Identificação de mutações somáticas em adenocarcinoma de próstata com escore de Gleason 7 e 8 e suas associações com recidiva bioquímica / Identification of somatic mutations in prostate adenocarcinoma with Gleason score 7 and 8 and associations with biochemical recurrence

RESUMO

O câncer de próstata é a neoplasia de maior incidência no gênero masculino, após o câncer de pele não melanoma, com índice de mais de 61 mil novos casos em 2016 (INCA). É um tipo de câncer com características histológicas e genéticas heterogêneas e multifocais. Em geral, é um tumor com comportamento indolente, podendo permanecer assintomático por anos. Já em outros casos, a doença pode progredir rapidamente, com o surgimento de metástases e levar o paciente ao óbito. Apesar do escore de Gleason ser um dos principais métodos de classificação desta neoplasia, sozinho ele não fornece informações precisas sobre o prognóstico, visto que pacientes com o mesmo escore podem apresentar comportamentos clínicos distintos, principalmente em tumores com escores intermediários. Com isso, a identificação de marcadores moleculares torna-se uma estratégia importante para melhor estratificação dos tumores indolentes dos mais agressivos, na avaliação de prognóstico, bem como na predição de resposta à terapia. Neste contexto, nossa proposta foi realizar o rastreamento de alterações somáticas em uma coorte de 43 casos de adenocarcinoma de próstata com escore de Gleason intermediário (escore de Gleason 7 e 8) que tenham ou não apresentado recidiva bioquímica. Para isso, foi realizado o sequenciamento das regiões codificadoras de 58 genes utilizando a plataforma NextSeq (Illumina) partindo de 35 amostras pareadas de DNA de tecido congelado do tumor e leucócitos ou tecido normal adjacente e 8 amostras de DNA de tecido congelado do tumor não pareadas. Identificamos 292 alterações somáticas, 226 classificadas como missense e 65 como LoF (perda de função), utilizando a ferramenta MuTect (Broad Institute). Em média encontramos 7 alterações por caso, variando entre 0 a 91 alterações. Encontramos um maior número de SNVs (alterações pontuais) nos tumores classificados com escore de Gleason 3+4 em relação aos tumores com classificação 4+3, considerando a análise da porção tumoral utilizada no sequenciamento e não o escore da peça tumoral como um todo. Dos 58 genes presentes no painel customizado, 45 apresentaram ao menos uma alteração somática (~78%), e 35 genes apresentaram mutações em mais de uma amostra. Foi observado um enriquecimento de alterações somáticas em genes envolvidos com vias de remodelamento de cromatina. Não identificamos diferenças significativas entre o número e tipo de alterações somáticas nos tumores dos pacientes que apresentaram e não apresentaram recidiva bioquímica. Também não foram encontradas associações entre as alterações somáticas e outras características clinico-patológicas, sugerindo que o perfil heterogêneo deste tumor torna o tratamento personalizado e a busca de marcadores um grande desafio (AU)

ABSTRACT

Prostate cancer is the most prevalent neoplasm in males after nonmelanoma skin cancer, with a rate of more than 61,000 new cases in 2016 (INCA). This tumor shows multifocal and heterogenous histological and genetic characteristics. In general, it presents an indolent behavior, and may remain asymptomatic for years. In other cases, the disease can progress rapidly, with the appearance of metastases and lead to patient death. Although Gleason score is one of the most important classification system of this neoplasm, alone it does not provide precise information on prognosis, since patients with the same score can present different behaviors, especially in tumors with intermediate Gleason. Thus, the identification of molecular markers becomes an important strategy for stratification of indolent and more aggressive tumors, for prognosis evaluation, as well as for prediction of therapy response. In this context, our proposal was the screening of somatic mutations in a cohort of 43 cases of prostate adenocarcinoma with an intermediate Gleason score (7 and 8) that presented or not a biochemical recurrence. To do this, we sequenced the coding regions of 58 genes using the NextSeq (Illumina) platform using 35 paired DNA samples from frozen tissue and leukocytes or normal adjacent tissue and 8 DNA samples from unpaired tumors. We identified 292 somatic variants, 226 classified as missense and 65 as LoF (loss of function), using MuTect pipeline (Broad Institute). On average, we detected 7 alterations per tumor, ranging from 0 to 91 alterations. We detected a statistically significant higher number of SNVs (single nucleotide variants) in tumor with Gleason score 3+4 compared to 4+3, considering the classification of the tumor sample used for sequencing and not the escore of the tumor as a whole. Of the 58 genes in the custom panel, 45 were affected by at least one somaic alteration (~78%), and 35 of them presented mutations in more than one sample. In addition, we observed an enrichment of somatic mutations in genes involved with pathways related to chromatin remodeling. We did not observe statistically significant differences in the number or type of somatic alterations between tumors from patient that presented or not biochemical recurrence. In addition, we did not observe associations between somatic alterations and clinical and pathological characteristics, suggesting that the heterogeneous characteristic of this tumor challenges the identification of molecular markers and personalized treatment (AU)