Effectiveness of Naturally Acquired and Vaccine-Induced Immune Responses to SARS-CoV-2 Mu Variant.

SARS-CoV-2 Mu variant emerged in Colombia in 2021 and spread globally. In 49 serum samples from vaccinees and COVID-19 survivors in Colombia, neutralization was significantly lower (p<0.0001) for Mu than a parental strain and variants of concern. Only the Omicron variant of concern demonstrated higher immune evasion.

Estandarización de PCR en tiempo real para detección y cuantificación de los oncogenes E7 de seis Virus del Papiloma Humano de Alto Riesgo / Real-time PCR standardization for detection and quantification of E7 oncogenes from six High-Risk Human Papillomaviruses

El cáncer de cuello uterino es causado por la infección persistente del epitelio cervical con los genotipos de alto riesgo del Virus del Papiloma Humano. Para su detección se realizan pruebas moleculares que detectan el gen L1 del VPH. Este gen puede perderse hasta en el 11 % de los casos durante la integración del ADN viral en el genoma del hospedero originando falsos negativos. Por otra parte, el oncogén E7 se expresa durante todas las etapas de progresión de la enfermedad. El objetivo de este trabajo fue estandarizar una PCR en tiempo real del oncogén E7 (E7-qPCR) para genotipificación y cuantificación de 6 VPH-AR. Los resultados muestran que la E7- qPCR amplificó VPH-16, -18, -31, -33, -35 y -45 con una alta sensibilidad con límites de detección desde 102 copias, eficiencias entre 90 y 110 %, valores R2 > 0,97 y análisis de curva de fusión que revelan productos específicos.

Cervical cancer is caused by persistent infection of the cervical epithelium with the high-risk genotypes of the Human Papilloma Virus (HR-HPV). For its detection, molecular tests are carried out that detect the L1 gene of HPV. This gene can be lost in up to 11 % of cases during the integration of viral DNA into the host genome, causing false negatives. On the other hand, the E7 oncogene is expressed during all stages of disease progression. The aim of this work was to standardize a real-time PCR of the E7 oncogene (E7-qPCR) for genotyping and quantification of 6 HR-HPV. The results show that the E7-qPCR amplified HPV-16, -18, -31, -33, -35 and -45 with high sensitivity with detection limits from 102 copies, efficiencies between 90 and 110 %, R2 values >0,97 and melting curve analysis revealing specific products.

Importancia de los interferones tipo I en la respuesta inmune antiviral contra el Virus del Papiloma Humano / Importance of type I interferons in the antiviral immune response against the Human Papillomavirus

Resumen Los interferones (IFNs) son citoquinas fundamentales en la modulación de la inmunidad innata y adaptativa del hospedero, el papel de los IFNs tipo I en el control de la infección por el Virus del Papiloma Humano (VPH) es crucial para una eficiente respuesta antiviral del huésped. Esta revisión profundiza sobre las funciones de los IFNs tipo I en la infección causada por el VPH y los mecanismos de evasión de este virus para inactivar los IFNs tipo I, todos estos mecanismos necesarios para el desarrollo y progresión de lesiones malignas en los tejidos infectados por el VPH.

Abstract The interferons (IFNs) are very important cytokines in the interface between innate and adaptive immunity of the host, the role type I IFNs in the control of HPV is pivotal for an efficient immune response, so a wide knowledge about this topic will contribute understanding HPV pathogenicity mechanism. This review focuses on the HPV evasion mechanisms for the type I IFNs which are necessary for a malignant lesion development, otherwise develops knowledge about the type I IFNs functions on the HPV infection.

SARS-CoV-2: generalidades bioquímicas y métodos de diagnóstico / SARS-CoV-2: biochemical aspects and diagnostic methods

Resumen El 31 de diciembre de 2019 la comisión municipal de salud de Wuhan (provincia de Hubei, China) informa sobre un inusitado brote de casos de neumonía en la ciudad. Posteriormente se determina que se trata de un nuevo coronavirus designado inicialmente como 2019-nCoV y posteriormente, SARS-CoV-2. El SARS-CoV-2 infecta y se replica en los neumocitos y macrófagos del sistema respiratorio específicamente en el parénquima pulmonar en donde reside el receptor celular ACE-2. Esta revisión describe aspectos relacionados con la transmisión, prevención, generalidades bioquímicas del SARS-CoV-2 y métodos diagnósticos del COVID-19. Inicialmente se describe la forma de transmisión del virus y algunas recomendaciones generales para su prevención. Posteriormente, se hace una descripción detallada de los aspectos bioquímicos del SARS-CoV-2, su ciclo infeccioso y la estructura de la proteína S, la cual está involucrada con el proceso de ingreso del virus a la célula. Finalmente, se describen los métodos y pruebas de laboratorio para el diagnóstico del COVID-19.

