Detalles de la búsqueda
1.
DNA mismatches reveal conformational penalties in protein-DNA recognition.
Nature
; 587(7833): 291-296, 2020 11.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33087930
2.
CasPEDIA Database: a functional classification system for class 2 CRISPR-Cas enzymes.
Nucleic Acids Res
; 52(D1): D590-D596, 2024 Jan 05.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-37889041
3.
Dynamic basis for dAâ¢dGTP and dAâ¢d8OGTP misincorporation via Hoogsteen base pairs.
Nat Chem Biol
; 19(7): 900-910, 2023 07.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-37095237
4.
Eukaryotic RNA-guided endonucleases evolved from a unique clade of bacterial enzymes.
Nucleic Acids Res
; 51(22): 12414-12427, 2023 Dec 11.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-37971304
5.
Measuring thermodynamic preferences to form non-native conformations in nucleic acids using ultraviolet melting.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 119(24): e2112496119, 2022 06 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35671421
6.
Probing Watson-Crick and Hoogsteen base pairing in duplex DNA using dynamic nuclear polarization solid-state NMR spectroscopy.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 119(30): e2200681119, 2022 07 26.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-35857870
7.
Improved genome editing by an engineered CRISPR-Cas12a.
Nucleic Acids Res
; 50(22): 12689-12701, 2022 12 09.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-36537251
8.
Kinetic Resolution of the Atomic 3D Structures Formed by Ground and Excited Conformational States in an RNA Dynamic Ensemble.
J Am Chem Soc
; 145(42): 22964-22978, 2023 10 25.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-37831584
9.
Understanding the characteristics of nonspecific binding of drug-like compounds to canonical stem-loop RNAs and their implications for functional cellular assays.
RNA
; 27(1): 12-26, 2021 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33028652
10.
Revealing A-T and G-C Hoogsteen base pairs in stressed protein-bound duplex DNA.
Nucleic Acids Res
; 49(21): 12540-12555, 2021 12 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34792150
11.
2'-O-Methylation can increase the abundance and lifetime of alternative RNA conformational states.
Nucleic Acids Res
; 48(21): 12365-12379, 2020 12 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33104789
12.
Hoogsteen base pairs increase the susceptibility of double-stranded DNA to cytotoxic damage.
J Biol Chem
; 295(47): 15933-15947, 2020 11 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32913127
13.
Probing conformational transitions towards mutagenic Watson-Crick-like G·T mismatches using off-resonance sugar carbon R1ρ relaxation dispersion.
J Biomol NMR
; 74(8-9): 457-471, 2020 Sep.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32789613
14.
Increasing the length of poly-pyrimidine bulges broadens RNA conformational ensembles with minimal impact on stacking energetics.
RNA
; 24(10): 1363-1376, 2018 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30012568
15.
Why are Hoogsteen base pairs energetically disfavored in A-RNA compared to B-DNA?
Nucleic Acids Res
; 46(20): 11099-11114, 2018 11 16.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30285154
16.
Extending the Sensitivity of CEST NMR Spectroscopy to Micro-to-Millisecond Dynamics in Nucleic Acids Using High-Power Radio-Frequency Fields.
Angew Chem Int Ed Engl
; 59(28): 11262-11266, 2020 07 06.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32168407
17.
NMR Chemical Exchange Measurements Reveal That N6-Methyladenosine Slows RNA Annealing.
J Am Chem Soc
; 141(51): 19988-19993, 2019 12 26.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31826614
18.
Insights into Watson-Crick/Hoogsteen breathing dynamics and damage repair from the solution structure and dynamic ensemble of DNA duplexes containing m1A.
Nucleic Acids Res
; 45(9): 5586-5601, 2017 May 19.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28369571
19.
Atomic structures of excited state A-T Hoogsteen base pairs in duplex DNA by combining NMR relaxation dispersion, mutagenesis, and chemical shift calculations.
J Biomol NMR
; 70(4): 229-244, 2018 04.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-29675775
20.
RNA language models predict mutations that improve RNA function.
bioRxiv
; 2024 Apr 06.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-38617247