Error-corrected next generation sequencing - Promises and challenges for genotoxicity and cancer risk assessment.

Error-corrected Next Generation Sequencing (ecNGS) is rapidly emerging as a valuable, highly sensitive and accurate method for detecting and characterizing mutations in any cell type, tissue or organism from which DNA can be isolated. Recent mutagenicity and carcinogenicity studies have used ecNGS to quantify drug-/chemical-induced mutations and mutational spectra associated with cancer risk. ecNGS has potential applications in genotoxicity assessment as a new readout for traditional models, for mutagenesis studies in 3D organotypic cultures, and for detecting off-target effects of gene editing tools. Additionally, early data suggest that ecNGS can measure clonal expansion of mutations as a mechanism-agnostic early marker of carcinogenic potential and can evaluate mutational load directly in human biomonitoring studies. In this review, we discuss promising applications, challenges, limitations, and key data initiatives needed to enable regulatory testing and adoption of ecNGS - including for advancing safety assessment, augmenting weight-of-evidence for mutagenicity and carcinogenicity mechanisms, identifying early biomarkers of cancer risk, and managing human health risk from chemical exposures.

In vivo Mammalian Alkaline Comet Assay: Method Adapted for Genotoxicity Assessment of Nanomaterials.

The in vivo Comet assay measures the generation of DNA strand breaks under conditions in which the DNA will unwind and migrate to the anode in an electrophoresis assay, producing comet-like figures. Measurements are on single cells, which allows the sampling of a diversity of cells and tissues for DNA damaging effects. The Comet assay is the most common in vivo method for genotoxicity assessment of nanomaterials (NM). The Method outlined here includes a recommended step-by-step approach, consistent with OECD 489, taking into consideration the issues impacting assessment of NM, including choice of cells or systems, handling of NM test articles, dose determination, assay methods and data assessment. This method is designed to be used along with the accompanying "Common Considerations" paper, which discusses issues common to any genotoxicity assay using NM as a test article.

Common Considerations for Genotoxicity Assessment of Nanomaterials.

Genotoxicity testing is performed to determine potential hazard of a chemical or agent for direct or indirect DNA interaction. Testing may be a surrogate for assessment of heritable genetic risk or carcinogenic risk. Testing of nanomaterials (NM) for hazard identification is generally understood to require a departure from normal testing procedures found in international standards and guidelines. A critique of the genotoxicity literature in Elespuru et al., 2018, reinforced evidence of problems with genotoxicity assessment of nanomaterials (NM) noted by many previously. A follow-up to the critique of problems (what is wrong) is a series of methods papers in this journal designed to provide practical information on what is appropriate (right) in the performance of genotoxicity assays altered for NM assessment. In this "Common Considerations" paper, general considerations are addressed, including NM characterization, sample preparation, dosing choice, exposure assessment (uptake) and data analysis that are applicable to any NM genotoxicity assessment. Recommended methods for specific assays are presented in a series of additional papers in this special issue of the journal devoted to toxicology methods for assessment of nanomaterials: the In vitro Micronucleus Assay, TK Mutagenicity assays, and the In vivo Comet Assay. In this context, NM are considered generally as insoluble particles or test articles in the nanometer size range that present difficulties in assessment using techniques described in standards such as OECD guidelines.

Portuguese translation and validation of the Patient Generated Index (PGI) instrument for patients with Chronic Obstructive Pulmonary Disease: individualized quality of life assessment. / Tradução para a língua portuguesa e análise das propriedades psicométricas do instrumento Patient Generated Index (PGI) para pacientes com doença pulmonar obstrutiva crônica: avaliação individualizada de qualidade de vida.

Objective To translate, adapt and validate the Patient Generated Index (PGI) for Brazilians with chronic obstructive pulmonary disease (COPD). Methods 50 volunteers with COPD, mostly men (74%), with 73.1 ± 8.9 years of age, FEV1 of 52.3 ± 14.5% of predicted and FEV1 / FVC of 56.2 ± 8.6% of predicted responded to PGI, to the Saint George Respiratory Questionnaire (SGRQ) and to perform Glittre Activities of Daily Living test (Glittre ADL). After 1-2 weeks, PGI was again applied for the analysis of relative and absolute reliability. Results The translation occurred without changes in the questionnaire. The score obtained in PGI had weak correlation with the SGRQ total score (r = -0.44, p <0.001) and with the impact domain (r = -0.40, p <0.05), presented a moderate correlation with the symptoms domain of the SGRQ (r = -0.55, p <0.001) and weak correlation with the activity domain (r = -0.31, p <0.05). A weak correlation was observed between PGI and Glittre ADL (r = -0.30; p <0.05). It was observed high reliability among the measures of PGI (ICCr = 0.94). Conclusion This study shows that the Brazilian version of PGI is a reliable and valid instrument to measure health-related quality of life (HRQL) in patients with COPD. It is a new and individualized form of evaluation of COPD patient-centered quality of life.

