Single-Cell RNA Sequencing Analysis: A Step-by-Step Overview.

Slovin, Shaked; Carissimo, Annamaria; Panariello, Francesco; Grimaldi, Antonio; Bouché, Valentina; Gambardella, Gennaro; Cacchiarelli, Davide

Slovin, Shaked; Carissimo, Annamaria; Panariello, Francesco; Grimaldi, Antonio; Bouché, Valentina; Gambardella, Gennaro; Cacchiarelli, Davide.

Afiliação

Slovin S; Telethon Institute of Genetics and Medicine (TIGEM), Armenise/Harvard Laboratory of Integrative Genomics, Pozzuoli, Italy.
Carissimo A; Istituto per le Applicazioni del Calcolo "Mauro Picone", Consiglio Nazionale delle Ricerche, Naples, Italy.
Panariello F; Telethon Institute of Genetics and Medicine (TIGEM), Armenise/Harvard Laboratory of Integrative Genomics, Pozzuoli, Italy.
Grimaldi A; Telethon Institute of Genetics and Medicine (TIGEM), Armenise/Harvard Laboratory of Integrative Genomics, Pozzuoli, Italy.
Bouché V; Telethon Institute of Genetics and Medicine (TIGEM), Armenise/Harvard Laboratory of Integrative Genomics, Pozzuoli, Italy.
Gambardella G; Telethon Institute of Genetics and Medicine (TIGEM), Armenise/Harvard Laboratory of Integrative Genomics, Pozzuoli, Italy. gambardella@tigem.it.
Cacchiarelli D; Department of Chemical Materials and Industrial Engineering, University of Naples "Federico II", Naples, Italy. gambardella@tigem.it.

Methods Mol Biol ; 2284: 343-365, 2021.

Article em En | MEDLINE | ID: mdl-33835452

Assuntos

Algoritmos; Análise de Sequência de RNA/métodos; Análise de Célula Única/métodos; Animais; Análise por Conglomerados; Perfilação da Expressão Gênica/métodos; Perfilação da Expressão Gênica/estatística & dados numéricos; Genômica/métodos; Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala/métodos; Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala/estatística & dados numéricos; Humanos; Controle de Qualidade; Análise de Sequência de RNA/estatística & dados numéricos; Análise de Célula Única/estatística & dados numéricos; Software; Transcriptoma

Palavras-chave

Clustering; Computational pipelines; Data analysis tutorial; Experimental workflow; Monocle; Scanpy; Seurat; Single-cell RNA-seq; gf-icf

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Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Algoritmos / Análise de Sequência de RNA / Análise de Célula Única Tipo de estudo: Guideline Limite: Animals / Humans Idioma: En Revista: Methods Mol Biol Assunto da revista: BIOLOGIA MOLECULAR Ano de publicação: 2021 Tipo de documento: Article País de afiliação: Itália

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