Caracterización de la infección por Bordetella pertussis, Bordetella spp. y coqueluche en la provincia de Córdoba, Argentina / Features of Bordetella pertussis, Bordetella spp. infection and whopping cough in Córdoba province, Argentina

Introduction: Whooping cough is a re-emerging infection in the world and Latin America. Objective: It was considered relevant to investigate the clinical and epidemiological profile of Bordetella spp. and Bordetella pertussis infection in Córdoba province, Argentina; evaluating, at the same time, the co-infection with virus producing respiratory infections that may be confused with whooping cough. Material and Methods: All whooping cough suspected cases were studied by Polimerase Chain Reaction, amplifying the repeated insertion sequence (IS) 481 and the promoter gene encoding pertussis toxin, between 2011 and 2013. The data were obtained from the clinical and epidemiological records. Results: From 2,588 whooping cough suspected cases, 11.59% was infected by Bordetella spp. and 9.16% was confirmed as Bordetella pertussis infection. The rate of infection was 7.22 and 1.84 per 100,000 for 2011 and 2012, respectively. The infection presented a seasonal tendency and it was mainly found on the group of children between 13 and 24 months old. The co-infection with virus producing respiratory infections, were uncommon. Paroxysmal cough, cyanosis and/or vomiting were predictors of the infection for Bordetella pertussis. Discussion and Conclusions: To deal with the re-emergence of whooping cough is important the knowledge of the regional epidemiological situation. This paper shows the situation of these infections in the regional clinical and epidemiological context, and makes the information available for health decision-making.

Introducción: Coqueluche es una enfermedad reemergente en el mundo y en Latinoamérica. Objetivo: Resultó de interés caracterizar el perfil clínico-epidemiológico de la infección por Bordetella spp. y Bordetella pertussis en Córdoba, Argentina; evaluando además, la frecuencia de infecciones de etiología viral que, por cursar con un síndrome coqueluchoide (SC), pueden ser confundidas con cuadros de coqueluche. Material y Métodos: Los casos sospechosos de coqueluche, se estudiaron por reacción de polimerasa en cadena; amplificando la secuencia repetida de inserción (IS) 481 y la región promotora del gen de la toxina pertussis; entre 2011 y 2013. Los datos de los pacientes se obtuvieron de las fichas clínicoepidemiológicas. Resultados: De 2.588 pacientes, 11,59% presentó una infección por Bordetella spp. y en 9,16% se confirmó una infección por Bordetella pertussis. La tasa de infección fue 7,22 y 1,84 por 100.000 habitantes en 2011 y 2012, respectivamente. La infección presentó una tendencia estacional y se concentró principalmente en niños entre 13 y 24 meses. La tos paroxística, cianosis y/o vómitos fueron predictores de la infección por B. pertussis. La coinfección con virus productores de infecciones respiratorias fue poco frecuente. Discusión y Conclusiones: Es fundamental el conocimiento de la situación epidemiológica regional. Este trabajo presenta la situación de Córdoba y pone a disposición de la comunidad sanitaria la información para la toma de decisiones en el contexto clínico-epidemiológico regional.

Implementación del ensayo de carga viral COBAS Taqman HIV-1 Test, v1. 0, para el diagnóstico de la infección congénita por HIV-1 / Implementation of the viral load assay COBAS Taqman HIV-1 Test, v1.0, for the diagnosis of congenital HIV-1 infection

La transmisión vertical es la principal vía de contagio del HIV en la edad pediátrica. El diagnóstico de la infección congénita antes de los 18meses se realiza mediante ensayos virológicos: detección de genoma viral como ARN plasmático y ADN proviral. La sensibilidad de estos ensayos varía según la edad del niño, con valores de especificidad mayores al 95%. El objetivo de este trabajo fue evaluar el desempeño del ensayo de carga viral (CV) COBAS Taqman HIV-1 Test, v1.0 (Roche), y su concordancia con una PCR múltiple anidada in-house para la detección del ADN proviral. De 341 muestras procesadas, 15 resultaron positivas y 326 negativas por ambas metodologías. Para la metodología de CV, la sensibilidad general fue del 88,2% y la especificidad del 100%. Nuestros resultados indican que la metodología de CV evaluada puede utilizarse como técnica alternativa para el diagnóstico de infección congénita por HIV

Vertical transmission is the main route of HIV infection in childhood. Because of the persistence of maternal HIV antibodies, virologic assays that directly detect HIV are required to diagnose HIV infection in infants younger than 18months of age. The sensitivity of HIV RNA/DNA assays increases as the child becomes older. These tests have specificity values greater than 95%. The aim of this study was to evaluate the performance of the COBAS Taqman HIV-1 Test, v1.0 assay (Roche) and its concordance with a Multiplex Nested-PCR. Of 341 samples processed, 15 were positive and 326 negative by both methods. Sensitivity and specificity overall values for the viral load assay were 88.2% and 100%, respectively. Our results indicate that the COBAS Taqman assay evaluated could be used as an alternative method to diagnose HIV congenital infection

Sensibilidad del equipo Cobas AmpliScreenTM HIV-1 Test, v1. 5, para la detección de HIV-1 / Sensitivity of the COBAS AmpliScreenTM HIV-1 Test v1.5 for HIV-1 detection