Tradução para a língua portuguesa e análise das propriedades psicométricas do instrumento Patient Generated Index (PGI) para pacientes com doença pulmonar obstrutiva crônica: avaliação individualizada de qualidade de vida / Portuguese translation and validation of the Patient Generated Index (PGI) instrument for patients with Chronic Obstructive Pulmonary Disease: individualized quality of life assessment

RESUMO Objetivo Traduzir, adaptar e validar o Patient Generated Index (PGI) para brasileiros com doença pulmonar obstrutiva crônica (DPOC). Métodos 50 voluntários com DPOC, em sua maioria homens (74%), com 73,1 ± 8,9 anos de idade, VEF1 de 52,3 ± 14,5% do previsto e VEF1/CVF de 56,2 ± 8,6% do previsto, responderam ao PGI e ao Saint George Respiratory Questionnaire (SGRQ) e realizaram teste Glittre Activities of Daily Living (Glittre ADL). Após o período de 7-14 dias, o PGI foi novamente aplicado para análise da confiabilidade relativa e absoluta. Resultados A tradução ocorreu sem alterações no questionário. A pontuação obtida no PGI apontou fraca correlação com a pontuação total do SGRQ (r = −0,44; p < 0,001) e com o domínio impacto (r = −0,40; p < 0,05), moderada correlação com o domínio sintomas do SGRQ (r = −0,55; p < 0,001) e fraca correlação com o domínio atividades (r = −0,31; p < 0,05). Foram observadas fraca correlação entre o PGI e o Glittre ADL (r = −0,30; p < 0,05) e alta confiabilidade entre as medidas do PGI (CCIr = 0,94). Conclusão Este estudo mostra que a versão brasileira do PGI é um instrumento confiável e válido para medir a qualidade de vida relacionada à saúde em pacientes com DPOC. Trata-se de uma nova forma individualizada de avaliação de qualidade de vida centrada no paciente com DPOC.

ABSTRACT Objective To translate, adapt and validate the Patient Generated Index (PGI) for Brazilians with chronic obstructive pulmonary disease (COPD). Methods 50 volunteers with COPD, mostly men (74%), with 73.1 ± 8.9 years of age, FEV1 of 52.3 ± 14.5% of predicted and FEV1 / FVC of 56.2 ± 8.6% of predicted responded to PGI, to the Saint George Respiratory Questionnaire (SGRQ) and to perform Glittre Activities of Daily Living test (Glittre ADL). After 1-2 weeks, PGI was again applied for the analysis of relative and absolute reliability. Results The translation occurred without changes in the questionnaire. The score obtained in PGI had weak correlation with the SGRQ total score (r = -0.44, p <0.001) and with the impact domain (r = -0.40, p <0.05), presented a moderate correlation with the symptoms domain of the SGRQ (r = -0.55, p <0.001) and weak correlation with the activity domain (r = -0.31, p <0.05). A weak correlation was observed between PGI and Glittre ADL (r = -0.30; p <0.05). It was observed high reliability among the measures of PGI (ICCr = 0.94). Conclusion This study shows that the Brazilian version of PGI is a reliable and valid instrument to measure health-related quality of life (HRQL) in patients with COPD. It is a new and individualized form of evaluation of COPD patient-centered quality of life.

Assessment of osteoporotic alterations in achondroplastic patients: a case series.

Achondroplasia (ACH) is the most common form of human dwarfism and has been associated with biochemical alterations of the bone tissue, also observed in cases of osteoporosis. The present case series aimed at assessing low bone density, diagnosed with spinal bone mineral density (BMD) analysis and with panoramic radiograph measurements, in ACH patients. Spinal BMD was measured by means of dual-energy X-ray absorptiometry at the lumbar region (L1-L4). On dental panoramic radiographs of the patients, the mandibular cortical width was measured separately on the right and left sides. The Klemetti Index was also assigned as appropriate for evaluating the cortical area below the mandibular foramen. Additional parameters such as patient age, gender, body mass index, and number of teeth were also recorded. BMD results showed that 5/11 cases presented with skeletal osteopenia/osteoporosis diagnoses. Additionally, mandibular cortical erosion was detected in panoramic radiographs in 8/11 cases. The BMD and panoramic radiographic alterations found in this study suggest that the diagnosis of low bone density may have a special clinical relevance in cases of bone tissue disorders, such as achondroplasia.

