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1.
A Meta-Analysis Approach to Gene Regulatory Network Inference Identifies Key Regulators of Cardiovascular Diseases.
Int J Mol Sci
; 25(8)2024 Apr 11.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38673810
2.
BRIO: a web server for RNA sequence and structure motif scan.
Nucleic Acids Res
; 49(W1): W67-W71, 2021 07 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34038531
3.
Discovering sequence and structure landscapes in RNA interaction motifs.
Nucleic Acids Res
; 47(10): 4958-4969, 2019 06 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31162604
4.
Kinome-wide identification of phosphorylation networks in eukaryotic proteomes.
Bioinformatics
; 35(3): 372-379, 2019 02 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30016513
5.
Revisiting the "satisfaction of spatial restraints" approach of MODELLER for protein homology modeling.
PLoS Comput Biol
; 15(12): e1007219, 2019 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31846452
6.
BEAM web server: a tool for structural RNA motif discovery.
Bioinformatics
; 34(6): 1058-1060, 2018 03 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29095974
7.
A Proteome-wide Domain-centric Perspective on Protein Phosphorylation.
Mol Cell Proteomics
; 13(9): 2198-212, 2014 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24830415
8.
A novel approach to represent and compare RNA secondary structures.
Nucleic Acids Res
; 42(10): 6146-57, 2014 Jun.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24753415
9.
Nucleos: a web server for the identification of nucleotide-binding sites in protein structures.
Nucleic Acids Res
; 41(Web Server issue): W281-5, 2013 Jul.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23703207
10.
webPDBinder: a server for the identification of ligand binding sites on protein structures.
Nucleic Acids Res
; 41(Web Server issue): W308-13, 2013 Jul.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23737450
11.
Alternative splicing tends to avoid partial removals of protein-protein interaction sites.
BMC Genomics
; 14: 379, 2013 Jun 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23758645
12.
Phosphate binding sites identification in protein structures.
Nucleic Acids Res
; 39(4): 1231-42, 2011 Mar.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-20974634
13.
Phosfinder: a web server for the identification of phosphate-binding sites on protein structures.
Nucleic Acids Res
; 39(Web Server issue): W278-82, 2011 Jul.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-21622655
14.
Identification of binding pockets in protein structures using a knowledge-based potential derived from local structural similarities.
BMC Bioinformatics
; 13 Suppl 4: S17, 2012 Mar 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22536963
15.
Modular architecture of nucleotide-binding pockets.
Nucleic Acids Res
; 38(11): 3809-16, 2010 Jun.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-20185567
16.
Variation in the co-expression profile highlights a loss of miRNA-mRNA regulation in multiple cancer types.
Noncoding RNA Res
; 7(2): 98-105, 2022 Jun.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35387279
17.
PhosTryp: a phosphorylation site predictor specific for parasitic protozoa of the family trypanosomatidae.
BMC Genomics
; 12: 614, 2011 Dec 19.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22182631
18.
Motif Discovery from CLIP Experiments.
Methods Mol Biol
; 2284: 43-50, 2021.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33835436
19.
Relative Information Gain: Shannon entropy-based measure of the relative structural conservation in RNA alignments.
NAR Genom Bioinform
; 3(1): lqab007, 2021 Mar.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33615214
20.
Structural motifs recurring in different folds recognize the same ligand fragments.
BMC Bioinformatics
; 10: 182, 2009 Jun 15.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-19527512