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1.
Mechanism of Peroxynitrite Interaction with Ferric M. tuberculosis Nitrobindin: A Computational Study.
Inorg Chem
; 2024 May 16.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38754069
2.
Best Practices on QM/MM Simulations of Biological Systems.
J Chem Inf Model
; 63(9): 2609-2627, 2023 05 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37100031
3.
Conformational stability, dynamics and function of human frataxin: Tryptophan side chain interplay.
Arch Biochem Biophys
; 715: 109086, 2022 01 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34801473
4.
Class III Peroxidases PRX01, PRX44, and PRX73 Control Root Hair Growth in Arabidopsis thaliana.
Int J Mol Sci
; 23(10)2022 May 11.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35628189
5.
Relationship between activity and stability: Design and characterization of stable variants of human frataxin.
Arch Biochem Biophys
; 691: 108491, 2020 09 30.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32707090
6.
Structure of the Human ACP-ISD11 Heterodimer.
Biochemistry
; 58(46): 4596-4609, 2019 11 19.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31664822
7.
Ligand Binding Rate Constants in Heme Proteins Using Markov State Models and Molecular Dynamics Simulations.
Chemphyschem
; 20(19): 2451-2460, 2019 10 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31365183
8.
Thermal Stability of Globins: Implications of Flexibility and Heme Coordination Studied by Molecular Dynamics Simulations.
J Chem Inf Model
; 59(1): 441-452, 2019 01 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30516994
9.
CG2AA: backmapping protein coarse-grained structures.
Bioinformatics
; 32(8): 1235-7, 2016 04 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26677962
10.
Structural Study of a Flexible Active Site Loop in Human Indoleamine 2,3-Dioxygenase and Its Functional Implications.
Biochemistry
; 55(19): 2785-93, 2016 05 17.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27112409
11.
Engineered chimeras reveal the structural basis of hexacoordination in globins: a case study of neuroglobin and myoglobin.
Biochim Biophys Acta
; 1850(1): 169-77, 2015 Jan.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25452214
12.
Small ligand-globin interactions: reviewing lessons derived from computer simulation.
Biochim Biophys Acta
; 1834(9): 1722-38, 2013 Sep.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23470499
13.
Molecular dynamics simulations identify time scale of conformational changes responsible for conformational selection in molecular recognition of HIV-1 transactivation responsive RNA.
J Am Chem Soc
; 136(44): 15631-7, 2014 Nov 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25313638
14.
Quaternary structure effects on the hexacoordination equilibrium in rice hemoglobin rHb1: insights from molecular dynamics simulations.
Proteins
; 81(5): 863-73, 2013 May.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23280541
15.
Binding mechanism of disulfide species to ferric hemeproteins: The case of metmyoglobin.
J Inorg Biochem
; 247: 112313, 2023 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37467661
16.
Direct Cysteine Desulfurase Activity Determination by NMR and the Study of the Functional Role of Key Structural Elements of Human NFS1.
ACS Chem Biol
; 18(7): 1534-1547, 2023 07 21.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37410592
17.
Ligand migration in the apolar tunnel of Cerebratulus lacteus mini-hemoglobin.
J Biol Chem
; 286(7): 5347-58, 2011 Feb 18.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-21147768
18.
Protein dynamics and ligand migration interplay as studied by computer simulation.
Biochim Biophys Acta
; 1814(8): 1054-64, 2011 Aug.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-20797453
19.
Evidence for a ferryl intermediate in a heme-based dioxygenase.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 106(41): 17371-6, 2009 Oct 13.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-19805032
20.
Molecular basis for the substrate stereoselectivity in tryptophan dioxygenase.
Biochemistry
; 50(50): 10910-8, 2011 Dec 20.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-22082147