Abstract On December 31, 2019, Wuhan Municipal Health Commission (Hubei Province, China) reports on an unusual outbreak of pneumonia cases in the city. Subsequently it is determined that it is a new coronavirus initially designated as 2019-nCoV and later, SARS-CoV-2. SARS-CoV-2 infects and replicates in pneumocytes and macrophages of the respiratory system specifically in the lung parenchyma where the ACE-2 cell receptor resides. This review describes aspects related to the transmission, prevention, biochemical generalities of SARS-CoV-2 and diagnostic methods of COVID-19. Initially, it describes the form of virus transmission and general recommendations for its prevention. Subsequently, a detailed description is made of the biochemical aspects of SARS-CoV-2, its infectious cycle and the structure of protein S, which is involved in the process of entry of the virus into the cell. Finally, the methods and laboratory tests for the diagnosis of COVID-19 are described.

Prueba de concepto de una pcr multiplex de primera generación (cualitativa) para detección del oncogén e7 de vphs de alto riesgo

Introducción: Infección persistente con el virus de papiloma humano de alto riesgo (VPH-AR) causa cáncer de cuello uterino (CCU). Existen ensayos moleculares para la detección y la genotipificación del gen L1 de VPH, sin embargo, L1 puede perderse durante la integración viral. La expresión e integración del oncogén E7 es fundamental para el desarrollo de CCU. Objetivo: Estandarizar una PCR multiplex (mPCR) del oncogén E7 (E7-mPCR) para genotipificación de los VPH-AR de mayor frecuencia en CCU (VPH-16, -18, -31, -33, -45 y -52). Métodos: Se obtuvieron cepillados cervicales de voluntarias y se analizaron amplificando por PCR el gen L1 con subsecuente hibridación reversa. Posteriormente, se escogieron 59 muestras positivas para VPH-AR y se analizaron por E7-mPCR. Resultados: Se evidenció una elevada concordancia entre los resultados del ensayo E7- mPCR y los de la PCR de L1 (concordancia observada de 95,1%, Kappa de Cohen = 0,88), encontrándose mayor número de infecciones por VPH- AR en el 15,8% con E7-mPCR. Conclusión: E7-mPCR es una herramienta diagnóstica con alta concordancia y económica que puede adaptarse a una plataforma de mayor complejidad para procesar y detectar mayor cantidad de muestras y genotipos de VPH-AR.

Introduction: The persistent infection of the high-risk Human Papiloma Virus (VPH-AR in Spanish) causes uterine cervix cancer (CCU in Spanish). There are molecular essays for detection and genotyping of gen L1 of VPH. However, L1 may get lost during the viral integration. The expression and integration of oncogene E7 is fundamental for the development of CCU. Objective: To standardize a multiplex PCR (mPCR) of oncogene E7 (E7-mPCR) for genotyping the VPH- AR of highest frequency in CCU (VPH-16, -18, -31, -33, -45 y -52). Method: We obtained cervix brushing simples from volunteers and we analyzed them by amplifying the L1 gene through PCR with a subsequent reverse hybridization. After that, we chose 59 positive VPH- AR samples and we analyzed them for E7-mPCR. Results: We found out a high concordance between the results of the essay E7-mPCR and those of L1 PC (Observed concordance was of 95.1%, Cohen's Kappa = 0.88), and we revealed a higher number of infections for VPH-AR in a 15.8% with E7-mPCR. Conclusion: E7-mPCR is an economic diagnostic tool with high concordance which can be adapted to a platform with more complexity to process and detect a higher number of samples and VPH-AR genotypes.

Introdução: a infecção persistente com o virus de papiloma humano de alto risco (HPV-AR) causa cáncer de colo do útero (CCU). Existem ensaios moleculares para detecção e para a genotipificação do gene L1 de HPV; contudo, L1 pode ser perdido durante a integrado viral. A expressão e integração do oncogênese E7 é fundamental para o desenvolvimento do CCU. Objetivo: padronizar uma PCR multiplex (mPCR) do oncogênese E7 (E7-mPCR) para genotipificação dos HPV-AR de maior frequência no CCU (HPV-16, -18, -31, -33, -45 e -52). Métodos: foram realizadas raspagens com escova cervical rodada em voluntárias e foram analisadas a partir da amplificação do gene L1 por PCR com subsequente hibridação inversa. Em seguida, foram escolhidas 59 amostras positivas para HPV-AR, as quais foram analisadas por E7-mPCR. Resultados: foi evidenciada elevada concordância entre os resultados do ensaio E7-mPCR e os da PCR de L1 (concordância observada de 95,1%, Kappa de Cohen = 0,88), encontrando-se maior número de infecções por HPV-AR em 15,8% com E7-mPCR. Conclusão: E7-mPCR é uma ferramenta diagnóstica com alta concordância e económica que pode ser adaptada a uma plataforma de maior complexidade para processar e detectar maior quantidade de amostras e genótipos de HPV-AR.

