RESUMO
Abstract The resources and platforms available on the internet for collecting and sharing information and performing genomic sequence analysis have made it possible to follow closely the evolution the evolution of SARS-CoV-2. However, the current monkeypox outbreak in the world brings us back to the need to use these resources to appraise the extent of this outbreak. The objective of this work was an analysis of the information presented so far in the genomic database GISAID EpiPox™, using various tools available on the web. The results indicate that the monkeypox outbreak is referred as MPXV clade II B.1 lineage and sub-lineages, isolated from male patients mainly from the European and American continents. In the current scenario, the access to genomic sequences, epidemiological information, and tools available to the scientific community is of great importance for global public health in order to follow the evolution of pathogens.
Resumen Los recursos y plataformas disponibles en Internet para recopilar, compartir información y realizar análisis de secuencias genómicas han permitido seguir de cerca la evolución del SARS-CoV-2. El actual brote global de viruela del mono en el mundo, requiere de nuevo utilizar estos recursos para conocer el alcance de este brote. El objetivo de este trabajo fue un análisis de la información presentada hasta el momento en la base de datos genómica EpiPox™ de GISAID, utilizando diversas herramientas disponibles en la web. Los resultados indican que el brote de la viruela del mono o símica está referido al linaje y sub-linajes B.1 del clado II de MPXV, aislado principalmente de pacientes hombres de Europa y América. En el escenario actual, el acceso a las secuencias genómicas, la información epidemiológica, y las herramientas disponibles para la comunidad científica son de gran importancia para la salud pública mundial con el fin de seguir la evolución de los patógenos.
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Abstract By the end of 2021, the Omicron variant of SARS-CoV-2, the coronavirus responsible for COVID-19, emerges, causing immediate concern, due to the explosive increase in cases in South Africa and a large number of mutations. This study describes the characteristic mutations of the Omicron variant in the Spike protein, and the behavior of the successive epidemic waves associated to the sub-lineages throughout the world. The mutations in the Spike protein described are related to the virus ability to evade the protection elicited by current vaccines, as well as with possible reduced susceptibility to host proteases for priming of the fusion process, and how this might be related to changes in tropism, a replication enhanced in nasal epithelial cells, and reduced in pulmonary tissue; traits probably associated with the apparent reduced severity of Omicron compared to other variants.
Resumen A finales de 2021 surge la variante Omicron del SARS-CoV-2, el coronavirus responsable de la COVID-19, causando preocupación inmediata, debido al aumento explosivo de casos en Suráfrica, y a su gran cantidad de mutaciones. Este estudio describe las mutaciones características de la variante Ómicron en la proteína de la Espiga (S) y el comportamiento de las sucesivas olas epidémicas asociadas a la circulación de sus sub-linajes en todo el mundo. Las mutaciones en la proteína S descritas están relacionadas con su capacidad para evadir la protección provocada por las vacunas actuales, así como su posible susceptibilidad reducida a las proteasas del hospedero para la preparación del proceso de fusión. Se infiere cómo esto podría estar relacionado con su cambio en el tropismo, con una replicación mayor en las células epiteliales nasales y menor en el tejido pulmonar, rasgos probablemente asociados a su aparente menor gravedad en comparación con otras variantes.
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Abstract By the end of 2021, the Omicron variant of concern (VOC) emerges in South Africa. This variant caused immediate concern, due to the explosive increase in cases associated with it and the large number of mutations it exhibits. In this study, the restriction sites that allow detecting the mutations K417N and N440K in the Spike gene are described. This analysis allows us to propose a rapid method for the identification of cases infected with the Omicron variant. We show that the proposed methodology can contribute to provide more information on the prevalence and rapid detection of cases of this new VOC.
Resumen Para finales de 2021 surge la variante de preocupación (VOC por sus siglas en inglés) Ómicron en Sudáfrica. Esta variante causó de forma inmediata preocupación, debido al aumento explosivo de casos asociados a ella y al gran número de mutaciones que exhibe. En este estudio, se describen los sitios de restricción que permiten detectar dos de estas mutaciones en el gen de la espiga, las mutaciones K417N y N440K. Este análisis permite proponer un método rápido para la identificación de casos infectados con la variante Ómicron. Mostramos que la metodología propuesta puede contribuir a proporcionar más información sobre la prevalencia y a detectar rápidamente los casos de esta nueva VOC.