Influência de uma disciplina de iniciação científica na graduação sobre o perfil profissional de médicos / Influence of a discipline of scientific initiation in graduation on profile of medical training

Introdução: A literatura médica tem enfatizado a necessidade de incentivar a formação científica do médico ainda na graduação. Metodologia: Questionário aplicado a médicos formados pela Universidade Federal Fluminense, levando em conta o período de funcionamento da disciplina de Iniciação Científica (IC; 1995-2002). Informações: renda, aprovações em concursos, situação profissional e outras. Foram selecionados, por sorteio, para a pesquisa, a partir do grupo de médicos formados entre 1999 e 2002, 26 alunos que participaram da disciplina e 26 que não participaram, constituindo 2 grupos para comparação. Ambos os grupos foram constituídos de maneira a não ocorrer entre eles diferenças estatisticamente significativasem termos de sexo, idade, coeficiente de rendimento escolar, renda familiar. Os participantes tinham, em média, cerca de 4 anos de formados, em ambos os grupos, até o momento da pesquisa. Resultados: O grupo que não cursou a disciplina de IC apresentava uma renda familiar mensal superior à dos que cursaram IC (p=0,02) e apresentava maior aprovação em concursos públicos (p=0,0098). Conclusão: A participação na IC provavelmente denota maior interesse acadêmico por parte dos alunos e estes podem retardar a sua entrada no mercado de trabalho para buscar maior aperfeiçoamento em cursos stricto sensu. A procura por um título técnico não acadêmico (residência médica) e por meios que proporcionem uma mais rápida inserção no mercado de trabalho poderia explicar tanto a maior aprovação quanto a maior renda verificada entre os recém formados que não cursaram a disciplina de IC. O questionário deverá ser aplicado novamente aos dois grupos quando estes completarem oito anos de formados.

A composição dos custos de armação e a renda das expedições de pesca da frota pesqueira artesanal da região do Médio rio Madeira, Amazonas, Brasil / The composition of cost and income of fishing expedictions of small-scale fishing fleet in the Medium Madeira River region, state of Amazonas, Brazil

Estudos buscando identificar as características físicas, operacionais e econômicas da frota pesqueira sediada na Amazônia Central foram efetuados, deixando lacunas sobre as características da frota nas regiões periféricas. Este trabalho teve como objetivo analisar os custos necessários para a entrada de novas embarcações na atividade pesqueira e fornecer informações relativas ao custo das expedições e da renda econômica da atividade. O estudo foi realizado na região do Médio rio Madeira e foram coletadas por intermédio de questionários, informações sobre os custos de manutenção, armação e a renda das viagens de pesca, no período de junho de 2003 a maio de 2004, junto aos proprietários ou encarregados de barcos de pesca e pescadores de canoas motorizadas. O maior investimento dos proprietários de embarcações foi para a aquisição dos apetrechos, sendo os próprios pescadores os principais financiadores. As expedições de pesca das embarcações foram financiadas por seis agentes, sendo os principais financiadores os pescadores e o frigorífico. O combustível foi o principal item dos custos a encarecer as expedições dos barcos e, combustível e gelo, como custo encarecedor para as canoas. Os armadores e encarregados de barcos de pesca ganharam em média 0,6 e 0,5 salário mínimo, respectivamente, por expedição, e os pescadores 0,3 salário mínimo, enquanto pescadores de canoas motorizadas ganharam em média 0,5 salário mínimo.

Studies emphasizing the physical, operational and economics characteristics of the fishing fleet were realized, focusing the fleet based in Central Amazon but with gaps about the characteristics in peripheral regions. In this sense the work aimed to analyze the necessary costs to entry of new vessel on activity and to provide information in relation to the costs of fishing expeditions and economic revenue of fishing activity. The study was realized in the Medium Madeira River region and collected information about maintenance, cost and income of fishing expeditions, from June 2003 until May 2004, using questionnaires applied to skippers and fishers of boats and motorized canoes. The gear it was most expensive item on acquisition and the fishers the financer. The fishing expeditions of vessels were financed by six agents, fishers and ice plant owner were the principal financers. Fuel was the main items of cost on fishing expeditions of boats, fuel and ice to motorized canoes. The skippers and owners of fishing boats had a clear gain of 0.6 and 0.5 living wages by fishing expeditions and the fishers 0.3 while fishers of motorized canoes had a clear gain of 0.5 living wages.

