Whole-Genome Analysis of Extensively Drug-Resistant Enterobacter hormaechei Isolated from a Patient with Non-Hodgkin's Lymphoma.

BACKGROUND: Currently, the Enterobacteriaceae species are responsible for a variety of serious infections and are already considered a global public health problem, especially in underdeveloped countries, where surveillance and monitoring programs are still scarce and limited. Analyses were performed on the complete genome of an extensively antibiotic-resistant strain of Enterobater hormaechei, which was isolated from a patient with non-Hodgkin's lymphoma, who had been admitted to a hospital in the city of Manaus, Brazil. METHODS: Phenotypical identification and susceptibility tests were performed in automated equipment. Total DNA extraction was performed using the PureLink genomic DNA mini-Kit. The genomic DNA library was prepared with Illumina Microbial Amplicon Prep and sequenced in the MiSeq Illumina Platform. The assembly of the whole-genome and individual analyses of specific resistance genes extracted were carried out using online tools and the Geneious Prime software. RESULTS: The analyses identified an extensively resistant ST90 clone of E. hormaechei carrying different genes, including blaCTX-M-15, blaGES-2, blaTEM-1A, blaACT-15, blaOXA-1 and blaNDM-1, [aac(3)-IIa, aac(6')-Ian, ant(2″)-Ia], [aac(6')-Ib-cr, (qnrB1)], dfrA25, sul1 and sul2, catB3, fosA, and qnrB, in addition to resistance to chlorhexidine, which is widely used in patient antisepsis. CONCLUSIONS: These findings highlight the need for actions to control and monitor these pathogens in the hospital environment.

New ST623 of Cryptococcus neoformans isolated from a patient with non-Hodgkin's lymphoma in the Brazilian Amazon.

BACKGROUND: Cryptococcosis is a disease of wide geographic distribution. It is most critical when it affects immunocompromised patients, with AIDS, tuberculosis or other diseases that require prolonged hospitalization. METHODS: This study described a case report, molecular epidemiology, the phylogenetic relationship, along with antifungal susceptibility test of a new ST 623 of C. neoformans isolated in a patient with non-Hodgkin's Lymphoma, from Manaus, Brazil. RESULTS: The new C. neoformans was susceptible to all antifungal drugs tested. Our results showed that ST623 new clone has no evident evolutionary proximity to any other ST of the VNI subtype group identified in Brazil. CONCLUSIONS: In the context of phylogenetic analysis, this new genotype belongs to VNI subtype, and subsequencing complete genome studies are necessary to better understand the phylogenetic relationships amongst STs in this group.

Extended-spectrum beta-lactamase-producing bacteria isolated from hematologic patients in Manaus, State of Amazonas, Brazil

Antibiotic therapy in hematologic patients, often weak and susceptible to a wide range of infections, particularly nosocomial infections derived from long hospitalization periods, is a challenging issue. This paper presents ESBL-producing strains isolated from such hematologic patients treated at the Amazon Hematology and Hemotherapy Foundation (HEMOAM) in the Brazilian Amazon Region to identify the ESBL genes carried by them as well as the susceptibility to 11 antimicrobial agents using the E-test method. A total of 146 clinical samples were obtained from July 2007 to August 2008, when 17 gram-negative strains were isolated in our institution. The most frequent isolates confirmed by biochemical tests and 16S rRNA sequencing were E. coli (8/17), Serratia spp. (3/17) and B.cepacia (2/17). All gram-negative strains were tested for extended-spectrum-beta-lactamases (ESBLs), where: (12/17) strains carried ESBL; among these, (8/12) isolates carried blaTEM, blaCTX-M, blaOXA, blaSHV genes, (1/12) blaTEM gene and (3/12) blaTEM, blaCTX-M, blaOXA genes. Antibiotic resistance was found in (15/17) of the isolates for tetracycline, (12/17) for ciprofloxacin, (1/17) resistance for cefoxitin and chloramphenicol, (1/17) for amikacin and (3/17) cefepime. This research showed the presence of gram-negative ESBL-producing bacteria infecting hematologic patients in HEMOAM. These strains carried the blaTEM, blaSHV, blaCTX-M and blaOXA genes and were resistant to different antibiotics used in the treatment. This finding was based on a period of 13 months, during which clinical samples from specific populations were obtained. Therefore, caution is required when generalizing the results that must be based on posological orientations and new breakpoints for disk diffusion and microdilution published by CLSI 2010.

