Genomic features of a multidrug-resistant Enterobacter cloacae ST279 producing CTX-M-15 and AAC(6')-Ib-cr isolated from fatal infectious stomatitis in a crossed pit viper (Bothrops alternatus).

OBJECTIVES: The widespread dissemination of extended-spectrum ß-lactamase-producing Enterobacteriaceae has become a major issue in veterinary medicine. However, until now, there has been no report of bacteria with such a phenotype in infected snakes. The aim of this study was to report the first draft genome sequence of an Enterobacter cloacae isolate (SERP1) recovered from a snake with infectious stomatitis. METHODS: The whole genome of E. cloacae strain SERP1 was sequenced on an Illumina NextSeq platform and was de novo assembled using CLC NGS Cell v.10. Data analysis was performed using online tools from the Center of Genomic Epidemiology. RESULTS: The genome size was calculated at 4966856bp, containing a total of 4796 protein-coding sequences. The strain was assigned to sequence type 279 (ST279) and, besides the clinically relevant blaCTX-M-15 and aac(6')-Ib-cr genes, it also presented resistance genes to ß-lactams, aminoglycosides, phenicols, sulphonamides, tetracyclines, trimethoprim, quinolones and fosfomycin. CONCLUSION: These data offer novel information regarding multidrug-resistant E. cloacae dissemination in wild animals and might contribute to further comparative genomic analysis.

Classificadores moleculares do carcinoma folicular da tireoide baseado em alterações da expressão gênica / Molecular classifiers for follicular carcinoma of the thyroid gland based on alterations of gene expression

A tireoidectomia é o método de escolha para o tratamento dos tumores malignos da tireoide. Considerando que a maioria dos nódulos tireoideanos é benigna (95% dos casos), a precisão no diagnóstico é fundamental para evitar cirurgias diagnósticas. O principal método utilizado na análise pré-operatória de nódulos tireoideanos é a citologia de material obtido por PAAF (Punção Aspirativa por Agulha Fina), que apresenta excelente precisão no diagnóstico de carcinomas anaplásicos, medulares e papilíferos. No entanto, a citologia de material obtido por PAAF não é capaz de diferenciar o adenoma (nódulo benigno) do carcinoma folicular, uma vez que é a invasão da cápsula pelas células tumorais que os distingue. Para detectar a invasão capsular, é necessário realizar cortes histológicos de todo o nódulo, o que só pode ser realizado após remoção total da lesão. Como medida diagnóstica, quando o diagnóstico por PAAF é inconclusivo e, diante da possibilidade de diagnóstico de um carcinoma folicular e consequentes metástases, o paciente geralmente é submetido à tireoidectomia total. Como apenas 30% das lesões foliculares com diagnóstico inconclusivo representam lesões malignas, um método com maior precisão no diagnóstico diferencial de adenoma e carcinoma foliculares poderia evitar 70% das tireoidectomias nestes pacientes. Em estudo anterior, utilizando a técnica de microarranjos de cDNA, nosso grupo identificou 14 trios de genes que foram capazes de distinguir precisamente amostras de adenoma e carcinoma folicular. O presente trabalho teve como objetivo principal a validação destes classificadores, através da mesma técnica, para que possam ser empregados no diagnóstico diferencial destas lesões. Foram testadas 14 amostras de RNA extraídas por punção pré ou pós cirúrgicas de nódulos com diagnóstico histopatológico de adenoma ou carcinoma folicular. ...

Modulação da expressão gênica em células de melanoma tratadas com fator de necrose tumoral e/ou melfalano / Gene expression analysis of metano ma cells treated with tumor necrosis factor and melphalan the cDNA microarray technology

