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A prevalência da tuberculose na população privada de liberdade no Brasil tem se mantido elevada nos últimos anos. Em 2003 foi implantado o Plano Nacional de Saúde no Sistema Penitenciário, com ações e metas previstas para o controle da tuberculose, entre outras. A partir de 2007, foi introduzida na ficha de notificação dos casos de tuberculose a variável “institucionalizado” e a categoria “presídio”, o que permitiu uma análise da situação epidemiológica. Em 2010 o Programa Nacional de Controle da Tuberculose (PNCT) lançou seu manual de recomendações que contém um capítulo específico destinado às populações vulneráveis, entre elas a população privada de liberdade. Apesar de as ações de controle da tuberculose no sistema penitenciário brasileiro estarem normatizadas, os estudos sobre a sua implantação ainda são escassos. Este trabalho teve como objetivo avaliar a implantação do Programa de Controle da Tuberculose (PCT) em unidades prisionais de dois estados brasileiros, considerando a influência das dimensões externa e político-organizacional. Ele foi desenvolvido em duas etapas estudo de avaliabilidade e estudo de casos múltiplos. No primeiro foi feita a descrição do programa e elaborados os modelos teórico e lógico da intervenção. Os casos selecionados foram o PCT/Sistema de Saúde Prisional de dois estados no Brasil. Duas unidades prisionais em cada estado e um hospital penal em um deles foram as unidades de análise. O estudo de avaliabilidade mostrou que os modelos de organização do PCT eram distintos nos casos estudados. Na análise da implantação, verificou-se que o programa estava parcialmente implantado nas unidades de análise do Caso 1 e no hospital penal, enquanto que nas unidades prisionais não hospitalares do Caso 2, o nível de implantação era baixo. A integração entre as secretarias de administração penitenciária e de saúde, a disponibilidade de recursos, a realização de busca ativa de casos e de tratamento diretamente observado foram alguns dos fatores favoráveis à implantação do programa. No Caso 2, a densidade demográfica, a proporção da população vivendo em aglomerados subnormais e a incidência da tuberculose na população em geral eram maiores do que no Caso 1. Em ambos os casos houve dificuldade para execução dos recursos financeiros destinados às unidades de saúde do sistema prisional. A vulnerabilidade social e o compromisso político nos estados, que compõem a dimensão externa, e a dimensão político-organizacional, constituída por autonomia técnica e político-financeira, ações intersetoriais e gerência, influenciaram o grau de implantação do PCT nas unidades prisionais. As taxas de cura e de abandono do tratamento foram mais favoráveis no Caso 1, o que sugere que o grau de implantação têm influência nos efeitos obtidos. O modelo teórico desenvolvido mostrou-se adequado para a realização desta pesquisa e poderá ser utilizado em outros estudos.