Genotyping of two Neisseria gonorrhoeae fluroquinolone-resistant strains in the Brazilian Amazon Region

We report two ciprofloxacin and ofloxacin-resistant Neisseria gonorrhoeae strains that were isolated from the urethral discharge of male patients at the sexually transmitted diseases outpatient clinic of the Alfredo da Matta Foundation (Manaus, state of Amazonas, Brazil). The gonococci displayed minimal inhibitory concentrations (> 32.00 µg/mL) and three mutations in the quinolone resistance-determining region (S91F and D95G in GyrA and S87R in ParC). Both isolates were genotyped using N. gonorrhoeae multi-antigen sequence typing and the analysis showed that the ST225 which represented an emerging widespread multi-resistant clone that has also been associated with reduced susceptibility to ceftriaxone. We recommend continued surveillance of this pathogen to assess the efficacy of anti-gonococcal antibiotics in Brazil.

Parasitoses intestinais e fatores socioambientais de uma população da área Periurbana de Manaus - AM / Intestinal parasitosis and socio-environmental factor sof a population from peri-urban area of Manaus - AM

Descrever a prevalência de parasitoses intestinais em pacientes que procuraram uma Unidade Básica de Saúde e conhecer as condições e características socioambientais de uma população de área periurbana de Manaus - AM, Brasil. Métodos: Estudo realizado pela demanda espontânea de pacientes em Unidade Básica de Saúde, Zona Norte de Manaus, Amazonas, entre abril a julho de 2007, realizando-se exames parasitológicos, em 400 amostras de fezes pelo método de Hoffmann-Pons-Janer, e entrevistas. Resultados: Do total, 271/400 (67,8%) continham parasitos, sendo 181/268 (45,25%) amostras do sexo feminino; 147/224 (36,7%) com idade entre 19 e 85 anos; 119/170 (29,75%) com ensino fundamental incompleto; 207/299 (51,75%) com renda familiar entre um e três salários mínimos; 220/316 (55%) naturais do Amazonas; 192/284 (48%) desenvolviam atividades do lar; 199/298 (49,7%) consumiam água do poço artesiano público; 106/152 (26.5%) tratavam a água e 165/248 (66%) não tratavam a água consumida. Os helmintos mais frequentes: Ascaris lumbricoides 48 (12%), Enterobius vermicularis 44 (11%), Ancilostomídeos 38 (9,5%). Protozoários: Entamoeba histolytica 83 (20,8%), Entamoeba coli e a Endolimax nana 79 (19,8%) e 79 (19,8%) respectivamente, Giardia lamblia 41 (10,3%) e Iodamoeba butschlii 17 (4,3%). Observou-se monoparasitismo por E. histolytica em 83 (20,8%), biparasitismo 104/271 (26%) E. histolytica e A. lumbricóides, E. histolytica e E. vermicularis, E. histolytica e G. lamblia. Conclusões: Registrou-se alta prevalência de parasitos em população jovem de baixa renda familiar, baixo nível cultural, predominantemente mulheres do lar. Entre os fatores socioambientais associados a esses índices estão a deficiência nos serviços de água e de esgoto sanitário.

To describe the prevalence of intestinal parasitosis in patients who sought a Basic Health Unit and get to know the conditions and socio-environmental characteristics of a population of peri-urban area of Manaus - AM, Brazil. Methods: A study conducted by spontaneous demand of patients in a Basic Health Unit, Northern Zone of Manaus, Amazonas, between April and July 2007, conducting parasitological examination in 400 stool samples by Hoffmann-Pons-Janer?s method, and interviews. Results: From the total, 271/400 (67,8%) contained parasites; 181/268 (45,25%) samples were of females; 147/224 (36,7%) aged between 19 and 85 years; 119/170 (29,75%) with incomplete elementary school; 207/299 (51.75%) with a family income between one and three minimum wages; 220/316 (55%) were natural from Amazonas; 192/284 (48%) worked at home; 199/298 (49,7%) consumed water from artesian public well; 106/152 (26.5%) treated the water; 165/248 (66%) did not treat the consumed water. The most frequent helminthes found: Ascaris lumbricoides 48 (12%), Enterobius vermicularis 44 (11%), Ancilostomídeos 38 (9,5%). Protozoa: Entamoeba histolytica 83 (20,8%), Entamoeba coli and Endolimax nana, 79 (19,8%) e 79 (19,8%) respectively, Giardia lamblia 41 (10,3%) and Iodamoeba butschlii 17 (4,3%). It was observed monoparasitism for E. histolytica 83 (20,8%), biparasitism 104/271 (26%) E. histolytica and A. lumbricóides, E. histolytica and E. vermicularis, E. histolytica and G. lamblia. Conclusions: We recorded a high prevalence of parasites in young people with low income, low cultural level, predominantly women of the household. Among the environmental factors associated with these indexes are a deficiency in water services and sanitary sewer.

