Análise da diversidade genética do HIV-1 e da prevalência de mutações de resistência aos antirretrovirais em uma população de crianças e adolescentes do estado do Rio de Janeiro / Analysis of HIV-1 genetic diversity and prevalence of resistance mutations to antiretroviral drugs in a population of children and adolescents from Rio de Janeiro state

RESUMO

A introdução da terapia antirretroviral altamente ativa (highly active antiretroviral treatment, HAART) tem reduzido as taxas de morbimortalidade em crianças infectadas pelo HIV-1, porém a seleção de vírus resistentes aos medicamentos pode limitar a eficácia do tratamento. A alternativa é a adoção de terapias de resgate, entretanto, as opções para as crianças que não respondem à HAART permanecem limitadas e há poucos estudos abordando a prevalência de mutações de resistência a estes medicamentos. [...] O objetivo deste trabalho foi avaliar a diversidade genética do HIV-1, a prevalência de mutações de resistência aos antirretrovirais adquiridas (DRM) e transmitidas (TDRM) para inibidores da transcriptase reversa análogos de nucleos(t)ídeos (ITRN) e não-análogos de nucleosídeos (ITRNN) e protease (IP), além de TDRM para inibidores da integrase(IIN) e fusão (IF) e tropismo viral na população pediátrica do Rio de Janeiro - Brasil. Com esta finalidade foram analisadas 276 sequências nucleotídicas das regiões protease e transcriptase reversa provenientes da RENAGENO entre 2008 a 2012, armazenadas no banco de dados no laboratório de Aids e Imunologia Molecular. Estasforam classificadas em dois grupos, indivíduos virgens de terapia (VT, n = 97) etratados falhando à HAART (n = 179). Em uma parcela de cada grupo foi realizada aextração do RNA viral, amplificação e sequenciamento das regiões integrase (VT n =24, multiexperimentados n = 48), gp41 (VT = 14, multiexperimentados n = 26) e C2V3(VT n = 7, multiexperimentados n = 26). Os subtipos foram determinados pelo REGAe confirmados por análises filogenéticas e de recombinação. As TDRM e DRM foram determinadas pelos algoritmos disponíveis no HIV Drug Resistance Database. O tropismo viral foi determinado pela ferramenta geno2pheno e na regra 11/25.

ABSTRACT

The introduction of highly active antiretroviral therapy (HAART) has reducedmorbidity and mortality rates in HIV-1-infected children, however, the emergence ofdrug-resistant virus may limit the treatment efficacy. The alternative is the adoption ofrescue therapies, however, the options for children who do not respond to HAARTremain limited and there are few studies on the prevalence of drug resistancemutations to these drugs.[...] The aim of this study was to evaluate the genetic diversity of HIV-1, the prevalence of acquired (DRM) and transmitted (TDRM) antiretroviral resistancemutations for Nucleos(t)ide (NRTI) and Non-Nucleoside (NNRTI) ReverseTranscriptase Inhibitors and Protease Inhibitors (IP), in addition to TDRM for Integrase(IIN) and Fusion (IF) Inhibitors and viral tropism in the prediatric population from Riode Janeiro Brazil. To this end, 276 nucleotide sequences of the protease and reversetranscriptase regions obtained from RENAGENO from 2008 to 2012 and stored in theLaboratory of AIDS and Molecular Immunology database were analyzed. Thesequences were classified into two groups, treatment-naive (VT, n = 97) and treatedand failing HAART (n = 179) individuals. In a subsets of each group were performedviral RNA extraction, amplification and sequencing of the integrase (VT n = 24, n = 48multiexperienced), gp41 (VT = 14, multiexperienced = 26) and C2V3 (VT n = 7,multiexperienced n = 26) regions. The subtypes were determined by REGA andconfirmed by phylogenetic and recombination analysis. The TDRM and DRM weredetermined by algorithms available in the HIV Drug Resistance Database. The viraltropism was determined by geno2pheno tool and 11/25 rule.