Prueba de concepto de una PCR multiplex de primera generación (cualitativa) para detección del oncogén E7 de VPHS de alto riesgo / Proof of concept of a first-generation multiplex PCR (qualitative) for detection of the E7 oncogene of high-risk HSVPs / Prova de conceito de uma PCR multiplex de primeira geração (qualitativa) para a deteção do oncogene E7 de HSVPs de alto risco

Introducción: Infección persistente con el virus de papiloma humano de alto riesgo (VPH-AR) causa cáncer de cuello uterino (CCU). Existen ensayos moleculares para la detección y la genotipificación del gen L1 de VPH, sin embargo, L1 puede perderse durante la integración viral. La expresión e integración del oncogén E7 es fundamental para el desarrollo de CCU. Objetivo: Estandarizar una PCR multiplex (mPCR) del oncogén E7 (E7-mPCR) para genotipificación de los VPH-AR de mayor frecuencia en CCU (VPH-16, -18, -31, -33, -45 y -52). Métodos: Se obtuvieron cepillados cervicales de voluntarias y se analizaron amplificando por PCR el gen L1 con subsecuente hibridación reversa. Posteriormente, se escogieron 59 muestras positivas para VPH-AR y se analizaron por E7-mPCR. Resultados: Se evidenció una elevada concordancia entre los resultados del ensayo E7-mPCR y los de la PCR de L1 (concordancia observada de 95,1 %, Kappa de Cohen = 0,88), encontrándose mayor número de infecciones por VPHAR en el 15,8 % con E7-mPCR. Conclusión: E7-mPCR es una herramienta diagnóstica con alta concordancia y económica que puede adaptarse a una plataforma de mayor complejidad para procesar y detectar mayor cantidad de muestras y genotipos de VPH-AR.

Introduction: Persistent infection with high-risk human papillomavirus (HR-HPV) causes cervical cancer (CCU). Molecular assays exist for detection and genotyping of the HPV L1 gene, however, L1 can be lost during viral integration. The expression and integration of the E7 oncogene is critical for the development of CCU. Objective: To standardize a multiplex PCR (mPCR) of the E7 oncogene (E7-mPCR) for genotyping the most frequent HR-HPVs in CCU (HPV-16, -18, -31, -33, -45 and -52). Methods: Cervical brushings were obtained from volunteers and analyzed by PCR amplification of the L1 gene with subsequent reverse hybridization. Subsequently, 59 HR-HPV-positive samples were selected and analyzed by E7-mPCR. Results: There was a high concordance between E7-mPCR and L1 PCR results (observed concordance 95.1 %, Cohen's Kappa = 0.88), with a higher number of HR-HPV infections found in 15.8 % with E7-mPCR. Conclusion: E7-mPCR is a highly concordant and cost-effective diagnostic tool that can be adapted to a more complex platform to process and detect a larger number of HR-HPV samples and genotypes.

Introdução: A infeção persistente pelo papilomavírus humano de alto risco (HR-HPV) causa cancro do colo do útero (CCU). Existem ensaios moleculares para a deteção e genotipagem do gene L1 do HPV, no entanto, o L1 pode perder-se durante a integração viral. A expressão e integração do oncogene E7 é fundamental para o desenvolvimento do CCU. Objetivo: Padronizar uma PCR multiplex (mPCR) do oncogene E7 (E7-mPCR) para genotipar os HR-HPVs mais frequentes no CCU (HPV-16, -18, -31, -33, -45 e -52). Métodos: Foram obtidas escovagens cervicais de voluntárias e analisadas por amplificação por PCR do gene L1 com subsequente hibridação inversa. Subsequentemente, foram seleccionadas 59 amostras HR-HPV-positivas e analisadas por E7-mPCR. Resultados: Verificou-se uma elevada concordância entre os resultados da E7-mPCR e da L1 PCR (concordância observada de 95,1 %, Cohen's Kappa = 0,88), com um número mais elevado de infecções por HR-HPV detectadas em 15,8 % com a E7-mPCR. Conclusão: A E7-mPCR é uma ferramenta de diagnóstico altamente concordante e económica que pode ser adaptada a uma plataforma mais complexa para processar e detetar um maior número de amostras e genótipos de HR-HPV.