Las técnicas de amplificación de ácidos nucleicos (NAT) se incorporaron en los bancos de sangre para reducir el riesgo residual de transmisión de infecciones por vía transfusional. La cocirculación de distintas variantes del HIV-1 en Argentina indica la necesidad de evaluar la sensibilidad de los ensayos serológicos y moleculares disponibles para su detección. En este trabajo se evaluó la sensibilidad del equipo COBAS AmpliScreenTM HIV-1 Test, versión 1.5 (Roche), para detectar ARN viral en plasmas de individuos infectados con HIV-1 de Argentina. Los resultados demuestran que esta técnica tiene una alta sensibilidad para detectar ARN de HIV-1 en las condiciones ensayadas: para ensayo de mini-pooles (pooles ≥ 50 copias de ARN/ml), la sensibilidad fue ≥ 92 %, y para procedimiento estándar (plasmas ≥ 207 copias de ARN/ml), la sensibilidad fue 100 %. Además, la técnica COBAS AmpliScreenTM HIV-1 Test, versión 1.5 (Roche), es adecuada para la detección de las variantes de HIV-1 prevalentes

The introduction of nucleic acid amplification techniques (NAT) in blood banks was intended to reduce the residual risk of transfusion-transmitted infections. Co-circulation of a great diversity of HIV-1 variants in Argentina portrays the need to assess the sensitivity of serological and molecular assays available for their detection. In this study, we evaluated the sensitivity of the COBAS AmpliScreenTM HIV-1 Test, version 1.5 (Roche) for the detection of HIV-1 RNA in plasma samples of infected individuals from Argentina. The results of this study reveal that this technique has high sensitivity for the detection of HIV-1 RNA under assay conditions: using mini-pool testing, pools ≥ 50 RNA copies per ml achieved ≥ 92 % sensitivity, whereas in the standard procedure, samples ≥ 207 RNA copies/ ml achieved 100 % sensitivity. Moreover, the COBAS AmpliScreenTM HIV-1 Test, version 1.5 (Roche) is suitable for detecting prevailing HIV-1 variants

Performance of a commercial assay for the diagnosis of influenza A (H1N1) infection in comparison to the Centers for Disease Control and Prevention protocol of real time RT-PCR / Evaluación del desempeño de un equipo comercial para el diagnóstico de influenza A (H1N1) en comparación con el protocolo de RT-PCR en tiempo real diseñado por los Centros de Control y Prevención de Enfermedades (CDC)

At the time of influenza A (H1N1) emergency, the WHO responded with remarkable speed by releasing guidelines and a protocol for a real-time RT-PCR assay (rRT-PCR). The aim of the present study was to evalúate the performance of the "Real Time Ready Influenza A/H1N1 Detection Set" (June 2009)-Roche kit in comparison to the CDC reference rRT-PCR protocol. The overall sensitivity of the Roche assay for detection of the Inf A gene in the presence or absence of the H1 gene was 74.5 %. The sensitivity for detecting samples that were only positive for the Inf A gene (absence of the H1 gene) was 53.3 % whereas the sensitivity for H1N1-positive samples (presence of the Inf A gene and any other swine gene) was 76.4 %. The specificity of the assay was 97.1 %. A new version of the kit (November 2009) is now available, and a recent evaluation of its performance showed good sensitivity to detect pandemic H1N1 compared to other molecular assays.

Durante la pandemia de influenza A (H1N1), la OMS recomendó algoritmos y protocolos de detección del virus mediante RT-PCR en tiempo real. El objetivo del presente estudio fue evaluar el desempeño del equipo que comercializa la empresa Roche, Real Time Ready Influenza A/H1N1 Detection Set (junio de 2009), en comparación con el protocolo de RT-PCR en tiempo real de los CDC. La sensibilidad global del ensayo de Roche para la detección del gen Inf A en presencia o ausencia del gen H1 fue 74,5 %. La sensibilidad para la detección de muestras positivas solo para el gen Inf A (ausencia del gen H1) fue 53,3 % y la sensibilidad para la detección de muestras positivas para H1N1 (presencia del gen Inf A y cualquier otro gen porcino) fue 76,4 %. La especificidad fue 97,1 %. Existe una nueva versión del equipo (noviembre 2009) que, según se ha descrito, presenta buena sensibilidad en comparación con otros ensayos moleculares para detectar H1N1 pandémica.

Técnicas moleculares como herramientas para el tamizaje viral. Estado actual del desarrollo de una técnica de RT-Multiplex-Nested PCR para el control de HIV en sangre / Molecular techniques for viral screening. RT-Multiplex-Nested PCR for HIV control in blood

Los índices de morbilidad y mortalidad en receptores de sangre aumentan drásticamente debido a la transmisión de infecciones virales por vía transfusional. Entre los virus transmitidos por sangre, el de mayor impacto sanitario y social es el virus de la inmunodeficiencia humana tipo 1 (HIV-1). A pesar de que la implementación del tamizaje de anticuerpos para HIV en los Bancos de Sangre de Argentina ha permitido reducir considerablemente la transmisión del virus por vía sanguínea, existe en la actualidad evidencia suficiente de la transmisión de HIV por unidades de sangre con serología negativa. En los Bancos de Sangre de la mayoría de los países europeos y en los Estados Unidos se utilizan, desde el año 1999, técnicas de amplificación de ácidos nucleicos (NAT) para detectar HIV y HCV, con el fin de reducir el período de ventana inmunológica. En este trabajo realizamos una actualización del uso de las técnicas moleculares como herramientas de tamizaje de HIV en la sangre destinada a transfusión y presentamos los resultados preliminares obtenidos a partir del desarrollo de una técnica molecular artesanal: transcripción reversa y reacción en cadena de la polimerasa anidada (RT-Multiplex-Nested PCR), de alta sensibilidad y de bajo costo. Los resultados obtenidos demuestran que la sensibilidad y la especificidad de esta técnica para detectar cepas de HIV regionales están dentro de los límites establecidos por las reglamentaciones internacionales. En esta etapa del trabajo se está realizando la validación de la técnica desarrollada utilizando estándares internacionales. Esta última técnica podrá ser utilizada para el control de la sangre en Córdoba, con el fin de reducir el riesgo de transmisión del virus HIV por esta vía.