Prevalência de Staphylococcus aureus meticilina resistente (MRSA) em pacientes atendidos em Ambulatório de Dermatologia Geral em Manaus-Amazonas / Prevalence of methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) in patients attended at a General Dermatology Ambulatory in Manaus, Amazon State, Brazil

O Staphylococcus aureus meticilina resistente (MRSA), de origem hospitalar ou comunitária, tem sido relatado como um dos principais problemas graves de saúde por apresentar resistência aos antibióticos beta lactâmicos e a outros como macrolídeos, lincosaminas, clindamicina, aminoglicosídeos, tetracilinas e sulfas. Diante desse problema, buscou-se identificar a prevalência de MRSA nos casos registrados pela Fundação de Dermatologia Tropical e Venereologia Alfredo da Matta em Manaus, Amazonas, Brasil. Os dados foram obtidos do livro de registro de resultados de exames de cultura geral e antibiograma do laboratório de bacteriologia clínica, no período de setembro de 1998 a outubro de 2007. Foram realizados 1.494 exames em 1.500 amostras , das quais 783 (52,2por cento) eram de pacientes do gênero feminino e 717 (47,8por cento) do masculino. Das 239 amostras de S. aureus isoladas, 232 foram submetidas ao testes de suscetibilidade; dessas 44,0por cento (102/232) apresentaram resistência à oxalina, portanto a taxa de prevalência de MRSA foi de 15,5por cento nas amostras estudadas. O fato de a resistência à oxalina/meticilina inviabilizar a utilização de vários antibióticos justifica a preocupação com as taxas de prevalência ou incidência de infeccções causadas por estafilococos MRSA, ante as possíveis consequências para a terapia dos processos infecciosos, muitas vezes complicados e de elevado potencial de morbidade e mortalidade tanto em adultos quanto em crianças. Ações de vigilância e controle são necessárias para minimizar os riscos de infecção ou colonização dos profissionais de saúde ou pacientes e assegurar a continuidade das pesquisas. Desse modo, será possível caracterizar genotipicamente a origem hospitalar ou comunitária dessas cepas.

Infecção pulmonar por Strongyloides stercoralis em paciente tratado com imunosupressores / Case report: Pulmonary infection by Strongyloides stercoralis in a patient treated with immunosupressors

Strongyloides stercoralis é um parasito predominantemente intestinal. Nos casos graves, pode evoluir para a forma disseminada, principalmente se houver utilização prolongada de glicocorticóides, medicamentos imunodepressores ou radioterapia. Relata-se, neste estudo, o caso de P.F.C.S., do sexo feminino, 16 anos, proveniente da comunidade Menino de Deus na ilha de Pratari, município de Manacapuru, estado do Amazonas, Brasil, com diagnóstico de anemia hemolítica auto-imune desde agosto de 2005. Nenhum dos exames parasitológicos de fezes apresentou positividade para Strongyloides stercoralis, tendo sido detectado apenas no exame de escarro. Foi tratada com tiabendazol, via oral, sem resultado favorável e evoluiu para óbito. Ficou evidenciada a importância da realização de exames complementares, como o parasitológico de fezes, antes da utilização de medicamentos indicados para o tratamento de anemia hemolítica.

Anticorpos anti-eritrocitários em pacientes com Coombs direto positivo infectados com malária por P. vivax e P. falciparum / Anti-erithrocytes antibodies in patients with positive direct Coombs infected with P. vivax and P. falciparum malaria

Para se determinar a prevalência de anticorpos anti-eritrocitários de grupo sanguíneo foram analizadas 247 amostras de sangue de pacientes com malária vivax e falciparum com teste de Coombs direto positivo atendidos na Fundação de Medicina Tropical Manaus-Amazonas no período entre setembro/99 a março/2000.Realizaram-se os testes laboratoriais de Coombs direto, dosagens de hemoglobina, bilirrubina e eletroforese de proteínas.Das amostras testadas, 13,3 apresentaram Coombs direto positivo, sendo o anticorpo da classe IgG (33,3) o mais freqüente. Dos pacientes com malária vivax e Coombs direto positivo, 17 apresentaram anemia possivelmente devido a hemólise por auto-imunidade com o envolvimento da gamaglobulina IgG.Não foram detectados anticorposcontra antígenos de grupos sanguíneos nem aloanticorpos séricos.Torna-se necessário a realização de outras pesquisas para avaliação da existência de associação entre a positividade do Coombs direto e anemia ou se a mesma interfere ou não com o curso da doença.