Accurate detection of RNA stem-loops in structurome data reveals widespread association with protein binding sites.

Radecki, Pierce; Uppuluri, Rahul; Deshpande, Kaustubh; Aviran, Sharon

Radecki, Pierce; Uppuluri, Rahul; Deshpande, Kaustubh; Aviran, Sharon.

Afiliação

Radecki P; Biomedical Engineering Department and Genome Center, University of California, Davis, CA, USA.
Uppuluri R; Biomedical Engineering Department and Genome Center, University of California, Davis, CA, USA.
Deshpande K; Biomedical Engineering Department and Genome Center, University of California, Davis, CA, USA.
Aviran S; Biomedical Engineering Department and Genome Center, University of California, Davis, CA, USA.

RNA Biol ; 18(sup1): 521-536, 2021 10 15.

Article em En | MEDLINE | ID: mdl-34606413

Assuntos

Algoritmos; Biologia Computacional/métodos; Conformação de Ácido Nucleico; Motivos de Nucleotídeos; Proteínas de Ligação a RNA/metabolismo; RNA/química; RNA/metabolismo; Sítios de Ligação; Células Hep G2; Humanos; Células K562; Ligação Proteica; RNA/genética; Análise de Sequência de RNA; Transcriptoma

Palavras-chave

RNA binding proteins; RNA structure; machine learning; statistical models; transcriptome

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Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Algoritmos / RNA / Proteínas de Ligação a RNA / Biologia Computacional / Motivos de Nucleotídeos / Conformação de Ácido Nucleico Tipo de estudo: Diagnostic_studies Limite: Humans Idioma: En Revista: RNA Biol Assunto da revista: BIOLOGIA MOLECULAR Ano de publicação: 2021 Tipo de documento: Article País de afiliação: Estados Unidos

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