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Breast cancer patient-derived whole-tumor cell culture model for efficient drug profiling and treatment response prediction.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 120(1): e2209856120, 2023 01 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36574653
2.
CopyVAE: a variational autoencoder-based approach for copy number variation inference using single-cell transcriptomics.
Bioinformatics
; 40(5)2024 May 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38676578
3.
Scuphr: A probabilistic framework for cell lineage tree reconstruction.
PLoS Comput Biol
; 20(5): e1012094, 2024 May 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38723024
4.
DeepMP: a deep learning tool to detect DNA base modifications on Nanopore sequencing data.
Bioinformatics
; 38(5): 1235-1243, 2022 02 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34718417
5.
ToMExO: A probabilistic tree-structured model for cancer progression.
PLoS Comput Biol
; 18(12): e1010732, 2022 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36469540
6.
Inferring tumor progression in large datasets.
PLoS Comput Biol
; 16(10): e1008183, 2020 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33035204
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ADARs and editing: The role of A-to-I RNA modification in cancer progression.
Semin Cell Dev Biol
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Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29146145
8.
Fast and general tests of genetic interaction for genome-wide association studies.
PLoS Comput Biol
; 13(6): e1005556, 2017 Jun.
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en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28586362
9.
Discovering Genetic Interactions in Large-Scale Association Studies by Stage-wise Likelihood Ratio Tests.
PLoS Genet
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en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26402789
10.
Probabilistic inference of lateral gene transfer events.
BMC Bioinformatics
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Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28185583
11.
Species Tree Inference Using a Mixture Model.
Mol Biol Evol
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en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25963975
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Integrating Sequence Evolution into Probabilistic Orthology Analysis.
Syst Biol
; 64(6): 969-82, 2015 Nov.
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en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26130236
13.
Gene-pseudogene evolution: a probabilistic approach.
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en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26449131
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A-to-I editing of microRNAs in the mammalian brain increases during development.
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en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22645261
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A Bayesian method for analyzing lateral gene transfer.
Syst Biol
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en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24562812
16.
Clonally heritable gene expression imparts a layer of diversity within cell types.
Cell Syst
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en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38340731
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Genome-wide probabilistic reconciliation analysis across vertebrates.
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en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24564421
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GenPhyloData: realistic simulation of gene family evolution.
BMC Bioinformatics
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| MEDLINE | ID: mdl-23803001
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Fastphylo: fast tools for phylogenetics.
BMC Bioinformatics
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Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24255987
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DLRS: gene tree evolution in light of a species tree.
Bioinformatics
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Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-22982573