Participar de pesquisas com alunos de iniciação científica na graduação interfere na produção científica do docente? / Does participate in a project of search with students of scientific initiation on graduation interfere at scientific production of teaching staff?

Introdução: O curso de medicina da UFF implantou seu Programa de Iniciação Científica (PIC) há cerca de 10 anos, optativo para professores e alunos. O objetivo foi avaliar e comparar a produção científica publicada de nosso corpo docente participante e não-participante do PIC. Metodologia: estudo retrospectivo (1992-2003) que registrou a produção científica publicada pelos docentes mestres e doutores, dois anos antes e dois anos depois de iniciarem sua participação como orientadores no PIC (grupo PIC), e fez o mesmo, num período análogo de tempo, com professores que tinham a mesma titulação, mas que nunca participaram do PIC (grupo NÃO PIC). As médias aritméticas das produções científicas publicadas dos professores dos dois grupos foram comparadas. O valor de p<0,05 foi considerado significativo. Resultados: a produção científica do corpo docente após a introdução do PIC aumentou nos dois grupos estudados (mestres e doutores), independentemente do ingresso do professor no programa (p=0,01). Não houve diferença estatisticamente significativa entre os grupos quando se compararam as produções científicas dos professores, considerando-se somente os mestres ou os doutores. Conclusão: após a criação do PIC, houve uma elevação na produção científica publicada pelos docentes com titulação de mestre e/ou doutores, independentemente da participação no PIC; contudo, os que participaram do PIC foram mais produtivos. A maior produtividade dos docentes na universidade independente da participação no PIC pode ser atribuída a incentivos salariais ligados à produtividade, implantados na universidade no período em que a pesquisa foi realizada, que valorizam em especial a produção científica.

Aspectos econômicos e operacionais das viagens da frota pesqueira de Manaus, Amazônia Central / Economical and operational aspects of the fishing trips of Manaus fleet, Central Amazonia

A pesca na Amazônia representa uma importante atividade social, econômica e cultural, com desembarque de pescado estimado em 25 mil toneladas por ano, somente no terminal de desembarque de Manaus, porém com poucas avaliações socioeconômicas que são fundamentais para o manejo da atividade. O presente trabalho visou avaliar aspectos funcionais das operações de pesca sob o ponto de vista econômico. As informações foram coletadas por intermédio de questionário estruturado junto aos proprietários das embarcações e, ou encarregados das expedições de pesca, entre outubro de 1999 e junho de 2000. Foram amostradas 92 embarcações, para destacar os aspectos referentes aos custos efetuados quando das expedições de pesca. Embarcações pequenas apresentaram custo operacional médio por expedição de 45,2 por cento da renda bruta da venda do pescado, embarcações médias e grandes apresentaram valores de 42,0 por cento e 47,8 por cento dos custos respectivamente. Os combustíveis se destacaram como o componente principal destes custos.

Aspectos econômicos e operacionais das viagens da frota pesqueira de Manaus, Amazônia Central

Fishery in the Amazon represents an important social, economic and cultural activity with yearly fish landings around 25 thousand tons in the fishing harbour of Manaus alone, with little socioeconomic evaluations that are fundamental for its management. The present paper sought to evaluate functional aspects of fishing operations from the economic point of view. Information was collected from 92 boats, between October of 1999 and June of 2000, through questionnaires given to boat owners or general managers of fishing expeditions. Small fishing boats presented mean operational cost of 45.2% of the gross income of fish sales. Medium and larger boats presented values of 42.0% and 47.8% costs, respectively, where fuel was the main expenditure.

A pesca na Amazônia representa uma importante atividade social, econômica e cultural, com desembarque de pescado estimado em 25 mil toneladas por ano, somente no terminal de desembarque de Manaus, porém com poucas avaliações socioeconômicas que são fundamentais para o manejo da atividade. O presente trabalho visou avaliar aspectos funcionais das operações de pesca sob o ponto de vista econômico. As informações foram coletadas por intermédio de questionário estruturado junto aos proprietários das embarcações e, ou encarregados das expedições de pesca, entre outubro de 1999 e junho de 2000. Foram amostradas 92 embarcações, para destacar os aspectos referentes aos custos efetuados quando das expedições de pesca. Embarcações pequenas apresentaram custo operacional médio por expedição de 45,2% da renda bruta da venda do pescado, embarcações médias e grandes apresentaram valores de 42,0% e 47,8% dos custos respectivamente. Os combustíveis se destacaram como o componente principal destes custos.