; Quintanilla, Raquel; Pla, Albert; Amills, Marcel

Mármol-Sánchez, Emilio; Cirera, Susanna; Quintanilla, Raquel; Pla, Albert; Amills, Marcel.

Afiliação

Mármol-Sánchez E; Centre for Research in Agricultural Genomics (CRAG), CSIC-IRTA-UAB-UB, Universitat Autònoma de Barcelona, 08193 Bellaterra, Spain. Electronic address: emilio.marmol@cragenomica.es.
Cirera S; Department of Veterinary and Animal Sciences, Faculty of Health and Medical Sciences, University of Copenhagen, Grønnegårdsvej 3, 2nd Floor, 1870 Frederiksberg C, Denmark.
Quintanilla R; Animal Breeding and Genetics Program, Institute for Research and Technology in Food and Agriculture (IRTA), Torre Marimon, 08140 Caldes de Montbui, Spain.
Pla A; Department of Medical Genetics, University of Oslo and Oslo University Hospital, Oslo, Norway.
Amills M; Centre for Research in Agricultural Genomics (CRAG), CSIC-IRTA-UAB-UB, Universitat Autònoma de Barcelona, 08193 Bellaterra, Spain; Departament de Ciència Animal i dels Aliments, Universitat Autònoma de Barcelona, 08193 Bellaterra, Barcelona, Spain.

Genomics ; 112(3): 2107-2118, 2020 05.

Article em En | MEDLINE | ID: mdl-31816430

Assuntos

Genoma; Genômica/métodos; Aprendizado de Máquina; MicroRNAs/genética; MicroRNAs/metabolismo; Sus scrofa/genética; Algoritmos; Animais; Loci Gênicos; Fígado/metabolismo; MicroRNAs/química; Anotação de Sequência Molecular; Músculo Esquelético/metabolismo; Motivos de Nucleotídeos; Precursores de RNA/química; RNA-Seq; Homologia de Sequência do Ácido Nucleico; Sus scrofa/metabolismo; Transcriptoma

Palavras-chave

MicroRNA discovery; Motif search; Porcine skeletal muscle; Semi-supervised learning; Small RNA-Seq

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Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Genoma / Genômica / Sus scrofa / MicroRNAs / Aprendizado de Máquina Tipo de estudo: Prognostic_studies Limite: Animals Idioma: En Revista: Genomics Assunto da revista: GENETICA Ano de publicação: 2020 Tipo de documento: Article

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