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1.
Genes and sites under adaptation at the phylogenetic scale also exhibit adaptation at the population-genetic scale.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 120(11): e2214977120, 2023 03 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36897968
2.
A Bayesian Mutation-Selection Framework for Detecting Site-Specific Adaptive Evolution in Protein-Coding Genes.
Mol Biol Evol
; 38(3): 1199-1208, 2021 03 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33045094
3.
Bayesian Cross-Validation Comparison of Amino Acid Replacement Models: Contrasting Profile Mixtures, Pairwise Exchangeabilities, and Gamma-Distributed Rates-Across-Sites.
J Mol Evol
; 90(6): 468-475, 2022 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36207534
4.
Jump-Chain Simulation of Markov Substitution Processes Over Phylogenies.
J Mol Evol
; 90(3-4): 239-243, 2022 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35652926
5.
Evolution of Carthamus species revealed through sequence analyses of the fad2 gene family.
Physiol Mol Biol Plants
; 26(3): 419-432, 2020 Mar.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32205920
6.
Detecting amino acid preference shifts with codon-level mutation-selection mixture models.
BMC Evol Biol
; 19(1): 62, 2019 02 26.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30808289
7.
Multiple Factors Confounding Phylogenetic Detection of Selection on Codon Usage.
Mol Biol Evol
; 35(6): 1463-1472, 2018 06 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29596640
8.
Conditional Approximate Bayesian Computation: A New Approach for Across-Site Dependency in High-Dimensional Mutation-Selection Models.
Mol Biol Evol
; 35(11): 2819-2834, 2018 11 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30203003
9.
Detecting Adaptation in Protein-Coding Genes Using a Bayesian Site-Heterogeneous Mutation-Selection Codon Substitution Model.
Mol Biol Evol
; 34(1): 204-214, 2017 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27744408
10.
Clonal evolution and genome stability in a 2500-year-old fungal individual.
Proc Biol Sci
; 285(1893): 20182233, 2018 Dec 19.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30963893
11.
COMPASS: the COMPletely Arbitrary Sequence Simulator.
Bioinformatics
; 33(19): 3101-3103, 2017 Oct 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28582485
12.
Erratum to: A Bayesian mutation-selection framework for detecting site-specific adaptive evolution in protein-coding genes.
Mol Biol Evol
; 38(7): 3032, 2021 Jun 25.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34010420
13.
Whole genome sequencing and comparative genomics of closely related Fusarium Head Blight fungi: Fusarium graminearum, F. meridionale and F. asiaticum.
BMC Genomics
; 17(1): 1014, 2016 12 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27938326
14.
Relaxing the Molecular Clock to Different Degrees for Different Substitution Types.
Mol Biol Evol
; 32(8): 1948-61, 2015 Aug.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25931515
15.
The effect of selection environment on the probability of parallel evolution.
Mol Biol Evol
; 32(6): 1436-48, 2015 Jun.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25761765
16.
Evolutionary genomics of epidemic and nonepidemic strains of Pseudomonas aeruginosa.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 110(52): 21065-70, 2013 Dec 24.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24324153
17.
Site-heterogeneous mutation-selection models within the PhyloBayes-MPI package.
Bioinformatics
; 30(7): 1020-1, 2014 Apr 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24351710
18.
Genomics of adaptation during experimental evolution of the opportunistic pathogen Pseudomonas aeruginosa.
PLoS Genet
; 8(9): e1002928, 2012 Sep.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23028345
19.
Codon-based phylogenetics introduces novel flagellar gene markers to oomycete systematics.
Mol Phylogenet Evol
; 79: 279-91, 2014 Oct.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-24747002
20.
PhyloBayes MPI: phylogenetic reconstruction with infinite mixtures of profiles in a parallel environment.
Syst Biol
; 62(4): 611-5, 2013 Jul.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-23564032