A High-Throughput Screen for Transcription Activation Domains Reveals Their Sequence Features and Permits Prediction by Deep Learning.

Erijman, Ariel; Kozlowski, Lukasz; Sohrabi-Jahromi, Salma; Fishburn, James; Warfield, Linda; Schreiber, Jacob; Noble, William S; Söding, Johannes; Hahn, Steven

Erijman, Ariel; Kozlowski, Lukasz; Sohrabi-Jahromi, Salma; Fishburn, James; Warfield, Linda; Schreiber, Jacob; Noble, William S; Söding, Johannes; Hahn, Steven.

Afiliación

Erijman A; Fred Hutchinson Cancer Research Center, Seattle, WA, USA.
Kozlowski L; Quantitative and Computational Biology, Max Planck Institute for Biophysical Chemistry, Göttingen, Germany.
Sohrabi-Jahromi S; Quantitative and Computational Biology, Max Planck Institute for Biophysical Chemistry, Göttingen, Germany.
Fishburn J; Fred Hutchinson Cancer Research Center, Seattle, WA, USA.
Warfield L; Fred Hutchinson Cancer Research Center, Seattle, WA, USA.
Schreiber J; Paul G. Allen School of Computer Science and Engineering, University of Washington, Seattle, WA, USA.
Noble WS; Department of Genome Sciences, University of Washington, Seattle, WA, USA; Paul G. Allen School of Computer Science and Engineering, University of Washington, Seattle, WA, USA.
Söding J; Quantitative and Computational Biology, Max Planck Institute for Biophysical Chemistry, Göttingen, Germany. Electronic address: soeding@mpibpc.mpg.de.
Hahn S; Fred Hutchinson Cancer Research Center, Seattle, WA, USA. Electronic address: shahn@fredhutch.org.

Mol Cell ; 78(5): 890-902.e6, 2020 06 04.

Article en En | MEDLINE | ID: mdl-32416068

Asunto(s)

Ensayos Analíticos de Alto Rendimiento/métodos; Factores de Transcripción/genética; Activación Transcripcional/genética; Secuencia de Aminoácidos/genética; Factores de Transcripción con Cremalleras de Leucina de Carácter Básico/genética; Proteínas de Unión al ADN/metabolismo; Aprendizaje Profundo; Unión Proteica; Dominios Proteicos/genética; Saccharomyces cerevisiae/genética; Proteínas de Saccharomyces cerevisiae/genética; Proteínas de Saccharomyces cerevisiae/metabolismo; Transactivadores/genética; Transactivadores/metabolismo; Factores de Transcripción/metabolismo; Activación Transcripcional/fisiología

Palabras clave

activator; allovalency; avidity; coactivator; deep learning; enhancer; intrinsically disordered protein; machine learning; transcription activation; transcriptional regulation

Texto completo

Imprimir

XML

PubMed Links

Buscar en Google

Texto completo: 1 Banco de datos: MEDLINE Asunto principal: Factores de Transcripción / Activación Transcripcional / Ensayos Analíticos de Alto Rendimiento Idioma: En Revista: Mol Cell Asunto de la revista: BIOLOGIA MOLECULAR Año: 2020 Tipo del documento: Article País de afiliación: Estados Unidos

Texto completo

Imprimir

XML

PubMed Links

Buscar en Google