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The role of Ca2+ during dengue virus (DENV) replication is unknown; thus, changes in Ca2+ homeostasis in DENV infected human hepatic HepG2 and Huh-7 cells were analyzed. Infected HepG2 cells, but not Huh-7 cells, showed a significant increase in plasma membrane permeability to Ca2+, while both cell lines showed marked reduced levels of Ca2+ stored in the endoplasmic reticulum. While the expression levels of STIM1 and ORAI1 showed no changes, STIM1 and ORAI1 were shown to co-localized in infected cells, indicating activation of the store-operated Ca2+ entry (SOCE) pathway. Finally, manipulation in the infected cells of the intra and extracellular Ca2+ levels by chelators (BAPTA-AM and EGTA), SOC inhibitor (SKF96365), IP3 Receptor antagonist (2APB) or increase of extracellular [Ca2+], significantly reduced DENV yield, but not vesicular stomatitis virus yield, used as a control. These results show that DENV infection alters cell Ca2+ homeostasis and that such changes favor viral replication.
Assuntos
Quelantes de Cálcio/farmacologia , Cálcio/metabolismo , Vírus da Dengue/efeitos dos fármacos , Homeostase/efeitos dos fármacos , Interações Hospedeiro-Patógeno , Replicação Viral/efeitos dos fármacos , Animais , Compostos de Boro/farmacologia , Bloqueadores dos Canais de Cálcio/farmacologia , Linhagem Celular Tumoral , Membrana Celular/efeitos dos fármacos , Membrana Celular/metabolismo , Membrana Celular/ultraestrutura , Membrana Celular/virologia , Permeabilidade da Membrana Celular , Chlorocebus aethiops , Vírus da Dengue/fisiologia , Ácido Egtázico/análogos & derivados , Ácido Egtázico/farmacologia , Retículo Endoplasmático/efeitos dos fármacos , Retículo Endoplasmático/metabolismo , Retículo Endoplasmático/ultraestrutura , Retículo Endoplasmático/virologia , Expressão Gênica , Células Hep G2 , Humanos , Imidazóis/farmacologia , Receptores de Inositol 1,4,5-Trifosfato/antagonistas & inibidores , Receptores de Inositol 1,4,5-Trifosfato/genética , Receptores de Inositol 1,4,5-Trifosfato/metabolismo , Transporte de Íons , Proteínas de Neoplasias/antagonistas & inibidores , Proteínas de Neoplasias/genética , Proteínas de Neoplasias/metabolismo , Proteína ORAI1/antagonistas & inibidores , Proteína ORAI1/genética , Proteína ORAI1/metabolismo , Molécula 1 de Interação Estromal/antagonistas & inibidores , Molécula 1 de Interação Estromal/genética , Molécula 1 de Interação Estromal/metabolismo , Células Vero , Vírus da Estomatite Vesicular Indiana/efeitos dos fármacos , Vírus da Estomatite Vesicular Indiana/fisiologia , Replicação Viral/genéticaRESUMO
Se estudió la fauna parasitaria en 70 juveniles de "pargo dientón", lutjanus griseus, capturados en la Laguna de la Restinga, Isla de Margarita, Venezuela. Los parásitos hallados fueron contabilizados para determinar prevalencia (P), intensidad (I) e intensidad media (IM) parasitarias, y grado de infección (GI). Algunos fueron observados in vivo y otros fijados en preparaciones permanentes, para su descripción e identificados. Se encontró un total de 8 especies. En branquias los protozoos Amyloodinium ocellatum (Mastigophora; P= 21,43 por ciento; GI= I), Trichodina sp. (Ciliophora; P= 82,86 por ciento; GI= I) y Cryptobia sp. (Mastigophora; P= 57,14 por ciento; GI=I), los crustáceos Lernanthropus rathbuni (Copepoda; P= 25,71 por ciento; I= 1-4; IM= 2) y Caligus bonito (Copepoda; P= 23,33 por ciento; I= 1-4; IM=2), y el platelminto Euryhaliotrema sp. (Mogenea; P= 95,7 por ciento; I= 3-70; IM= 28). En piel se encontró Argulus sp. (Branchiura; P= 1,42 por ciento; I=1; IM= 1), y en intestinos y ciegos pilóricos Siphodera vinaledwardsii (Diginea; P= 60 por ciento; I= 1-44; IM=13). A. ocellatum es considerada como la especie de mayor potencial para desarrollar estados patológicos agudos en L. griseus sometido a confinamiento