O melanoma cutâneo é um tumor maligno que tem origem nos melanócitos, que são células originárias da crista neural e situadas na camada basal da epiderme, especializadas na produção de melanina, o pigmento responsável pela cor da pele, olhos e cabelo. Nos primeiros estágios do tumor, a ressecção cirúrgica é geralmente curativa, porém em estágios mais avançados o tratamento torna-se muito difícil devido a grande resistência do melanoma aos tratamentos radio e quimioterápicos. Em casos de tumores irressecáveis das extremidades, a amputação é recomendada. A perfusão do membroisolado (ILP-Isolated Limb Perfusion) com melfalano é considerada uma terapia alternativa nestes casos. Esta terapia apresentou melhora expressiva dos resultados quando feita associação com a citocina TNF (Tumor Necrosis Factor-a). Embora esta citocina seja extremamente tóxica quando administrada via sistêmica, o seu uso restrito ao membro afetado, em associação com melfalano através da ILP aumentou as taxas de resposta do tumor, com regressão completa variando de 60 a 70% e resposta geral de 80 a 90%, resultando em reabilitação de muitos pacientes que, do contrário, seriam submetidos a amputação. Algumas hipóteses já foram feitas buscando elucidar o exato mecanismo antitumoral do TNF e seu papel na combinação com melfalano. Os trabalhos existentes sobre o efeito do TNF na regressão tumoral buscaram fundamentar a atividade anti-câncer desta citocina nas alterações induzidas nas células endoteliais deste tumor. No entanto, estes estudos não foram suficientes para elucidar o exato mecanismo de ação desta droga no tratamento do melanoma. Este fato justifica o presente estudo, que procura verificar se o processo de regressão tumoral induzido por TNF está relacionado com alterações na expressão gênica nas células de melanoma. Para isto, utilizamos a metodologia de cDNA microarray para analisar o perfil de expressão gênica de linhagens celulares de melanoma em resposta ao tratamento com o fator de necrose tumoral, melfalano ou a combinação das duas drogas. Nos experimentos foi empregado o biochip 4. 8K -02, contendo 4600 genes e fabricado pela Microarray F acility do Instituto Ludwig de Pesquisa Sobre o Câncer. Após a identificação de um painel de genes induzidos e reprimidos foi dada atenção especial àqueles já descritos no processo de apoptose. Em todas as linhagens testadas foi detectada a indução do gene NFKBIA pelo tratamento com TNF, indicando que processo de regressão tumoral induzido por TNF está também relacionado com alterações na expressão gênica nas células de melanoma.

Cutaneous melanoma is a malignant tumor derived from melanocytes, neural-crest origined cells situated in the basal layer of the epidermis, specialized in the synthesis of melanin pigment, responsible for skin, eyes and hair color. Early-stage tumors are in most cases curable by surgical resection, but the treatment of advanced tumors is very difficult due melanoma's radio and chemio resistance. In irresectable melanoma of the extremities, amputation is required. Isolated Limb Perfusion (ILP) with melphalan is an altemative procedure to avoid amputation o f the limb. This therapy showed an great improvement when melphalan is associated with Tumor Necrosis Factor (TNF). The systemic administration o f this cytokine results in serious toxic effects on cardiovascular and respiratory systems, but when confined to the limb (as seen on ILP), in association with melphalan, TNF improved tumor' s response rates, with complete regression rate ranging from 60 to 70% and general response ranging from 80 to 90%, resulting in rehabilitation of many patients that otherwise would be submitted to amputation of the limb. Some hypothesis have been made to establish the exact role of TNF and its combination with melphalan in the treatment of malignant melanoma through the ILP procedure. Previous studies about melanoma regression induced by TNF aimed to explain the anti-cancer activity of this cytokine based on the TNF-induced alterations on the tumor endothelial cells. However, these studies did not provide enough information to elucidate the exact mechanism of action of this drug on melanoma treatment. This fact justifies the present study, wich aims to verify if the TNF-induced tumor regression is due to alterations on melanoma cells gene-expression. In the presented study we used the cDNA microarray technology to analyze the gene expression profile of melanoma cell lines in response to TNF, melphalan or the combination o f the two drugs. A biochip manufactured by the Microarray Facility of the Ludwig Institute for Cancer Research named 4. 8K -02 containing 4600 genes was used on this study experiments. A:fter the identification of a panel of induced and repressed genes in response to each treatment, special attention was given to those already described on the apoptosis pathway. In all cell lines tested, NFKBIA induction was detected after treatment with TNF, suggesting that the tumor regression process is also related to TNF activity on melanoma cells.